CAR

Sistemas de CAR en la UNISON Responsable : María del Carmen Heras Sánchez Asesores Técnicos : Aracely Dzul Campos Daniel Mendoza Camacho Yessica Vidal Quintanar

Sistema de Colas

Torque Maui La ejecución de trabajos se lleva acabo vía scripts los cuales son analizados por el sistema de colas TORQUE para poder identificar el tipo y la cantidad de recursos de cómputo que necesita el trabajo, posteriormente MAUI ejecutará el trabajo en el script en el numero de nodos solicitados. En el script se definen las variables de ambiente necesarias, la secuencia de comandos y también es necesario indicarle al sistema de colas varias opciones para ejecutarlo

 Nombre del trabajo #PBS -N nombre_trabajo  Nombre de la cola #PBS -q nombre_cola  Tiempo de ejecución #PBS -l walltime=hrs:min:sec  Numero de nodos y procesadores #PBS -l nodes=#nodos:ppn=#procs:gpus=#gpus  Standard error y Standard output #PBS -k eo Choyabatch Mezquiterack1, rack2 Ocotilloq128a, q128b, q128c, q128d, q256a, q256b Opciones del sistema de colas

Comandos Básicos del Sistema de Colas qsubLanza un job qsub – I Lanza un job interactivo qdel job_idCancela un job qstat –aMuestra el estatus de todos los jobs qstat –nMuestra el estatus de los jobs y los nodos asignados qstat –rMuestra los jobs en ejecución showqMuestra los jobs en ejecución, los encolados y los bloqueados showbfMuestra la disponibilidad showbf –SMuestra la disponibilidad detallada por nodo pbsnodes –aMuestra el estatus de los nodos checkjob job_idMuestra información detallada de un job

Ejemplo Script para Trabajo Serial #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltime=05:00:00 #PBS -q q128a #PBS -N job_ejemplo PBS_SCRATCH=/tmp/${USER}/${PBS_JOBID} mkdir -p $PBS_SCRATCH cd ${PBS_O_WORKDIR} #Carga los Modulos de Open64 module load open64 #Ejecuta el programa./hola_mundo-co #Elimina los archivos temporales rm -rf $PBS_SCRATCH

Script para Trabajo en Paralelo #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -l walltime=05:00:00 #PBS -q q128a #PBS -N job_ejemplo_mpi PBS_SCRATCH=/tmp/${USER}/${PBS_JOBID} mkdir -p $PBS_SCRATCH export NCPUS=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}') cd ${PBS_O_WORKDIR} #Carga los Modulos de openmpi y de open64 module load openmpi/1.4.5 export PROGRAMA='./hola_mundo' mpirun -mca plm_rsh_agent "rsh : ssh" -mca btl openib,self,sm -np $NCPUS -hostfile $PBS_NODEFILE./hola_mundo_mpi-c rm -rf $PBS_SCRATCH