COGs Cluster of Orthologous Groups. Genes Ortólogos Comparten una gran similitud en secuencias. Pueden provenir de un ancestro común.

Presentación del tema: "COGs Cluster of Orthologous Groups. Genes Ortólogos Comparten una gran similitud en secuencias. Pueden provenir de un ancestro común."— Transcripción de la presentación:

1 COGs Cluster of Orthologous Groups

2 Genes Ortólogos Comparten una gran similitud en secuencias. Pueden provenir de un ancestro común.

3 COGs Grupos de secuencias relacionadas por comparaciones hechas a todo el proteoma. En muchos casos los genes ortólogos pertenecen a familias compuestas de secuencias parálogas relacionadas una con otra por eventos de duplicación de genes.

4 Objetivos Identificar todas las proteínas similares en los organismos, definidas como un grupo ortólogo relacionado por procesos de especiación y eventos de duplicación de genes. Clasificar proteínas de genomas completamente secuenciados en base al concepto de ortología.

5 Aplicaciones Predicción de funciones de proteínas individuales o de conjuntos de proteínas. Análisis de patrones filogenéticos. Búsquedas mas sofisticadas. Es posible identificar sistemáticamente las familias conservadas que faltan en un genoma dado.

6 COGNITOR Permite asignar nuevas proteínas a los COGs

7 Algoritmo Comparación todos contra todos usando un gapped BLAST, después de filtrar regiones de baja complejidad y coiled-coils

8 Algoritmo 1. Realizar una comparación todos contra todos. 2. Detectar y desechar parálogos obvios (p.e. proteínas del mismo genoma que son muy familiares entre si, mas que a una exogena) 3. Detectar triángulos mutuamente consistentes (BeTs) tomando en cuenta a los grupos parálogos encontrados en el paso 2.

9 Algoritmo 4. Unir los triángulos con un lado común en un nuevo COG. 5. Realizar un análisis caso por caso en cada COG  evitar proteínas multidominio, falsos positivos 6. Examinar COG grandes que incluyan múltiples miembros de todos o varios de los genomas  árboles filogenéticos, análisis de clusters y inspección visual

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11 Algoritmo El 95 – 97% de los COG asignados por el COGnitor, no requieren curación posterior Muyl útil para bacterias y archaea  70% proteínas ortólogas

12 Ejemplo Objetivo: Encontrar genes ortólogos para la isosima H8 de ligninase proveniente de Phanerochaete chrysosporium Resultado: Gen ortólogo Catalasa A de Saccharomyces cereviseae

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