Cambios Conformacionales Mínimos Se asume que CatD y sus inhibidores sufren cambios conformacionales limitados similar a CatD y CatD-pepstatina. Para verificar: Simulación MD de EHMA en una caja de agua con mesh particle Ewald para tratar el amplio rango de interacciones electrostáticas y con cutoff de 9A para las interacciones de corto rango
Desviación rms de todos los átomos del ligando en función al tiempo de simulación rms promedio: 3.4A 142ps: 4.7A (R1 y R3)
EHMA Verde: en agua Rojo: con CatD R1 R2 R3 R4
Análisis PROFEC Software para la estimación de la energía libre. Cómo los inhibidores pueden ser modificados para mejorar la afinidad de unión. EHMA: molde PROFEC: Estima el costo de energía libre de adicionar una partícula al inhibidor
R1: no modificaciones R3: oxígeno de unión de R3, podría ser sustituido por un átomo positivamente cargado, pero…. La conformación dicloro-fenilo está restringida por el oxigeno de unión. Debido al gran cambio conformacional que causaría reemplazar el oxígeno de unión, esto se rechaza
R4 Reemplazo de H con grupos grandes para R4 y grupos cargados (+) al fenilo Ellman: inhibidor con sustituyentes grandes tolerados por rearreglos de la proteína que PROFEC no detecta R1 R2 R3 R4
R2 H53 NH2 (+) H52 F (-) D75: potencial aceptor de H Simulación MD R1 R2 R3 R4
H53: Desolvatación: penalty incremetada La conformación del ligando cambia La red de enlaces de hidrógenos cambia Tabla2 El en electrostática se contrarresta con el alto costo de desolvatación: 12,2 kcal/mol H52: en interacciones vdW, pero las interacciones electrostáticas son menos favorables 9,6, el costo de desolvatación es un poco menor
Conclusiones Se ha estudiado la energía de unión Los resultados de las simulaciones MD coincidieron con las estructuras cristalizadas