Technological platform for the analysis of genomic and transcriptomic data Arturo Arismendi Espinosa R2d2.arismendi@gmail.com Grupo de Inmunología Evolutiva e Inmunogenética Instituto de Genética de la Universidad Nacional Grupo internacional de investigación en informática comunicaciones y gestión del conocimiento Universidad Distrital Francisco José de Caldas
Generate data
Data Analysis
Processing Process Software Description Preprocessing FASTQC; FASTXTOOLKIT; PICARD Evaluate quality of data Assemble VELVET, ABYSS, MULTIPLE-K Assenble sequences Anotation BLAST, DESCARGA DE BASES DE DATOS Compare sequences vs data bases. Gene expression Quantification R, DEGSEQ, TOP HAT, CUFFLINKS Quantify how the sequences represented are in the sequence assembled
Software for Assembly
Actual work Acropora Digitefera. Coral reefs. Environment. Endangered specie.