Bioinformática Introducción

Bioinformática Definición intuitiva Conjunto de herramientas informáticas que sugieren soluciones a problemas biológicos

Bioinformatics -Research, development, or application of computational tools and approaches for expanding the use of biological, medical, behavioral or health data, including those to acquire store, organize, archive, analyze, or visualize such data. Computational Biology - The development and application of data-analytical and theoretical methods, mathematical modeling and computational simulation techniques to the study of biological behavioral, and social systems. Bioinformática Definiciones oficiales NIH

Bioinformática Por que tan popular? Los experimentos actuales son imposibles de analizar sin la ayuda de poderosas herramientas informáticas

OBTENCIÓN DE DATOS OBTENCIÓN DE INFORMACIÓN DATOSINFORMACIÓN

...AGGATTACCGAGGATTACCATTATCTAGTTGACGCGAG TAGCTATCGGGTTACCGTGTTGATACCGAGGATTACCG.... E. Coli: 4x10 6 bp = 2.6x10 9 D Human: 3x10 9 bp = 2.0x10 12 D

Bioinformática Biología de sistemas Bioinformática estructural Análisis de perfiles de expresión en experimentos genómicos / proteómicos. Análisis y manipulación de secuencias de DNA o proteína,... Minería de datos

Biología de sistemas Predicción y manipulación de redes metabólicas Construcción de la célula virtual Definición dinámica del metaboloma Localización de puntos de control.

Bioinformática estructural Explotación de la información estructural Caracterización del reconocimiento estructural Asignación de función Predicción alta/baja resolución de estructura de macromoléculas Modelización microscópica de la acción de las macromoléculas

Análisis perfiles expresión Diseño de chips y arrays de DNA / Proteínas. Seguimiento de los chips Procesado de los experimentos Eliminación de ruido Clusterización de los datos Formulación de hipótesis Diseño de experimentos complementarios

Análisis de secuencias Determinación de genes y lugares de Splicing Anotación del genoma Búsqueda de relaciones evolutivas Asignación de elementos funcionales.

Minería de datos Eliminar el ruido en procesado de experimentos Busqueda automática de bibliografía Reconstrucción de redes metabólicas.

Bioinformática Objetivos Familiarizarse con las herramientas básicas de la bioinformática

Bioinformática (1) Bases de datos de interés en Bioinformática Servidores de referencia Manipulación básica de secuencias Búsqueda de homólogos Obtención de información elemental macroscópica derivada de secuencia Determinación de motivos de secuencia especiales.

Bioinformática (2) Determinación de parámetros estructurales Predicciones de elementos de estructura secundaria. Diseño por homología Threading Otras aproximaciones

Bioinformática (3) Joaquin Dopazo CNIO Análisis de chips de DNA Construcción de chips Análisis de perfiles de expresión

Bioinformática (4) Roderic Guigo (UPF) Análisis génico Localización de genes Determinación de sitios de splicing alternativo

Bioinformática (5) Alfonso Valencia (CNB) Minería de datos

...CTTAGC CAGGC CCTTAACG IDENTIFICACIÓN GENES ATTW...PGLCC...TWPAGG....FVG Procesado de la información PREDICCIÓN ESTRUCTURA Y FUNCIÓN

Flujo de información Secuencia Genómica Sec. Proteína cDNA... Nueva Secuencia ¿Sabemos qué es? ¿Se parece a otras? ¿Podemos “Copiar” estructura? Función? Propiedades?

Esquema Sesiones 1-2 Búsqueda homólogosBases de datosInformación básicaModelización estructural