Centro Nacional de Microbiología Instituto de Salud Carlos III CARACTERIZACIÓN DE GENOMAS COMPLETOS DE VIH-1: IDENTIFICACIÓN DE CLUSTERS FILOGENÉTICOS Y RECOMBINANTES INTRA E INTERSUBTIPO EN PANAMÁ Sara Ahumada-Ruiz, Dario Flores Figueroa, Iván Toala González y Miguel Thomson Centro Nacional de Microbiología Instituto de Salud Carlos III Majadahonda (Madrid)

ÁRBOL DE SECUENCIAS DE SUBTIPO B EN PR-TI DE PANAMÁ DISTRIBUCIÓN GEOGRÁFICA DE MUESTRAS Y CLUSTERS EN PANAMÁ 0.1 C. BR025-d C. ETH2220 1.00 H. VI997 H. 056 A1. Q23 A1. U455 A2. 97CDKFE4 A2. 94CY017 G. HH8793 G. DRCBL 02 AG. 97CM 02 AG. IBNG 02 AG. DJ264 02 AG. SE7812 J. SE7887 J. SE7022 F1.93BR020 F1. MP411 F2. MP255 F2. MP257 K. EQTB11C K. MP535 D. ELI D. 94UG114 0.99 PA 31 PA 26 PA 10 PA 75 B. RF PA 113 PA 142 PA 48 PA 72 PA 150 PA 38 PA 28 PA 57 PA 55 PA 118 PA 206 PA 101 PA 203 PA 58 PA 117 PA 125 PA 85 PA 141 PA 61 PA 132 PA 154 PA 17 PA 54 PA 62 0.95 PA 35 PA 86 PA 67 PA 74 0.90 PA 112 PA 21 PA 130 PA 47 PA 129 PA 205 PA 136 PA 103 PA 87 PA 7 PA 65 PA 120 PA 147 PA 63 0.98 B. JRFL PA 46 PA 208 PA 155 PA 36 PA 50 PA 102 PA 210 PA 34 PA 43 PA 133 PA 128 PA 214 PA 82 PA 104 PA 40 PA 119 PA 79 0.94 PA 144 PA 124 PA 2 PA 80 PA 110 PA 137 PA 212 PA 8 PA 138 PA 152 PA 84 0.97 PA 12 PA 13 PA 105 PA 127 PA 68 PA 45 PA 201 PA 122 PA 211 PA 70 PA 126 PA 05 52 PA 209 PA 69 PA 115 PA 148 0.89 PA 53 PA 33 PA 41 PA 106 PA 66 PA 29 PA 30 PA 207 PA 107 PA 153 PA 23 PA 6 PA 202 PA 71 PA 60 PA 108 PA 18 0.96 PA 143 PA 217 PA 114 B. WEAU160 PA 109 PA 134 PA 123 PA 42 PA 59 PA 73 PA 116 PA 131 PA 151 PA 140 PA 3 PA 216 PA 14 PA 204 0.93 PA 146 PA 25 PA 49 PA 04 P52 PA 139 PA 76 PA 145 PA 78 0.92 B HXB2 B-PA1 B-PA2 B-PA3 B-PA4 B-PA5 Subtipo B B-PA6 B-PA7 30 (24%) 96 (76%) Panamá Oriental Panamá Occidental 45 2 40 35 30 25 20 39 15 9 4 10 6 1 5 9 6 1 4 5 3 4 B-PA1* B-PA2* B-PA3 B-PA4* B-PA5 B-PA6 B-PA7 Panamá Oriental Panamá Occidental El cluster B-PA1 está asociado significativamente con Panamá Oriental y los clusters B-PA2 y B-PA4 con Panamá Occidental. * (p<0.05, Test Exacto de Fisher).

Obtención de secuencias de genomas completos de VIH-1 Plasma Extracción Nuclisens ARN RT ADNc 5’ 3’ PCR anidada A B C D Purificación (Exonucleasa + Fosfatasa Alcalina) Secuenciación (ABI Prism BigDye Terminator Cycle)

ÁRBOL DE SECUENCIAS DE GENOMAS COMPLETOS DE PANAMÁ 100 C 92 BR025 C 92 BR025 C 92 BR025 - d 0.1 C 86 ETH2220 C 92 BR025 - d 100 H 056 H VI997 F2 MP255 F2 MP257 F1 MP411 F1 93BR020 K EQTB11C K MP535 D NDK M27323 D ELI * B CO 2001 PCM001 PA 214 PA 212 PA 144 PA 80 PA 105 PA 68 91 PA 201 PA 79 88 PA 25 B HXB2 PA 145 PA 78 B JRFL B WEAU160 74 81 PA 205 PA 103 PA 87 PA 63 PA 65 PA 21 PA 47 PA 130 98 B UY 2001 01UYTRA1179 PA 57 PA 55 PA 74 PA 35 84 PA 61 PA 132 B BR 2005 BREPM1093 B BR 2003 BREPM1035 87 71 PA 71 PA 59 PA 73 PA 204 PA 216 PA 149 PA 140 73 96 B RF PA 10 J SE7887 J SE7022 G SE6165 G 92NG083 A2 94CY017 A2 97CDKTB48 A1 92UG037 A1 SE7253 99 B PA1 PA7 PA3 PA5 PA6 B.FR.HXB2 B.US.JRFL B .US.WEAU160 B-PA1 -PA7 Subtipo B 100 100 C 86 ETH2220 C 86 ETH2220 C 86 ETH2220 C 86 ETH2220 D NDK M27323 D NDK M27323 D NDK M27323 D NDK M27323 D ELI D ELI D ELI D ELI 86 86 100 B WEAU160 B WEAU160 B WEAU160 PA 145 PA 145 PA 78 PA 78 B - PA7 B HXB2 PA 25 PA 25 B JRFL 76 76 PA 71 PA 71 PA 71 PA 71 100 PA 34 PA 34 (PA-1) PA 73 PA 73 PA 73 PA 73 100 100 PA 59 PA 59 B B - - PA2 PA2 100 100 PA 204 PA 204 PA 204 PA 204 100 100 100 100 PA 216 PA 216 PA 216 PA 216 96 96 PA 149 PA 149 PA 149 PA 149 PA 140 PA 140 PA 140 PA 140 100 100 PA 214 PA 214 PA 214 PA 214 PA 79 PA 79 PA 79 PA 79 PA 201 PA 201 PA 201 PA 201 80 PA 144 PA 144 PA 144 PA 144 PA 212 PA 212 PA 212 PA 212 B B - - PA1 PA1 PA 80 PA 80 PA 80 PA 80 PA 203 PA 203 (PA-5) Subtipo B Subtipo B 97 97 PA 105 PA 105 PA 105 PA 105 100 100 PA 8 PA 8 (PA-1) PA 68 PA 68 PA 68 PA 68 60 60 100 100 PA 132 PA 132 PA 132 PA 132 B B - - PA3 PA3 97 97 100 100 100 100 PA 61 PA 61 PA 61 PA 61 PA 57 PA 57 PA 57 PA 57 100 100 PA 55 PA 55 PA 55 PA 55 B B - - PA5 PA5 88 88 100 100 PA 35 PA 35 PA 35 PA 35 PA 74 PA 74 PA 74 PA 74 B B - - PA3 PA3 PA 21 PA 21 PA 21 PA 21 99 99 PA 47 PA 47 PA 47 PA 47 B B - - PA6 PA6 100 100 PA 130 PA 130 PA 130 PA 130 PA 63 PA 63 PA 63 PA 63 100 100 PA 65 PA 65 PA 65 PA 65 PA 205 PA 205 PA 205 PA 205 B B - - PA4 PA4 100 100 100 100 PA 87 PA 87 100 100 PA 103 PA 103 B RF 75 75 PA 10 PA 10 PA 10 PA 10 K MP535 K MP535 K MP535 K MP535 100 100 K EQTB11C K EQTB11C K EQTB11C K EQTB11C 100 100 F2 MP255 F2 MP255 F2 MP255 F2 MP255 100 100 F2 MP257 F2 MP257 F2 MP257 F2 MP257 100 100 F1 MP411 F1 MP411 F1 MP411 F1 MP411 100 100 F1 93BR020 F1 93BR020 F1 93BR020 F1 93BR020 98 98 PA 39 PA 39 97 97 12 BF A32989 12 BF A32989 12 BF A32989 12 BF A32989 100 100 12 BF ARMA159 12 BF ARMA159 12 BF ARMA159 12 BF ARMA159 CRF12_BF CRF12_BF 100 100 12 BF URTR23 12 BF URTR23 12 BF URTR23 12 BF URTR23 100 100 96 96 12 BF URTR35 12 BF URTR35 12 BF URTR35 12 BF URTR35 H VI997 H VI997 H VI997 H VI997 H 056 H 056 H 056 H 056 J SE7022 J SE7022 J SE7022 J SE7022 100 100 J SE7887 J SE7887 J SE7887 J SE7887 G SE6165 G SE6165 G SE6165 G SE6165 100 100 G 92NG083 G 92NG083 G 92NG083 G 92NG083 A2 94CY017 A2 94CY017 A2 94CY017 A2 94CY017 100 100 100 100 A2 97CDKTB48 A2 97CDKTB48 A2 97CDKTB48 A2 97CDKTB48 PA 15 PA 15 02 AG 97GHAG1 02 AG 97GHAG1 02 AG 97GHAG1 02 AG 97GHAG1 99 99 100 100 84 84 02 AG 97CM MP807 02 AG 97CM MP807 02 AG 97CM MP807 02 AG 97CM MP807 CRF02_AG 81 81 02 AG SE7812 02 AG SE7812 02 AG SE7812 02 AG SE7812 02 AG IBNG 02 AG IBNG 02 AG IBNG 02 AG IBNG 02 AG DJ263 02 AG DJ263 02 AG DJ263 02 AG DJ263 100 100 100 A3 DDJ369 A3 DDJ369 A3 DDJ369 A3 DDJ369 A3 DDJ360 A3 DDJ360 A3 DDJ360 A3 DDJ360 A3 DDJ579 A3 DDJ579 A3 DDJ579 A3 DDJ579 100 100 A1 92UG037 A1 92UG037 A1 92UG037 A1 92UG037 100 100 A1 SE7253 A1 SE7253 A1 SE7253 A1 SE7253 0.1 0.1

ANÁLISIS DE RECOMBINANTES INTRA E INTERSUBTIPO PA_34 PA_8 A) 100 100 100 100 90 90 90 90 80 80 80 80 70 70 70 70 B B - - PA1 PA1 B B - - PA1 PA1 B B - - PA5 PA5 60 60 B B - - PA2 PA2 60 60 C C B B - - PA6 PA6 C C H H 50 50 50 50 H H 40 40 40 40 30 30 30 30 20 20 20 20 10 10 10 10 1.000 1.000 2.000 2.000 3.000 3.000 4.000 4.000 5.000 5.000 6.000 6.000 7.000 7.000 1.000 1.000 2.000 2.000 3.000 3.000 4.000 4.000 5.000 5.000 6.000 6.000 7.000 7.000 PA_203 100 100 90 90 80 80 70 70 B B - - PA1 PA1 B B - - PA5 PA5 60 60 C C H H 50 50 40 40 30 30 20 20 10 10 1.000 1.000 2.000 2.000 3.000 3.000 4.000 4.000 5.000 5.000 6.000 6.000 7.000 7.000 PA_39 PA_15 100 100 B) 100 100 90 90 90 90 80 80 80 80 70 70 70 70 CRF12_BF CRF12_BF 60 60 B B 60 60 A3 A3 C C CRF02_AG CRF02_AG H H 50 50 50 50 C C H H 40 40 40 40 30 30 30 30 20 20 20 20 10 10 10 10 1.000 1.000 2.000 2.000 3.000 3.000 4.000 4.000 5.000 5.000 6.000 6.000 7.000 7.000 1.000 1.000 2.000 2.000 3.000 3.000 4.000 4.000 5.000 5.000 6.000 6.000 7.000 7.000

CONCLUSIONES La epidemia de VIH-1 de Panamá está dominada por el subtipo B, en el que una mayoría de virus agrupa en clusters filogenéticos bien definidos, algunos de ellos con asociaciones geográficas, los cuales han sido confirmados mediante análisis de genomas completos. Dichos análisis han permitido establecer las relaciones de 5 de los 7 clusters de subtipo B de Panamá con virus de Sur y Norteamérica. Los análisis mediante bootscanning de genomas completos han permitido identificar formas genéticas inter e intrasubtipo en Panamá Los resultados de este estudio apoyan la importancia de analizar genomas completos de VIH-1, que proporciona información adicional sobre el origen y propagación epidémica de los virus, y permite la identificación y caracterización de formas recombinantes intra e intersubtipo, lo cual podria tener implicaciones para estudios epidemiológicos y biológicos del VIH-1.