La descarga está en progreso. Por favor, espere

La descarga está en progreso. Por favor, espere

HOMOLOGY MODELLING Modelado por homologia o comparativo ACDEFGHIKLMNPQRST--FGHQWERT-----TYREWYEGHADS ASDEYAHLRILDPQRSTVAYAYE--KSFAPPGSFKWEYEAHADS MCDEYAHIRLMNPERSTVAGGHQWERT----GSFKEWYAAHADD.

Presentaciones similares


Presentación del tema: "HOMOLOGY MODELLING Modelado por homologia o comparativo ACDEFGHIKLMNPQRST--FGHQWERT-----TYREWYEGHADS ASDEYAHLRILDPQRSTVAYAYE--KSFAPPGSFKWEYEAHADS MCDEYAHIRLMNPERSTVAGGHQWERT----GSFKEWYAAHADD."— Transcripción de la presentación:

1 HOMOLOGY MODELLING Modelado por homologia o comparativo ACDEFGHIKLMNPQRST--FGHQWERT-----TYREWYEGHADS ASDEYAHLRILDPQRSTVAYAYE--KSFAPPGSFKWEYEAHADS MCDEYAHIRLMNPERSTVAGGHQWERT----GSFKEWYAAHADD

2 Que es el modelado por homologa? Que es el modelado por homolog í a? Es un método que permite predecir la Estructura terciaria (3D) de una proteína deseada (Target) conociendo – Su secuencia de aminoácidos (Estructura primaria) – La estructura terciaria de una homologa (template) resuelta por rayos-X o NMR

3 Por que usar HM? Muchas veces Nuestra proteína de interes no tiene estructura 3D conocida HM es el mejor de los método de predicción de estructura terciaria a partir de la secuencia Pero ademas….

4 El universo de los folds posibles Cuan grande es?? Se estima que entre

5 Como va el trabajo? Estructuras depositadas %Nuevos Folds

6 Proyecto Proteomica estructural Hom. Mod.

7 Por que funciona el HM? Se sabe que secuencias similares adoptan estructuras similares En una familia los residuos conservados en la secuencia, conservan la misma estructura La topología de los residuos del sitio activo también es conservada El proceso de evolución por selección natural tolera variaciones de la secuencia

8 Los 4 Pasos a seguir en HM 1-Encontrar un templado adecuado (Ej: BLAST pdb) 2-Alineamiento Target-Template (es el paso mas importante) 3-Construcción del modelo (existen diferentes aprox.) 4-evaluación y refinamiento del modelo

9 1-Busqueda del templado Como primera aprox. BLAST-pdb Sin templado NO hay modelo Se requiere que toda la secuencia del target este representada en el templado Se pueden utilizar mas de un templado

10 2-Alineamiento Es el paso crítico en HM!!!! Lo optimo es una identidad > 40% Entre 25-40% zona gris El alineamiento debe ser a lo largo de toda la secuencia target Alineamientos múltiples mejores que los de a pares Pequeños errores en alineamiento grandes errores en el modelo

11 ¿Cuando identidad secuencia implica similitud estructural?

12 3a-Búsqueda de regiones conservadas estructuralmente (RCE) ACDEFGHIKLMNPQRST--FGHQWERT-----TYREWYEG ASDEYAHLRILDPQRSTVAYAYE--KSFAPPGSFKWEYEA MCDEYAHIRLMNPERSTVAGGHQWERT----GSFKEWYAA HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBBBBBBBB Target Tmpl.1 Tmpl.2 RCE #1 RCE #2 Helice RCE #1 Hoja B RCE #2

13 Las RCE Corresponden a las regiones estructuralmente mas estables de la proteína (Por gral. el interior) Altamente conservadas, y por gral. sin GAPS Usualmente corresponden a elementos de estructura secundaria

14 3b-Busqueda de regiones variables estructuralmente (RVE) ACDEFGHIKLMNPQRST--FGHQWERT-----TYREWYEG ASDEYAHLRILDPQRSTVAYAYE--KSFAPPGSFKWEYEA MCDEYAHIRLMNPERSTVAGGHQWERT----GSFKEWYAA HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCBBBBBBBBB Target Tmpl.1 Tmpl.2 RVE (loop)

15 3c Generar coordenadas del modelo (x,y,z) Usando las RCE como anclaje: Aminoácidos idénticos: transferir todas las coordenadas del mismo Aminoácidos similares: transferir backbone, reemplazar cadena lateral respetando las torsiones ( ) Aminoácidos diferentes: transferir solo el backbone

16 Agregar loops de las RVE Biblioteca de loops FGHQWERT YAYE--KS Target Tmpl. Secuencia HQWERT Estructura

17 Bibliotecas de loops Loops extraídos de estructuras de alta resolución (< 2 A) Incluyen longitud, secuencia, coordenadas + estructura 2ria de los #aa anteriores y posteriores Los aa anteriores y posteriores deben coincidir estructuralmente Si no esta en la base de datos (PDB). Se usan loops generados al azar y minimizados por MD

18 Agregar cadenas laterales Cuanto vale ? Búsqueda en bibliotecas de rotameros para en relación con

19 Ultimo paso: Refinar el modelo optimizando la geometria Se busca minimizar la función que relaciona la energia con las coordenadas atómicas: E = f(3n) (3n = x 1,y 1,z 1 …….x n,y n,z n ) Elimina superposiciones de átomos ajusta las distancias y ángulos de enlaces a valores típicos (Estereoquímica de la estructura)

20 4-Evaluacion del modelo: que se puede evaluar? Los programas de evaluación verifican si el modelo tiene: Todo aquello que una buena estructura debe tener

21 Una buena estructura posee: Mínimo numero de ángulos de torsión no permitidos (Ramachandran plot) Comparar con el templado!!

22 Tambien…. Maximizar el empaquetamiento de residuos hidrofobicos Minimizar la superficie hidrofobica expuesta a solvente Maximizar la superficie hidrofílica expuesta a solvente Maximizar numero de Puentes-H Buena estereoquímica en general

23 Errores en HM Posición de la cad. Lat. Desviaciones backbone Falta de templado

24 Templado incorrecto Mal alineamiento

25 Cuan bueno es el modelo?

26 Y entonces que hago?


Descargar ppt "HOMOLOGY MODELLING Modelado por homologia o comparativo ACDEFGHIKLMNPQRST--FGHQWERT-----TYREWYEGHADS ASDEYAHLRILDPQRSTVAYAYE--KSFAPPGSFKWEYEAHADS MCDEYAHIRLMNPERSTVAGGHQWERT----GSFKEWYAAHADD."

Presentaciones similares


Anuncios Google