Cómputo paralelo usando MPI: Simulaciones de N-cuerpos en la física

Presentación del tema: "Cómputo paralelo usando MPI: Simulaciones de N-cuerpos en la física"— Transcripción de la presentación:

1 Cómputo paralelo usando MPI: Simulaciones de N-cuerpos en la física
M.A. Rodríguez-Meza Instituto Nacional de Investigaciones Nucleares Correo electrónico: Rock & Roll!! 18/08/09 UAEH

2 Sistemas operativos MS-DOS y similares: Un usuario un proceso
VMS: Multitask, multiusers, ... UNIX: igual ... y ¿Windows? Establecen el ambiente necesario para que el CPU trabaje a las ordenes del usuario. Muli-CHAFA

3 Linux y el software libre
Fue lo que hizo posible el bum del desarrollo de cómputo científico barato y al “alcance de todos”. ¡Software libre y abierto! Pero, ..., ¡entiendale Uds a los códigos! Siguiente paso: Código abierto y libre y te enzeño como funciona

4 Nuestros intentos en Puebla (1994-1995)
Linux, distribución Slackware MPI, distribución MPICH Cluster de a 66 Mhz (1995) La Jauria (2000): Alphas

5 Ekbek en el CINVESTAV 64 nodos Pentiums 2.5 Ghz

6 Tipos de clusters Memoria distribuida (Ekbek)
Memoria compartida (ININ: draco 16 itanium) Clusters, Granjas y grids ¿Cúal es mejor?

7 Configuración física de un cluster

8 Ingredientes básicos Hardware: Maestro y esclavos, N-computadoras
Computadora Maestra: CPU, teclado, ratón y monitor (Aparentemente) Computadora esclava (de cómputo): CPU y ya (Aparentemente) Software ... Rocks and Rolls: Sistema operativo Linux, lenguages C y Fortran, Visualización, Protocolo MPI, herramientas de administración (el propio Rocks), monitoreo, más distribución y administración de trabajos.

9 Rocks

10 Rocks and Rolls Kernel base
Area51: Utilerias y servicios para analizar la integridad de los archivos y el kernel en el cluster. ganglia: para monitorear al cluster. Un valor individual a ser monitoreado se llama metric en el sistema Ganglia. Los metrics son medidos en los nodos del cluster y Ganglia los comunica al nodo maestro. hpc: proveer con las herramientas configuradas que pueden ser usadas para correr aplicaciones en paralelo en el cluster. Los siguientes paquetes son incluidos: MPI sobre ambientes ethernet (OpenMPI, MPICH, MPICH2); PVM; Benchmarks (stream, iperf, IOzone). sge: instala y configura el administrador de colas SUN Grid Engine. web-server java xen os disk 1 os disk 2 Java xen: Instala y configura VMs en un cluster Rocks

11 Nodo Maestro Inserte el CD Kernel/Boot Roll y arranque la máquina.
La máquina muestra una pantalla de bienvenida: Tecleé “build”. Puede ser necesario configurar IPv4 o IPv6. Seleccione los Rolls insertando y sacando los CD’s correspondientes. (Lo mínimo: kernel, base, web-server, os-1 y os-2). Introduzca la info correspondiente a la configuración del Maestro: Host name (requerido), cluster name, Latitude/Longitud (N19.20/W99.10), etc. Configure la red, eth0 (local: ) y eth1 (mundo exterior: (DHCP)). Introduzca el password de root. Configure el tiempo. Establezca la partición del disco. ... (6:24 – 6:33 – 6:55 ) Inserte los CD’s de instalación como se le vayan pidiendo. Comienza la instalación. Al final se arranca la máquina de nuevo. ¡¡¡LISTO el NODO Maestro!!! La interna es: IP: NetMask: DHCP asigna automaticamente un iP, pero puede darse: NetMask: Gateway: DNS: , Para la instalación en VM Fusion, en la Mac agregar este nombre al /etc/hosts bolas.local

12 Nodos de cómputo Haga login en el nodo maestro como “root”.
Corra el programa que captura las peticiones DHCP de los nodos de cómputo y que pone la información en la base MySQL de Rocks: # insert-ethers Seleccione el tipo, en nuestro caso “Compute”, hago “OK” y ... Arranque el primer nodo de cómputo. Antes cambie el orden de los dispositivos a: PXE, CD, HD. (Pulse F2 al momento del arranque). Cuando el nodo maestro recive la petición de DHCP hace la asignación en la base de datos y actualiza los archivos de configuración (/etc/hosts, /etc/dhcpd.conf y el DNS). En este momento se puede monitorear la instalación usando rocks-console compute-0-0 Después de haber instalada todos los nodos de cómputo en el primer cabinete termine el proceso: insert-ethers, tecleando F8. Se puede agregar otro cabinete tecleando: Insert-ehters –cabinet-1 Eso nombrará los nodos de cómputo como “compute-1-0, compute-1-1, …” Y con esto hemos armado nuestro cluster “BOLAS” y ¡¡¡LISTO a trabajar!!!

13 Algunas tareas de administración en Rocks
La ayuda se obtiene con: # rocks list help Alias a un nodo de cómputo: # rocks add host alias compute-0-0 c-0-0 La lista de nodos: # rocks list host {alias} Listado de las acciones de arranque: # rocks list host boot Listado de la partición de un nodo: # rocks list host partition compute-0-0 Listado de la información de la red: # rocks list network Listado de los Rolls: # rocks list roll Corre un comando para un nodo: # rocks run host compute-0-p “ls /tmp” o de la siguiente manera: # ssh compute-0-0 “shutdown –r now” Para sincronizar a los usuarios (/etc/passwd, /etc/shadow, ..., restart autofs): # rocks sync users Para sincronizar servicios: # rocks sync config Apaga un nodo de computo: # rocks run host compute-0-0 “shutdown –h now” Para poner una acción al arranque de un nodo: # rocks set host installaction compute-0-0 install o # rocks set host compute-0-0 action=install Para remover un nodo: # rocks remove host compute-0-1 “rocks help” es un alias para “rocks list help” rocks viz rocks list host Para exportar un nuevo directorio del maestro a todos los nodos esclavos que sea accesible bajo “/home”. 1. Se agrega el directorio que se quiere exportar al archivo “/etc/exports”, /export/disk / (rw) Lo que agrega el directorio “/export/disk1” a los nodos que están en la red interna, en el caso anterior la configurada como (parece que la red de bolas es con ). 2. Recomiense NFS # /etc/rc.d/init.d/nfs restart 3. Agregue una línea a “/etc/auto.home” scratch frontend-0:/export/disk1 lo que hará que “/export/disk1” se exporte como “/home/scratch” en cada nodo de computo. 4. Se informa 411 del cambio: make –C /var/411

14 Algunas tareas de administración en Rocks
Un usuario se agrega con: # useradd username # rocks sync users “rocks help” es un alias para “rocks list help” rocks viz rocks list host Para exportar un nuevo directorio del maestro a todos los nodos esclavos que sea accesible bajo “/home”. 1. Se agrega el directorio que se quiere exportar al archivo “/etc/exports”, /export/disk / (rw) Lo que agrega el directorio “/export/disk1” a los nodos que están en la red interna, en el caso anterior la configurada como (parece que la red de bolas es con ). 2. Recomiense NFS # /etc/rc.d/init.d/nfs restart 3. Agregue una línea a “/etc/auto.home” scratch frontend-0:/export/disk1 lo que hará que “/export/disk1” se exporte como “/home/scratch” en cada nodo de computo. 4. Se informa 411 del cambio: make –C /var/411

15 Agregando plplot ./configure –prefix=$HOME/local make make install

16 Un final casi final de esta parte del curso sobre paralelización
Tonatiuh dijo que Uds. al final del curso saldrían corriendo ... en paralelo ... je!

17 Let´s rocks & rolls!!! Con el cuarteto del IAC ... Francisco Mario
Miguel Ricardo Con el cuarteto del IAC ...