BIOINFORMÁTICA: CONSULTAS CRUZADAS A BASES DE DATOS BIOMÉDICAS REMOTAS Antonio Rodríguez Cía Tutores: Mario Huerta, Juan José Villanueva Julio 2008.

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1 BIOINFORMÁTICA: CONSULTAS CRUZADAS A BASES DE DATOS BIOMÉDICAS REMOTAS Antonio Rodríguez Cía Tutores: Mario Huerta, Juan José Villanueva Julio 2008

2  INTRODUCCIÓN  OBJETIVOS  ACCESOS A BASES DE DATOS REMOTAS  PARÁMETROS PARA CRUCES DE DATOS  PROBLEMAS EN EL ACCESO REMOTO  METODOLOGÍA EMPLEADA  CONCLUSIONES  BIBLIOGRAFÍA ÍNDICE

3  Estudio de parámetros genéticos contenidos en bases de datos remotas.  Cruzar información de genes y obtener resultados.  Ámbito de la Investigación.  Mayor funcionalidad de aplicación existente.  Interfaz gráfica, completa e intuitiva. INTRODUCCIÓN

4  Establecer entorno web, facilita realización de consultas.  Informatizar proceso de búsqueda a partir de parámetros.  Velocidad y completitud en los resultados.  Interfaz sencilla, intuitiva y amigable.  Completo entorno de desarrollo para la investigación.  Minería de datos existentes en bases remotas.  Red de interconexión entre características de genes.  Integración en un solo sistema bases de datos genéticas de interés mundial. OBJETIVOS

5 ACCESOS A BASES DE DATOS REMOTAS EEUU JAPÓN BARCELONA CRUCES GENÉTICOS

6 PARÁMETROS PARA CRUCE DE DATOS  Funciones, Procedimientos y Componentes celulares del gen.  Patologías.  Interacciones entre genes.  Publicaciones científicas.  Vecindad y posición en el cromosoma.  Mapas de interacciones y reacciones moleculares.  Redes de metabolismo genéticas.  Descarte de genes homólogos.  Los cruces de datos se combinan entre sí.

7 PROBLEMAS EN EL ACCESO REMOTO  Restricciones  Herramienta Eutils para consultas remotas.  Número determinado de consultas por minuto.  Inadmisible para las expectativas de la aplicación.  Solución  Estudio de datos genéticos relevantes para la aplicación.  Viabilidad de almacenar datos en local.  Minería de datos y construcción de robots de actualización

8 CRUCE DE DATOS REMOTOS Minería de DatosAplicación de cruces GENES RESULTADO DE LA INVESTIGACIÓN GENES ORIGEN DE LA INVESTIGACIÓN

9  Desarrollo con MÉTRICA Versión 3  Desarrollo con técnicas de UML 1.2 METODOLOGÍA UTILIZADA MÉTRICA V3 PLANIFICACIÓN Y COSTE DISEÑO Y PRODUCCIÓN MODELO DE ANÁLISIS MODELO CONCEPTUAL DE DOMINIO MAPAS DE NAVEGACIÓN DISEÑO DE PANTALLAS MODELO DE COMPORTAMIENTO CONSTRUCCIÓN DEL SISTEMA REFINAMIENTO DIAGRAMA CLASES

10  Herramientas de diseño: Magic Draw UML 5.5.  Herramientas de desarrollo (software libre): Perl PHP 4.1.1. MySQL 3.23.48 JavaScript Dinamic HTML Java Applets ESPECIFICACIONES TÉCNICAS

11  Finalización con éxito dentro de los plazos establecidos.  Sistema seguro y eficaz.  Abierto a posibles mejoras y adaptaciones.  Interfaz sencilla, intuitiva, vistosa, amena y amigable.  Potente herramienta para la búsqueda de genes.  Explotación de una vasta cantidad de información en tiempos muy asequibles. CONCLUSIONES

12  Velocidad en navegación y carga de la aplicación.  Complicaciones debido a accesos remotos restringidos.  Cumplimiento de los requisitos expuestos inicialmente.  Consecución de resultados de interés científico que, de otra forma serían imposible de conseguir. CONCLUSIONES (Continuación)

13  [METRICA V3]Métrica Versión 3  [METRICA V2.1]Metodología de Planificación y Desarrollo de Sistemas de Información  [RAMBAUGH 96] Object-Oriented Modeling and Design  [PRE 01]Ingeniería del Software. Un enfoque práctico  [ORTA-RUIZ 99]Análisis y diseño estructurado de aplicaciones informáticas de gestión  http://www.ncbi.nlm.nih.govPágina oficial del NCBI  http://eutils.ncbi.nlm.nih.govManejo de herramientas eUtils  http://www.genome.jp/keggPágina oficial del KEGG  http://www.php.net/docs Manual oficial de PHP  http://www.mysql.com Manual oficial de MySQL BIBLIOGRAFÍA