LA CLASIFICACIÓN EN “INTEGRATIVE CLUSTERS” DEL CÁNCER DE MAMA PREDICE LA RESPUESTA PATOLÓGICA COMPLETA A QUIMIOTERAPIA NEOADYUVANTE Emilio Alba Conejo1,2,3, Ana Lluch2,3,4, Joan Albanell2,3,5, Jose Ignacio Chacón López-Muñiz2,6, Lourdes Calvo2,7, Juan De la Haba-Rodriguez2,3,8, Ángela Santonja1, Massimo Chiesa2, Federico Rojo2,3,9, Carlos Caldas10 1Instituto de Investigación Biomédica de Málaga (IBIMA), Hospital Clínico Universitario Virgen de la Victoria; 2Grupo GEICAM de Investigación en Cáncer de Mama; 3CIBERONC-ISCIII; 4Hospital Clínico Universitario de Valencia, Universidad de Valencia, INCLIVA; 5Hospital del Mar; 6Hospital Virgen de la Salud; 7Complejo Hospitalario Universitario de A Coruña; 8Hospital Universitario Reina Sofía; 9Fundación Jiménez Díaz; 10Cancer Research UK Cambridge Institute, Li Ka Shing Centre, University of Cambridge

Disclosure Information Employment: Consultant or Advisory Role: Roche, Novartis, Pfizer, Lilly, Palex Stock Ownership: Research Funding: Roche, Sysmex Speaking: Grant support: Other:

IntClust 3-4-7-8: Luminales con Buen Pronóstico (LBP) Integrative Clusters Los “Integrative Clusters” (IntClust) constituyen un sistema de clasificación del cáncer de mama en 10 grupos caracterizados por perfiles moleculares y evoluciones clínicas diferentes, basados en el análisis integrado de datos genómicos y transcriptómicos del tumor Copy Number Alteration Gene Expression Disease Free Survival IntClust 3-4-7-8: Luminales con Buen Pronóstico (LBP) IntClust 10: Basal-like (BASAL) IntClust 1-2-6-9: Luminales con Mal Pronóstico (LMP) IntClust 5: HER2+

+ Goserelina (premenop) Objetivos El objetivo principal fue explorar la capacidad de predecir la respuesta al tratamiento neoadyuvante (pCR en mama y axila) de la clasificación en Integrative Cluster en los tumores pre-tratamiento de los ensayos GEICAM/2006-03 y GEICAM/2006-14 GEICAM/2006-03 Tratamiento selectivo neoadyuvante según subtipo histológico en pacientes HER2-negativo GEICAM/2006-14 Trastuzumab vs Lapatinib neoadyuvante en pacientes HER2-positivo N= 95 Luminales ER+/PR+/HER2- KRT8/18+ Basales RE-/RP-/HER2- CK5/6+ y/o EGFR+ EC-T Exe + Goserelina (premenop) EC-CBPT EC-T + Trastuzumab Lapatinib Tasa Respuesta Clínica: 66% QT vs 48% HT (p=0.075) E Alba. Ann Oncol 2012 Tasa pCR: 52,1% EC-T-Trastuzumab vs 25,5% EC-T-Lapatinib (P=0.0065) E. Alba BJC 2014 N= 189 CM HER2 positivo CM HER2 negativo N= 94 Estratos: Tamaño tumoral Receptor Estrogénico 2006-03: Luminal: Tasa de respuesta clínica del 66% QT vs 48% HT (p=0.075). Emilio Alba et al. Ann Oncol 2012 Basal: Tasa pCR (mama) 35 % en la rama EC–T arm vs. 30 % en EC-CBPT (P value = 0.606). pCR (mama y axila) en 30 % en ambas ramas Emilio Alba et al. Breast Cancer Res Treat (2012) Tasa pCR: 35% EC–T vs. 30% EC-CBPT (p=0.606) E Alba. BCRT 2012 Estratos: Tamaño tumoral Grado Afectación ganglionar Adicionalmente, se exploró la distribución de Integrative Cluster en los tumores pre- vs post-tratamiento

Alteraciones Número Copias (CNAs) Materiales y Métodos Extracción de ADN de 204 tumores FFPE disponibles (100 pre-, 104 post-ttm, 39 pareados) de 165 pacientes. Preparación de librerías para secuenciación Secuenciación de genoma completo HiSeq4000-Illumina (single-read, 50 bps) Procesamiento bioinformático (normalización, segmentación, copy number call) para obtener Alteraciones Número Copias (CNAs) Clasificación IntClust (10) basada en CNAs (iC10 software) Clasificación IntClust funcionales (4) LUM-BP (IntClust 3-4-7-8) LUM-MP (IntClust 1-2-6-9) Basal (IntClust 10) Her2+ (IntClust 5) Comparación de la distribución de IntCluster funcional en los tumores pre- vs post- tratamiento Análisis de asociación de la clasificación de IntCluster funcionales con la respuesta al tratamiento neoadyuvante (pCR en mama y axila) en los tumores pre-tratamiento, mediante análisis de regresión logística multivariante

Características clínico-patológicas SUBTIPO CLINICO TUMORAL y subtipos tumorales Principales características clínico-patológicas de las pacientes (n=165) Tumores analizados, en función de los subtipos clínicos de los tumores pre-tto (basados en la expresión de RH y HER2) VARIABLE N (%) Tamaño tumoral clínico cT1+cT2 123 (75%) >cT3 42 (25%) Afectación Ganglionar pN0 94 (57%) pN1-2-3 68 (41%) ND 3 (2%) Grado Tumoral G1+G2 91 (55%) G3 66 (40%) GX 8 (5%) Ki67≥50 Negativo 90 (55%) Positivo 61 (37%) 14 (8%) SUBTIPO CLINICO TUMORAL COHORTE TOTAL N Tumores (%) COHORTE PAREADA Pre-tratamiento Post-tratamiento LUMINALES 98 pac (59%) 57 (57%) 67 (64%) 26 (67%) HER2+ 18 pac (11%) 11 (11%) 7 (7%) NA TRIPLES NEGATIVOS 49 pac (30%) 32 (32%) 30 (29%) 13 (33%) TOTAL 100 (100%) 104 (100%) 39 (100%)

Distribución de IntClust funcionales en los tumores pre- vs post-tratamiento La distribución en IntClust funcionales en los tumores pre- vs post-tratamiento es significativamente distinta tanto en la cohorte total como en la pareada. COHORTE TOTAL COHORTE PAREADA INTCLUST FUNCIONAL (p=0.01) PRE-TTM N=100 (49%) POST-TTM N=104 (51%) BASAL 17 (17%) 10 (10%) LUM-MP 38 (38%) 29 (28%) LUM-BP 32 (32%) 57 (55%) HER2+ 13 (13%) 8 (7%) INTCLUST FUNCIONAL (p=0.0002) POST-TTM BASAL 6 (15%) LUM-MP 10 (26%) LUM-BP 23 (59%) PRE-TTM 8 (21%) 2 (17%)* 3 14 (36%) 7 (41%)* 4 17 (43%) 1 16 (67%)* * Grado de Concordancia En los tumores post-tratamiento se observa un enriquecimiento del grupo LUM-BP, debido a un aumento en los IntClust 3 y 4, caracterizados por baja inestabilidad genómica. En los tumores pareados el grado de concordancia es mayor en los tumores LUM-BP (67%) que en los LUM-MP (41%) y Basales (17%).

Distribución de IntClust funcionales en los tumores pre- vs post-tratamiento (solo QT) La distribución en IntClust funcionales en los tumores pre- vs post-tratamiento es significativamente distinta en la cohorte pareada. COHORTE TOTAL COHORTE PAREADA INTCLUST FUNCIONAL (p=0.0675) PRE-TTM N=80 (50%) POST-TTM N=81 (50%) BASAL 17 (21%) 10 (12%) LUM-MP 26 (33%) 23 (28%) LUM-BP 24 (30%) 40 (50%) HER2+ 13 (16%) 8 (10%) INTCLUST FUNCIONAL (p=0.0305) POST-TTM BASAL 6 (21%) LUM-MP LUM-BP 16 (58%) PRE-TTM 8 (29%) 2 (17%)* 3 9 (32%) 3 (25%)* 11 (39%) 1 10 (59%)* * Grado de Concordancia En los tumores post-tratamiento se observa un enriquecimiento del grupo LUM-BP, debido a un aumento en los IntClust 3 y 4 (sobre todo el 4 que pasa del 10% al 31%), caracterizados por baja inestabilidad genómica. En los tumores pareados el grado de concordancia es mayor en los tumores LUM-BP (59%) que en los LUM-MP (25%) y Basales (17%).

Distribución en IntClust funcionales de los tumores pre-tratamiento según respuesta al tratamiento La distribución en IntClust funcionales de los tumores pre-tratamiento en función de la respuesta al tratamiento (pCR en mama y axila) es significativamente distinta (p<0.0001) IntClust FUNCIONAL (P<0.0001) pCR (mama y axila) NO (n=73) SI (n=27) BASAL 12 (71%) 5 (29%) LUM-MP 30 (79%) 8 (21%) LUM-BP 29 (91%) 3 (9%) HER2+ 2 (15%) 11 (85%)

Distribución en IntClust funcionales de los tumores pre-tratamiento según respuesta al tratamiento (solo QT) La distribución en IntClust funcionales de los tumores pre-tratamiento en función de la respuesta al tratamiento (pCR en mama y axila) es significativamente distinta (p=2e-04) IntClust FUNCIONAL (p=2e-04) pCR (mama y axila) NO (n=53) SI (n=27) BASAL 12 (71%) 5 (29%) LUM-MP 18 (69%) 8 (31%) LUM-BP 21 (88%) 3 (12%) HER2+ 2 (15%) 11 (85%)

Asociación de la clasificación en IntClust Funcionales con pCR La distribución en IntClust funcionales se asocia de manera significativa con pCR (p=0.0013), independientemente del grado histológico, subtipo clínico y Ki-67. Análisis Multivariante Variable N Odd Ratio (IC 95%) p-valor IntClust Funcional BASAL 16 1 0.0013 LUM-MP 38 2.41 (0.41-14.22)   LUM-BP 32 0.42 (0.03-5.2) HER2+ 13 90.42 (3.61-2262.16) Grado histológico G1+G2+GX 57 0.9724 G3 42 0.98 (0.23-4.09) Subtipo Clínico (ER, HER2) TN 31 <0.0001 11 - LUMINAL 0.42 (0.07-2.46) Ki67≥50 100 1.04 (1-1.08) 0.0421 Negativo 51 Positivo 48 7.65 (0.79-74.39)

Asociación de la clasificación en IntClust Funcionales con pCR (solo QT) La distribución en IntClust funcionales se asocia de manera significativa con pCR (p=0.0033), independientemente del grado histológico, subtipo clínico y Ki-67 . Análisis Multivariante Variable N Odd Ratio (IC 95%) p-valor IntClust Funcional BASAL 16 1 0.0033 LUM-MP 26 2.56 (0.43-15.08)   LUM-BP 24 0.36 (0.03-4.53) HER2+ 13 51.58 (2.08-1280.41) Grado histológico G1+G2+GX 38 0.9724 G3 41 0.8 (0.19-3.39) Subtipo Clínico (ER, HER2) TN 31 11 872760596.99 (0-Inf) LUMINAL 37 0.66 (0.11-3.96) Ki67≥50 Negativo 35 0.0613  Positivo 44 6.73 (0.68-67.11)

Conclusiones El tratamiento neoadyuvante favorece un cambio en el fenotipo de tumores residuales a aquellos con subtipo Luminal, caracterizados por bajos niveles de inestabilidad genómica La clasificación de los tumores en IntClust puede predecir respuesta al tratamiento neoadyuvante en cáncer de mama, independientemente de otras variables clinico-patológicas clásicas