Resolviendo el Rompecabezas de la Genomica

Presentación del tema: "Resolviendo el Rompecabezas de la Genomica"— Transcripción de la presentación:

1 Resolviendo el Rompecabezas de la Genomica
Reunión de distribuidores RASA Noviembre 2009 Michael Sleeper Associate VP-International Marketing

2 Selección genómica completa
Fuentes de información Evaluación Genética Tradicional Predicción Genómica Pedigrí registrado DNA-Basado en Pedigrí Fenotipo del animal /progenie/familiares Genotipo Animal

3 Como utilizar la Genómica
Aplicar la selección Genómica (SG) al desarrollo de programas de toros de I.A. Selección de toros de servicio para su uso en los establos Selección de hembras para cría Futuros usos potenciales Cruzamientos dirigidos por computadora Manejo preciso y cuidado veterinario de las hembras

4 Programa Genético Tradicional de I.A.
Selección del Padre Toro probado por progenie con el 85% CONF- MN Promedio +100 hijas, 200 dias en prod. Promedio hijos por Toro Alto, 80 hijos; Bajo, 5 hijos Típicamente 30 toros como padres por año

5 Programa Genético Tradicional de I.A.
Selección de la Madre En promedio se seleccionan las hembras a los 30 meses 1era lactancia 3-6 meses en la lactancia Contrato para lavado en la 1era o 2da lactancia Excepciones 25% vaquillas vírgenes 25% 3era lactancia o mas grandes

6 Programas Genéticos Tradiconales de I. A. (cont.)
43 meses después, los toros jóvenes (TJ) tiene pruebas de progenie (80% confiabilidad, MN$) TJ es considerado probado y es desechado o regesa al servicio activo El costo promedio de una prueba de progenie por TJ es de US$30,000 32% del costo total, periodo de espera

7 Programa Genético de I.A. con SG
Selección adecuada entre hermanos completos para prueba de progenie Venta temprana de semen de toros jóvenes (TJ) elite Frecuentemente la “mejor” opción para un progreso genético Aumento del no. de toros como padres Combinar TJ y con toros con prueba de progenie Aumentar el no. de madres Aumenta la proporción de vaquillas virgenes con SG

8 Evaluación de hermanos completos
Toro Padre Prom. padres MN$ % Conf. CASH RAMOS + $638 35% CASSINO CHESTER

9 Evaluación de hermanos completos
Toro MNV$ Genómico %Conf. Genómica Diferencia con el PP CASH + $560 76% - $78 CASSINO + $800 75% + $162 CHESTER + $615 - $23

10 La velocidad de la Genómica
Edad Toro 0 3 me 7 me me me 24 me me me me Nacimiento becerro Becerro recogido del establo Colección de semen Distribución de semen en hatos para prueba 1eros becerros nacidos Parto de la hijas Toro promovido como Activo Tradiconal Se recibe su prueba genómica Colección de semen Distribución de semen en hatos para prueba 1eros becerros nacidos Toro promovido como Activo Parto de las hijas Nacimiento becerro Genómica

11 Impacto del Progreso Genético
DG= Intensidad de la selección (i) x x Exactitud (r) Variación (s) Intervalo Generacional (L)

12 Ejemplo1: 1era lactancia vaca inseminada con toro de 1era cosecha (SUPER x hija no probada de TOYSTORY ) Camino de selección Intensidad de la Selección Exactitud Intervalo Generacional i r L i x r Padre del Toro 2.06 .99 10.5 2.04 Madre del Toro 1.40 .69 8.5 0.97 Padre de la hembra 2.41 .94 8.0 2.27 Madre de la hembra 0.27 .45 6.0 0.12 33.0 5.39 Respuesta genética i x r / L 0.16

13 Ejemplo 2: Vaquilla probada genomicamente inseminada con toro de 1era cosecha (SUPER x vaquillas PG x PG Vaca de 1era lactancia) Camino de Selección Intensidad de la Selección Exactitud Intervalo Generacional i r L i x r Padre del toro 2.06 .99 10.5 2.04 Madre del toro 1.40 .69 8.5 0.97 Padre de la hembra 2.41 .90 8.0 2.17 Madre de la hembra 0.27 .76 2.5 0.21 29.5 5.38 Respuesta Genética(R) = i x r / L 0.18

14 Ejemplo 2: Vaquilla probada genomicamente inseminada con toro de 1era cosecha (SEBASTIEN x PG vaquilla x PG vaca de 1era lactancia) Camino de la selección Intensidad de la Selección Exactitud Intervalo generacional i r L i x r Padre del toro 2.06 .94 8.5 1.94 Madre del toro 1.40 .73 5.0 1.02 Padre de la hembra 2.41 .90 8.0 2.17 Madre de la hembra 0.27 .76 2.5 0.21 24.0 5.34 Respuesta Genética(R) = i x r / L 0.22

15 Progreso genético Acelerado con SG
Esquema de Prueba Progenie Conf. Selección Tradicional .16 Selección genómica (solo hembra) .18 Selección Genómica (padre y madre) .22 Ganancia Potencial con SG 38 % Reducción de la conf. al 24% Menor intervalo generacional en 9 años

16 Conflicto de influencia materna
La genómica no remueve completamente el sesgo de influencia materna si esta presente Prom. de sesgo $80 MNV para toros jóvenes Accuracia en la selección de las madres ¡es la clave!

17

18 GENESIS y la genómica Menor intervalo generacional
Selección exacta y temprana de hembras Nivel genético mejorado de los toros que se comercializan

19 Historia del programa GENESIS
1989 Inicio del programa 1991 Stony Hill es construido 1999 Vacas en leche a Harmony-Ho 2001 Se añade un 2do hato cooperador– United Pride 2005 Vacas elite enviadas a Sunshine Genetics 2006 Se introducen hatos satélites 2008 Pruebas genómicas disponibles 2009 Hatos núcleo introducidos

20 Resultados del Programa GENESIS
Proporciones de graduación exceden los tradicionales GENESIS 1 en 7toros Criadores 1 en 10 toros 15 toros CO-OP activos con las pruebas de Agosto ‘09 O-STYLE $793 LNM COLE $776 LNM MASSEY $762 LNM KARSTEN $748 LNM LOGAN $732 LNM CAVANA $718 LNM CORY $718LNM ALABAMA $710 LNM LOYDIE $691 LNM LAZARITH $626 LNM

21 Resultados del programa GENESIS
Hembras GENESIS son reconocidas como elite en la industria con la pruebas genómica Hija de Planet #1 MNV $955 Hija de Shottle #1 GTPI 2500+ 3 hembras con $900+ MNV 5 hembras con $800+ MNV 35 hembras con $700+ MNV 15+ familias representadas entre 35 hembras

22 Intervalo generacional Reducido
0 meses Animal nacido 3 meses Prueba genómica recibida 11 meses Lavado de hembras donantes seleccionadas 15 meses Todas las hembras se inseminan para gestación natural 24-26 meses La hembras paren en un hato de prueba Nace la segunda generación de descendencia

23 Intervalo generacional Reducido
36 meses 2nd generación de hembras seleccionadas Lavado de 1era generación de hembras Elite 42 meses Lavado de 2da generación de hembras 54 meses Nace la 3era generación 60 meses Selección de la 3era generación de hembras Lavado de la 2da generación de hembras

24 El plan de CRI Contratos agresivos para toros
Probar tantos toros como sea posible Identificar a las mejores hembras Utilizar los mejores toros disponibles jóvenes o viejos Maximizar GENESIS

25 El plan de CRI Adquisición de Toros
Aumentar el número de cruzamientos planeados Valor genómico de todos los becerros resultantes antes de seleccionar entre hermanos completos Reducir la edad de los padres con prueba genómica Manejar la diversidad genética Reconocer el valor agregado de un contrato de cruzamiento planeado Competencia feroz, 1st por la 1era opción Mayor exactitud

26 El plan de CRI Hatos en Prueba de Progenie (PP)
Menos toros en PP Menos capacidad de muestreo Selección de hatos para prueba de progenie Calidad de manejo de alto nivel Uso eficiente de semen Calidad del manejo de datos Mercadeo directo del mejor 20%

27 El plan CRI Mercadeo de la Genómica
Los toros activos con prueba de progenie usan datos genómicos en la estimación de su PTA Resulta en pruebas estables Los toros activos con prueba genómica ofrecen mayor oportunidad Casi 40 toros genómicos Líder en la industria de paquete genetico completo

28 Activos genómicos: Agosto
Ahora 365 genómicos activos, todos los centros 100 mas que en Abril Promedios de la Industria +$556 LNM TPI™ Milk PL DPR PTAT UDC CRI +$633 2048 +1523 +4.7 +0.5 +2.79 +2.65 Genex active genomic sires average $100 higher Net Merit and 100 points higher TPI – than the average of what the industry calls active. Coded active, 4/09 USDA-AIPL 28

29 Activos genómicos, por centro
Prom MNV$ Prom TPI Prom VP Prom TPH CRI 47 633 2048 4.7 0.5 Select 87 556 2005 3.8 -0.2 Alta 16 579 1986 3.4 0.1 Accel 19 632 2083 4.6 0.3 ABS 23 560 2011 3.5 -0.4 Semex 55 527 2001 2.8 -0.9 Quality Counts, Not Quantity You will see our advantage in health traits – longevity and cow fertility – through and through. This stems from our selection criteria. Producers see our advantage in bulls like Lynch and Wizard. Longevity and fertility are critical to them. Coded Active, 4/09 USDA-AIPL 29

30 Toros genómicos Elite Centro # > 700 MNV$ # > 6.0 VP
# > 2.0 TPH CRI 13 10 8 Select 14 7 1 Alta Accel 3 ABS 2 Semex 6 Coded Active, 4/09 USDA-AIPL

31 Cambios a los toros genómicos con la adición de hijas
Rasgo Enero Agosto Promedio cambio Milk +1157 +1068 -89 LNM$ 404 362 -42 LNM$ Rel 68 79 +11 182 toros con prueba genómica en Enero y se añadieron hijas en agosto (promedio 60 hijas) Muy temprano para otros rasgos Pocas, si algunas, hijas en su prueba de tipo 4/09 & 1/09 &12/08 USDA-AIPL

32 ¿Cambiaron los toros genómicos?
Rasgo Enero Abril Promedio Cambio Leche 1334 1336 +2 Vida Prod. 4.7 4.4 -0.3 PTA Tipo 2.76 2.78 +0.02 MNV$ 613 595 -18 MNV$ Conf. 68 70 Toros genomicos probados activos en Enero comparados con su prueba genómica en Abril (sin hijas) Las pruebas genómica cambiaron muy poco Pueden cambiar si otros miembros de la familia son evaluados genomicamente o hay cambios en la prueba de padre y madre 4/09 & 1/09 USDA-AIPL

33 Genomics, Plus Daughters
34 genomic bulls active in January 8 now have daughters $608 LNM (Aug.) $649 LNM (Jan.) 6 have daughters classified +2.15 PTAT, Udder (Aug.) +2.26 PTAT, Udder (Jan.)

34 Did Genomic Bulls Change?
Trait January August Average Change Milk 1227 1228 +1 Prod Life 3.3 3.1 -0.2 PTA Type 2.01 1.99 -0.02 LNM$ 477 465 -12 LNM$ Rel. 66 71 +5 778 CRI genomic-proven bulls in January, compared to August genomic proof (no daughters yet) Genomic proofs changed very little Can change as other family members genomic tested, or sire/dam proof changes 4/09 & 1/09 USDA-AIPL

35 Type Changes: All Genomic Bulls With Daughters
Trait January August Avg Change Type +1.52 +1.41 -0.11 58 Code 1 bulls with genomic proof in January and classified daughters in August (average 32 daughters) 8/09 &12/08 USDA-AIPL

36 Stud Av. Percentile LNM$
Elite for Profit 17 Code 1 Over $700 Net Merit! Lineup # Active Sires* Lifetime Net Merit Stud Av. Percentile LNM$ Stud Av. LNM$ # of Sires 90th % LNM$ CRI 108 94 $557 72 Select Sires 191 84 $459 77 Alta 109 70 $386 17 Accelerated 95 76 $411 28 ABS 130 73 $401 38 Semex 71 54 $323 10 * Genomic & progeny, August 2009

37 Top 15 LNM$ 1HO8784 FREDDIE %-I 911 60 1HO9208 SHAMPOO 829 G New
DTRS 1HO8784 FREDDIE %-I 911 60 1HO9208 SHAMPOO 829 G New 1HO2683 SEBASTIAN 824 1HO2565 CASSINO %-I 800 1HO8778 SUPER 797 94 1HO9167 O-STYLE 793 1HO9192 HILL 780 1HO2571 COLE 776 1HO9527 MASSEY 762 1HO9952 KARSTEN %-I 748 1HO8658 LOGAN 732 88 1HO2460 ARTHUS 722 1HO9928 CORY 718 1HO9040 CAVANA 17 1HO9315 ALABAMA 710 Top 15 LNM$

38 Elite for Longevity CRI 4.0 30 Stud Code 108 Select Sires 191 2.8 21
# Active Sires* Stud Av. PL # of Sires 90th% PL CRI 108 4.0 30 Select Sires 191 2.8 21 Alta 109 1.9 5 Accelerated 95 2.4 13 ABS 130 11 Semex 71 1.0 * Genomic & progeny, August 2009

39 Top 15 Longevity 1HO8784 FREDDIE %-I 8.9 60 1HO8778 SUPER 7.9 94 New
DTRS 1HO8784 FREDDIE %-I 8.9 60 1HO8778 SUPER 7.9 94 New 1HO2684 RETAIL %-I 7.6 G 1HO2683 SEBASTIAN 7.3 1HO8631 LES 7.2 114 1HO2565 CASSINO %-I 6.9 1HO9137 SLY 6.8 1HO6360 WIZARD 27,201 1HO9208 SHAMPOO 6.6 1HO9167 O-STYLE 1HO9103 CABHI 1HO8521 DANGER 75 1HO2980 RAKUUNA %-I 6.4 173 1HO9952 KARSTEN %-I 6.2 1HO8927 VARS %-I Top 15 Longevity

40 Elite for Cow Fertility
Stud Code # Active Sires Stud Av. DPR # of Sires 90th% DPR CRI 108 0.6 19 Select Sires 191 -0.2 Alta 109 7 Accelerated 95 -0.1 10 ABS 130 0.0 15 Semex 71 1 * Genomic & progeny, August 2009

41 Top 15 Cow Fertility 1HO6360 WIZARD 3.7 27,201 New 1HO8631 LES 3.6 114
DPR DTRS 1HO6360 WIZARD 3.7 27,201 New 1HO8631 LES 3.6 114 1HO8784 FREDDIE %-I 3.5 60 1HO8927 VARS %-I 3.3 G 1HO8521 DANGER 3.2 75 1HO2683 SEBASTIAN 2.8 1HO9167 O-STYLE 1HO2590 KASEY-P-RED 2.5 1HO9103 CABHI 2.4 1HO9137 SLY 2.3 1HO2684 RETAIL %-I 1HO8789 TURN 92 1HO8778 SUPER 2.1 94 1HO8919 INFINITE 1HO9673 MONTA 2.0 Top 15 Cow Fertility

42 Elite For Production CRI 1326 18 Lineup 108 Select Sires 191 1186 25
# Active Sires Milk Stud Av. Milk # of Sires 90th % Milk CRI 108 1326 18 Select Sires 191 1186 25 Alta 109 1222 10 Accelerated 95 1277 16 ABS 130 1023 12 Semex 71 1028 5 * Genomic & progeny, August 2009

43 Top 15 Milk 1HO9248 SIGNIF-P 2976 G 1HO9184 SPA 2570 1HO9192 HILL 2517
HEFTY 2442 1HO2490 CHARL ISY %-I 2375 1HO9092 LAZARITH 2301 New 1HO9928 CORY 2290 1HO7127 SHARKY 2267 3096 1HO9952 KARSTEN %-I 2248 1HO2460 ARTHUS 2190 1HO7900 EARNIT 2173 152 1HO8556 ARCHER 2172 86 1HO8987 CHARLES 2126 1HO8778 SUPER 2114 94 1HO8430 PY *RC 2111 107 Top 15 Milk

44 Top 15 Udders 1HO9309 IAN 3.94 G 1HO9543 KOLTON 3.87 1HO9192 HILL 3.76
UC DTRS 1HO9309 IAN 3.94 G 1HO9543 KOLTON 3.87 1HO9192 HILL 3.76 1HO9544 KAMPMAN 3.74 1HO2584 ANTON 3.55 1HO8878 PALM 3.47 1HO9554 HICLASS 3.44 1HO2531 HEFTY 3.32 New 1HO2683 SEBASTIAN 3.31 1HO8997 PENOSH 3.28 1HO9225 DON JUAN 3.26 1HO9527 MASSEY 3.19 1HO9928 CORY 3.14 1HO2543 TASTIC 3.04 1HO2621 COCOMO %-I 3.03 Top 15 Udders

45 New Pedigree Choices LNM Dtrs 1HO9952 KARSTEN %-I 748 G Ramos x Lancelot x BW Marshall 1HO2611 SEQUOIA 704 Boliver x Ramos x Addison 1HO9137 SLY 689 Potter x Orion x Belwood 1HO2684 RETAIL %-I 677 Ramos x Durham x Mtoto 1HO9673 MONTA 615 Toystory x Lynch x Onward 1HO2680 MALVO 614 Zenith x Wizard x BW Marshall 1HO9528 BUCKO %-I 604 Boliver x Wizard x Lynch 1HO7973 MELVIN 567 110 Ramos x RC Marshall x Celsius 1HO2621 COCOMO 501 Baxter x Lancelot x Trent 9 new bulls with no O Man or Shottle and over $500 LNM

46 Choose a Toystory Son 1HO9673 MONTA 1HO2571 COLE 1HO9928 CORY
From the same family in GENESIS 1HO9673 MONTA Toystory x Lynch x Onward +$615 LNM +4.4 PL +2.0 DPR Plus percents +2.66 Type +2.67 UDC +2.2 SCR 1HO2571 COLE Toystory x O Man x Orion +$776 LNM +3.2 PL +3.28 Type +2.53 UDC 7% SCE +2.8 SCR 1HO9928 CORY Toystory x Shottle x Orion +$718 LNM +4.0 PL +2290 Milk +3.36 Type +3.14 UDC +1.2 SCR

47 Compra y uso de Semen ¡Confíe en los números! Mejor regla general:
El nivel genético determina el uso de un toro El nivel de confiabilidad determina cuantos toros usar? (las extensionistas) 5 toros por cada100 vacas, 6 meses 20 toros, 1000 vacas 6 meses 1 toro por 2 periodo de 6 meses

48 Michael Sleeper, CRI msleeper@crinet.com
Preguntas y Discusión Michael Sleeper, CRI