CAPÍTULO 4. FUENTES DE DATOS EN

Presentación del tema: "CAPÍTULO 4. FUENTES DE DATOS EN"— Transcripción de la presentación:

1 CAPÍTULO 4. FUENTES DE DATOS EN
ANTROPOGENÉTICA Bases de datos del Genoma Humano. Bases de datos de frecuencias y secuencias. Datos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicos.

2 Bases de datos del Genoma humano
La mayor parte de la información acerca de genomas que es interesante en Antropogenética, se encuentra en la página del NCBI (National Center for Biotechnology Information), ( incluyendo:

3 Bases de datos del Genoma humano
GenBank. Para cualquier región del genoma, bibliografía, secuencias, SNPs asociados, primers, algunas frecuencias

4 Bases de datos del Genoma humano
Database of Short Genetic Variations (dbSNP). La base de datos de SNPs, donde podemos encontrar bibliografía, mapas, secuencias, etc.

5 Bases de datos del Genoma humano
UniSTS. En esta sección se puede encontrar información sobre microsatélites: posición, cebadores PCR, bibliografía.

6 Bases de datos del Genoma humano
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM). Información exahustiva sobre todas las enfermedades con un origen genético.

7 Bases de datos del Genoma humano
Base de datos de Genotipos y Fenotipos. Podemos encontrar genes, SNPs asociados y trabajos con resultados significativos para un gran número de caracteres, patológicos o no.

8 Bases de datos del Genoma humano
Hay diferentes secciones en función de los tejidos, órganos, etc.

9 Bases de datos del Genoma humano
Database of Major Histocompatibility Complex (dbMHC). Información de diversa índole sobre el Complejo Mayor de Histocompatibilidad.

10 Bases de datos del Genoma humano
PubMed. Para una búsqueda exahustiva de bibliografía en revistas con índice de impacto. Si el manuscrito es accesible, aparece un enlace a la revista.

11 Bases de datos del Genoma humano
NCBI - Bookshelf. Ediciones electrónicas de algunos libros interesantes.

12 Bases de datos del Genoma humano
BLAST. Busca secuencias determinadas en el genoma humano o de chimpancé, entre otros.

13 Bases de datos del Genoma humano
También permite diseñar cebadores para una secuencia concreta.

14 Bases de datos del Genoma humano
* Population is made of family trios HapMap ( La base de datos HapMap surgió de un consorcio de varios centros de investigación de varios países. Se encuentran almacenadas los genotipos de una gran cantidad de SNPs de más de 1000 individuos de diferentes continentes, así como algunas informaciones complementarias.

15 Bases de datos del Genoma humano
1000 genomes( La base de datos 1000 genomas incluye la secuencia completa de todos los SNPs de más de 1000 individuos de diferentes continentes.

16 Bases de datos de frecuencias y secuencias
ALFRED, ALlele FREquency Database ( Incluye frecuencias de alelos de genes, SNPs, inserciones Alu, STRs, etc. para un gran número de poblaciones

17 Bases de datos de frecuencias y secuencias
YHRD, Y Chromosome Haplotype Reference Database ( Base de datos de STRs y SNPs del cromosoma Y

18 Bases de datos de frecuencias y secuencias
MITOMAP A human mitochondrial genome database ( Base de datos sobre el ADNmt. Incluye la secuencia consenso, mutaciones específicas de continentes, frecuencias por subcontinentes, referencias y enlaces a la base de datos de las secuencias completas individuales del NCBI.

19 Bases de datos de frecuencias y secuencias
Pueden conseguirse secuencias individuales completas de ADNmt a través del NCBI

20 Bases de datos de frecuencias y secuencias
STR Data Base. Short Tandem Repeat DNA Internet DataBase ( Información exahustiva sobre los STRs del sistema CODIS principalmente, con primers, bibliografía y varias fuentes de frecuencias. También hay algunos programas útiles.

21 Bases de datos de frecuencias y secuencias
Frecuencias HLA. ( Frecuencias alélicas y haplotípicas de genes HLA

22 Datos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicos
Ethnologue. ( Base de datos con todos los idiomas del mundo, incluyendo su distribución y clasificación.

23 Datos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicos
Wikipedia. Lista de grupos étnicos.

24 Datos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicos
La base de datos de Howells tiene medidas craneales de poblaciones de todo el mundo.

25 Datos lingüísticos, arqueológicos y paleontológicos
ADAM. Base de datos de medidas osteológicas de diferentes yacimientos. Recopila una gran cantidad de datos de los yacimientos y medidas de los restos en excavaciones arqueológicas de diferente antigüedad.