Martín Sarachu y Oscar Grau

Presentación del tema: "Martín Sarachu y Oscar Grau"— Transcripción de la presentación:

1 Martín Sarachu y Oscar Grau
AR-EMBnet Martín Sarachu y Oscar Grau Instituto de Bioquímica y Biología Molecular (IBBM), Facultad de Ciencias Exactas, UNLP, La Plata, Argentina

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4 ACTIVIDADES DE BIOINFORMATICA EN EL IBBM
1991 Se establece una computadora MicroVax con los programas GCG accesibles vía telefónica con el protocolo X25. 1991 Curso "Computer networking, use of data bases for nucleic acids and proteins", FAO, Facultad de Ciencias Exactas, UNLP, agosto (20 horas). Profesor Mack Vandejaar (ICGEB). 1997 Se instala una Work Station Sun UltraSparcII, conectada a Internet. Para el uso del paquete GCG via Internet (línea de comando). 1997 “Curso Internacional de Postgrado de Bioinformática” Programa Regional de Biotecnología, PNUD UNESCO - RLA , Facultad de Ciencias Exactas, UNLP (julio, dos semanas “full time”). Profesores: Peter Rice (The Sanger Center, Inglaterra), João Meidanis (Universidad de Campinas Brasil), Robin Munro (Mathematical Biology, NIMR, Mill Hill, Inglaterra)

5 1997 Incorporación a EMBnet como nodo nacional Argentino.
2000 Curso “Bioinformática” (abril, 2 días intensivos) Profesor: Marc Colet, codirector del Nodo Belga de EMBnet. Se instala la interface web WWW2GCG. 2001 Instalación de EMBOSS en el nodo y desarrollo de una interface web (wEMBOSS). 2002 Instalación de un cluster PC/Linux/openMosix donde se colocan los servicios públicos del nodo. 2002 “Curso CABBIO de Bioinformática” (Diciembre, dos semanas “full time”) Profesores: Dr. José Valverde (Manager de EMBnet, España); Felipe Rodrigues da Silva (Embrapa, Brasil); Gonçalo Guimaraes Pereira (UNICAMP, Brasil); Dr. P. Daniel Ghiringhelli (Departamento de Ciencia y Tecnología, UNQ) Se utiliza EMBOSS con la nueva interface wEMBOSS desarrollada por BEN

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11 Bases de datos disponibles en AR-EMBnet
Secuencias PIR mensual SP-TrEMBL semanal SwissProt semanal SwissProt Updates semanal EMBL trimestral EMBL Updates semanal Relacionadas PDB trimestral * PROSITE semanal PRINTS mensual REBASE mensual TRANSFAC cuatrimestral PFAM quincenal * HSSP quincenal * PRODOM quincenal * * solamente en SRS

12 Bases de datos accesibles en wEMBOSS

13 Bases de datos accesibles en SRS

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15 EMBOSS Historia En 1988 nace EGCG. Hace uso de las librerías de GCG,
cuyo código es abierto. GCG es comprado en 1997 por Oxford Molecular y deja de ser distribuido con las fuentes de sus librerías. EGCG es discontinuado. Comienza a gestarse EMBOSS. Marzo de EMBOSS alpha Septiembre de EMBOSS beta Julio de EMBOSS (primer release) Enero de EMBOSS-2.6.0

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17 These programs are grouped by function

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21 Martín Sarachu, AR-EMBnet, Argentina
wEMBOSS Martín Sarachu, AR-EMBnet, Argentina desarrollado entre Enero/Marzo de 2001 escrito en Perl intérprete ACD e interface de usuario en el mismo módulo

22 wEMBOSS (histórico) Página inicial

23 wEMBOSS (histórico) Menú del programa

24 wEMBOSS (histórico) Resultados

25 Martín Sarachu, AR-EMBnet, Argentina
wEMBOSS Martín Sarachu, AR-EMBnet, Argentina no guarda resultados sin espacio privado para cada usuario sin ayuda online

26 Luke McCarthy, Plant Biotechnology Institute, Canadá
EMBOSS-GUI Luke McCarthy, Plant Biotechnology Institute, Canadá adoptado por EMBnet Canadá en Mayo de 2001 escrito en Perl no guarda resultados sin espacio privado para cada usuario con ayuda online intérprete ACD e interface de usuario en distintos módulos modo batch, aviso al usuario por mail

27 EMBOSS-GUI Página inicial

28 EMBOSS-GUI Menú del programa

29 EMBOSS-GUI Resultados

30 wEMBOSS basado en EMBOSS-GUI adoptado por BEN en diciembre de 2002.
Marc Colet, BEN, Bélgica basado en EMBOSS-GUI adoptado por BEN en diciembre de 2002. escrito en Perl y C guarda resultados con espacio privado para cada usuario permite crear proyectos y cargar secuencias utilizado en AR-EMBnet para uso de EMBOSS

31 wEMBOSS Página inicial

32 wEMBOSS Menú del programa

33 wEMBOSS Resultados

34 AJAX command definition (ACD files)
¿Qué son? describe las entradas, salidas y otros parámetros que el programa necesita especifica datos obligatorios y datos con rango puede indicar dependencia entre parámetros todos los programas de EMBOSS tienen un archivo ACD

35 AJAX command definition (ACD files)
¿Qué ventajas tienen? menú de texto command line web water showdb plotorf etc. archivo ACD (uno por programa) La forma en que el programa interactúa con el usuario (interfase) es independiente del programa

36 AJAX command definition (ACD files)
¿Qué ventajas tienen? archivo ACD (uno por programa) interfase web (wEMBOSS) programas EMBOSS integrar a EMBOSS BLAST integración costosa, difícil mantenimiento MALA SOLUCIÓN

37 Direcciones importantes
EMBOSS Direcciones importantes Alan Bleasby, Coordinador del proyecto EMBOSS Discusión en general sobre EMBOSS EMBOSS Support Team Desarrolladores de EMBOSS