Los Incas de Vilcabamba
Se conoce como Incas de Vilcabamba a los 4 monarcas sucesores de Atahualpa. Ellos encarnaron la resistencia de la élite cusqueña y gobernaron el Estado Inca llamado muchas veces "Imperio Neoinca de Vilcabamba" entre 1536 y 1572. Se consideraban legítimos herederos de Huayna Cápac. El territorio sobre el que pudieron ejercer un poder efectivo correspondía aproximadamente al del actual departamento peruano del Cusco.
Manco Inca (1536 – 1545) Manco Inca inició la dinastía en 1536 después del fracaso de su rebelión en contra de los Pizarro. Organizó una guerra de guerrillas contra las poblaciones españolas del Cusco. Fue asesinado en 1545 en la propia Vilcabamba. Sus asesinos fueron un grupo de almagristas a los que había dado refugio cuando escapaban después de asesinar a Francisco Pizarro.
Sayry Tupac Inca (1545 – 1558) Sayri Tupac Inca fue declarado heredero legítimo cuando murió Manco Inca y empezó negociaciones con el virrey de Lima. Obtuvo del Virrey inmunidad para su dinastía y la propiedad de las tierras del Valle de Yucay (Valle Sagrado o del Urubamba) para su familia. A cambio, se comprometió a no atacar a las poblaciones españolas.
Titu Cusi Yupanqui (1558 – 1571) Titu Cusi Yupanqui reinició la guerra de guerrillas contra los españoles de Cusco y Huamanga (Ayacucho actual). En 1568 negoció un acuerdo de paz con las autoridades españolas. Firmó con el virrey la Capitulación de Acobamba que le entregó tierras para su familia en el valle sagrado a cambio de paz y de dejar entrar a los misioneros cristianos a Vilcabamba.
Túpac Amaru I (1571 – 1572) Túpac Amaru I atacó poblaciones españolas tan pronto fue coronado Inca pero, a diferencia de sus antecesores, no pudo iniciar negociaciones de paz con el virrey de Lima. El nuevo virrey del Perú Francisco de Toledo decidió poner fin a la resistencia incaica que iba creciendo desde Vilcabamba y envió una expedición militar que logró capturar al joven rey. Tras un juicio sumario en Cusco, la antigua capital del imperio, Túpac Amaru I fue decapitado en mayo de 1572.