Bioinformática: Conceptos Generales M.V. Gabriel B. Pinto y Med. Vet. MSci Gabriela Iglesias.

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1 Bioinformática: Conceptos Generales M.V. Gabriel B. Pinto y Med. Vet. MSci Gabriela Iglesias

2 DATOS BIOLÓGICOS Generación de archivos BASE DE DATOS Manejo y presentación de la información (FORMATO) Transformación y análisis de la información NUEVOS CONOCIMIENTOS BIOLÓGICOS

3 DATOS BIOLÓGICOS ?Secuencias codificantes parciales o totales ?Secuencias regulatorias ?Genes Completos ?Cadenas polipeptídicas ?Estructura tridimensional proteica ?Funcionalidad proteica NUCLEÓTIDOS PROTEÍNAS

4 BASES de DATOS ?US National Center for Biotechnology Information (NCBI) ? http://www.ncbi.nlm.nih.govhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov ?EMBL´s European Bioinformatics Institute (EBI) ?http://www.ebi.ac.ukhttp://www.ebi.ac.uk ?DNA Database of Japan (DDBJ) ?http://www.ddbj.nig.ac.jphttp://www.ddbj.nig.ac.jp

5 Tipos de Bancos de Datos DNA Databases Genome Databases Protein Sequence Databases Protein Structure Databases Primary Structure:secuencia Secondary: patrones de -helices u hojas Tertiary: arreglo de residuos en el espacio Quaternary: interacciones proteína-proteína Protein Function Prediction

6 Bases de datos seleccionadas y servicios de información Secuencias de DNA ContenidoURL y proteínas EMBLSecuencias de nucleótidoswww.ebi.ac.uk GenBank Secuencias de nucleótidos y proteínaswww.ncbi.nlm.nih.gov SwissProtSecuencias de proteínasexpasy.hcuge.ch/sprot PIRSecuencias de proteínaswww-nbrf.georgetown.edu/pir Genome sequencingGenómicowww.mcs.anl.gov/home/gaasterl Identificación genes GeneMarkIdentificación genesamber.biology.gatech.edu/ GrailIdentificación genescompbio.ornl.gov/Grail-1.3/ Gene FinderIdentificación genesdot.imgen.bcm.tmc.edu:9331 FrameDetección de Frame-shift www.sander.ebi.ac.uk/frame

7 Análisis funcional ContenidoURL del genoma GeneQuizAnotación automática de función de proteínas www.sander.ebi.ac.uk/genequiz MagpieAnálisis genómico www.mcs.anl.gov/home/gaasterl/magpie PedantAnálisis automático de proteínaspedant.mips.biochem.mpg.de/frishman Complete genome Análisis genómico y at NCBI comparación www.ncbi.nlm.nih.gov/Complete-Genomes Familias Proteicas y patrones de secuencias PrositeSitios proteicos y patrones expasy.hcuge.ch/sprot/prosite.html BlocksPatrones proteicos www.blocks.fhcrc.org PfamFamilias proteicas y perfileswww.sanger.ac.uk/Software/Pfam/ Bases de datos seleccionadas y servicios de información

8 Estructura tridimensional ContenidoURL PDBEstructuras proteicaswww.rcsb.org/pdb FSSPPlegamiento proteicocroma.ebi.ac.uk/dali/fssp SCOPPlegamiento proteicoscoop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop CATH Plegamiento proteicowww.biochem.ecl.ac.uk/bsm/cath DSSPEstructura secundariawww.sander.ebi.ac.uk/dssp PDBselectEstructura proteica representativawww.sander.heidelberg.de/pdbsel HSSPAlineamientos proteicoswww.sander.ebi.ac.uk/hssp PDBfinderLinks a PDB,DSSP,HSSPwww.sander.heidelberg.de/pdbfinder Swiss-modelModelos por homología expasy.hcuge.ch/cgi-bin/swmodel-search-de WhatifModelos por 3Dswift.embl- heidelberg.de/servers DALIComparación de estructurascroma.ebi.ac.uk/dali Journal Abstracts MEDLINELiteratura bioquímicawww.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed Bases de datos seleccionadas y servicios de información

9 Sitios útiles para trabajar con ADN y proteínas http://www.mb.mahidol.ac.th/molbio/01_ 13.html http://www.mb.mahidol.ac.th/molbio/01_ 13.html http://www.mb.mahidol.ac.th/molbio/01_ 13.html http://www.mb.mahidol.ac.th/molbio/01_ 13.html http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/index.html http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/index.html http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/index.html http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/index.html http://bioweb.pasteur.fr/#formats http://bioweb.pasteur.fr/#formats http://bioweb.pasteur.fr/#formats http://bioinfo.genopole- toulouse.prd.fr/multalin/multalin.html http://bioinfo.genopole- toulouse.prd.fr/multalin/multalin.html http://bioinfo.genopole- toulouse.prd.fr/multalin/multalin.html http://bioinfo.genopole- toulouse.prd.fr/multalin/multalin.html http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interface s/readseq-simple.html http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interface s/readseq-simple.html http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interface s/readseq-simple.html http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interface s/readseq-simple.html

10 USO Y APLICACIONES EN EL NCBI PubMedEntrezBLASTOMIMBooks TaxBrowser Structure Search for

11 Herramientas de uso molecular: Sitios de corte con enzimas de restricci ó n: http://www.neb.com Sitios de corte con enzimas de restricci ó n: http://www.neb.comhttp://www.neb.comhttp://www.neb.com

12 Selecci ó n de oligonucleotidos y otras utilidades: http://www.idtdna.com Selecci ó n de oligonucleotidos y otras utilidades: http://www.idtdna.com http://www.idtdna.com http://www.idtdna.com Select the type of tool you want from the list on the right, then launch the tool from the list on the left.

13 Manejo de secuencias: BioEdit www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html www.cae.wisc.edu/software Manejo de secuencias: BioEdit www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html www.cae.wisc.edu/software