Análisis de imagen con herramientas libres

Presentación del tema: "Análisis de imagen con herramientas libres"— Transcripción de la presentación:

1 Análisis de imagen con herramientas libres
FIJI (is just image J)

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3 Como dicen en su página Web el Fiji es al Image J como el Ubuntu es al Linux.

4 Requisitos instalación

5 Ejecutar FIJI Fiji-win64 Fiji.app ImageJ-win64

6 EJERCICIO 1

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9 - Imagen digital Píxel - Píxel
Es la unidad menor de la que se compone una imagen.

10 Segmentación Selección de objetos, áreas o características de interés dentro de una imagen(foreground) y no selección del resto de imagen(background).

11 - Imagen digital Modelos de color - Modelo RGB
HSI CMYK Cada color se expresa como la cantidad de luz Roja (R), Verde (G), y azul (B) que contiene cada píxel. - Modelo RGB

12 255 R G B R G B R G B R G B R G B

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14 Calibración de imágenes

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18 Selección de áreas teñidas de forma positiva.

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25 EJERCICIO 2

26 Es un programa sencillo que automatiza una serie de comandos del FIJI
Es un programa sencillo que automatiza una serie de comandos del FIJI. La manera más fácil de crear una macro es grabando una secuencia de comandos utilizando el Macro Recorder Macro

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33 ( ) - = + Brown Channel = B- (R +G)*0.3 X 0.3
Ruifrok, A.C.: Quantification of immunohistochemical staining by color translation and automated thresholding. Anal Quant Cytol Histol. 19, (1997). Brown Channel = B- (R +G)*0.3 Brown B R G - + ( ) X 0.3 =

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36 Imagen 1.jpg(blue) Imagen Result

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41 Cierra de imágenes innecesarias

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51 MUCHAS GRACIAS