Informática Médica: Detección y acceso a la información científica Curso Universitario de Postgrado de Cardiología Facultad de Ciencias Médicas Universidad.

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1 Informática Médica: Detección y acceso a la información científica Curso Universitario de Postgrado de Cardiología Facultad de Ciencias Médicas Universidad Nacional de Rosario Santa Fe, Argentina, 13 de septiembre de 2004 Prof. Dr. Armando Pacher Bioingeniería - Universidad Nacional de Entre Ríos CETIFAC – Centro de Teleinformática de la Federación Argentina de Cardiología - FAC

2 Encuesta n=28

3 Localización de información científica en Internet Dónde buscar la información Estrategias y tácticas de búsqueda: (AND OR NOT, etc.) Utilización de PubMed – Medline y sus herramientas Utilización de BIREME-LILACS

4 Se asume que los asistentes saben cómo conectarse a Internet y utilizar un Browser o Navegador. La charla de esta noche puede continuar en forma virtual y permanente en el Foro de Informática en Cardiología de FAC: cursofac@fac.org.ar El material que se proyectará se encuentra en la Web: www.fac.org.ar/fec/cursofac/fmsfe04 Materiales relacionados: www.fac.org.ar/fec/cursofac Aspectos generales

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6 Localización de la información científica Tipos de información Documentos, imágenes, trabajos científicos. Al ser no controlada, Internet tiene contenidos que representan un libre muestrario de la Humanidad: es necesario filtrar para separar la paja del trigo. ¿Dónde se encuentra la información filtrada? En sitios de instituciones académicas y científicas y bibliotecas (en general son sitios cuyas direcciones tienen la extensión.edu.org.gov). *

7 Localización de la información científica Se localiza información: A través de la Web: accediendo a sitios institucionales y bibliotecas con programas llamados Buscadores o Searchers accediendo a Medline accediendo a Bireme-Lilacs

8 Web: World Wide Web Conforma una telaraña (web) de información multimedial

9 Web: World Wide Web La Web es multimedial: su interfaz integra datos, audio y video y los enlaza mediante hipertextos. Tim Berners-Lee - 1990 CERN – Laboratorio Europeo de Física de Partículas

10 Web: World Wide Web Los hipertextos (hipervínculos o links) enlazan documentos y los ofrecen a distancias de uno o pocos clicks, aunque el material se encuentre en computadoras separadas por miles de kilómetros. 3er click 1er click 2do click

11 Localización de la información científica Se localiza información: A través de la Web: accediendo a sitios institucionales y bibliotecas: Federación Argentina de Cardiología www.fac.org.ar

12 1er click

13 2do click Sitios institucionales 3er click

14 Sitios institucionales una distancia de tres clicks

15 Organizaciones internacionales a tres clicks

16 Múltiples instituciones a tres clicks

17 Universidades a tres clicks

18 Certificación de ética y calidad en la información científica Rigurosidad en el filtrado y acreditación de sitios

19 Acreditación

20 Certificación de acreditación

21 Principios

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23 MedHunt Búsqueda de información en sitios certificados por HonCode

24 Sitios institucionales: Ateneos click

25 Sitios institucionales: Ateneos click

26 Sitios institucionales: Ateneos

27 Sitios institucionales

28 Sitios institucionales: Congresos

29 Sitios institucionales: Webcast de Congresos

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32 Sitios institucionales: Conferencias

33 Sitios institucionales: congresos a través de Internet

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36 Interactividad con conferencistas

37 Información filtrada para pacientes y familiares en sitios institucionales

38 Localización de la información científica Se localiza información: A través de la Web: accediendo a sitios institucionales y bibliotecas con programas llamados Buscadores o Searchers accediendo a Medline accediendo a Bireme-Lilacs

39 Buscadores o Searchers Google Copernic Yahoo! Webcrawler Metacrawler Lycos Excite Infoseek HotBot otros (Magellan, EuroSeek, Altavista, Fast Search, Direct Hit, YellowPages, Albert, etc., etc. etc.) Información no filtrada salvo la de instituciones científicas y académicas. Utilizar uno o a lo sumo dos y aprender a fondo sus funcionamientos (cada uno tiene sus propias reglas)

40 Buscadores o Searchers Supongamos una búsqueda de un tema de actualidad, como apoptosis, utilizando como buscador a Google

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42 ? 1.700.000 citas

43 Es imprescindible limitar las búsquedas en la Web Utilización de operadores lógicos AND OR NOT Recordar la Teoría de Conjuntos Conjunto A y Conjunto B Intersección - Unión - Diferencia

44 Operador AND (= Y) A Y B arritmia AND ventricular localiza trabajos que incluyan la palabra arritmia y la palabra ventricular Limitar las búsquedas en la Web Intersección

45 Operador OR (= O) A OR B arritmia OR ventricular localiza trabajos que incluyan la palabra arritmia o la palabra ventricular Limitar las búsquedas en la Web Unión

46 Operador NOT ( = NO) A NOT B arritmia NOT ventricular localiza trabajos que incluyan la palabra arritmia pero no ventricular Limitar las búsquedas en la Web Diferencia

47 Operadores AND OR NOT arrhythmia AND ventricular: encuentra trabajos de arritmia ventricular arrhythmia OR ventricular: encuentra tanto trabajos de arritmia como trabajos que tengan la palabra ventricular arrhythmia NOT ventricular: encuentra trabajos de arritmia no ventricular *

48 Operadores AND OR NOT: combinaciones arrhythmia AND ventricular NOT ischemia: encuentra trabajos de arritmia ventricular sin isquemia arrhythmia AND ventricular AND treatment NOT ischemia: encuentra trabajos de tratamiento de arritmia ventricular sin isquemia arrhythmia AND ventricular NOT sustained AND treatment NOT ischemia : encuentra trabajos de tratamiento de arritmia ventricular no sostenida sin isquemia *

49 Acotando la búsqueda con operadores combinados

50 129 citas

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52 AND OR NOT Opción de búsquedas avanzadas

53 Limitar las búsquedas en la Web Equivalencias: AND = + OR = ^ NOT = - Inclusión de frases: "radiation induced apoptosis coronary stents Estudiar los comandos de cada Searcher: ? *, () etc., etc.

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55 Utilización del caché para páginas eliminadas

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57 Búsqueda selectiva de imágenes

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62 Acceso a traducción on line (limitada en su calidad)

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65 Original Traducción

66 Copiado (download) de la información Mediante el browser, desde el sitio donde se localizó el o los archivos: definir bien la ubicación, para su localizacion posterior Se disminuye el tiempo de copiado mediante programas específicos: www.gozilla.com - www.getright.com - www.speedbit.com

67 Guardar direcciones de sitios de interés localizados en la Web Favoritos - Bookmarks

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71 Los favoritos se pueden copiar en diskettes, enviar por email, etc.

72 Localización de la información científica Se localiza información: A través de la Web: accediendo a sitios institucionales y biliotecas con programas llamados Buscadores o Searchers accediendo a Medline accediendo a Bireme-Lilacs

73 Medline Base de datos bibliográfica de la National Library of Medicine - NLM abarca los campos de medicina, enfermería, odontología, veterinaria, salud pública y ciencias preclínicas o básicas. contiene citas bibliográficas y resúmenes de aproximadamente 4300 publicaciones biomédicas sumando más de 10 millones de citas desde 1966. se actualiza mensualmente es gratuita PubMed ofrece acceso a dos bases de datos: MEDLINE y PREMEDLINE (datos aún no indexados en MEDLINE) PubMed se actualiza semanalmente. *

74 PubMed - Medline Búsquedas simples con o sin operadores AND OR NOT Utilización de Limits acotación de los resultados Journal Browser para hojear revistas Citation Matcher ubica trabajos conocidos MeSH Browser búsquedas avanzadas Clinical Queries mediante categorías (therapy, diagnosis, etiology, prognosis) y elección de sensibilidad y especificidad. Cubby almacenamiento y actualización de búsquedas *

75 PubMed - Medline Habilitar la recepción de cookies antes de comenzar las búsquedas

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77 arrhythmia Búsqueda simple: arrhythmia

78 Arrhythmia: 101.249 citas

79 Utilizando operadores AND – OR - NOT

80 Arrhythmia AND ventricular: 36.674 citas Por defecto, si hay más de un término el operador es AND

81 Si están habilitadas las cookies, History guardará las búsquedas y las mostrará en orden cronológico

82 History: combinación de búsquedas Se utiliza el signo numeral # delante del número de búsqueda: #2 AND #6 #3 AND (drug therapy OR diet therapy). Número máximo de búsquedas a almacenar: 100 Duración de la actividad de la cookie: ocho horas Limpieza de búsquedas: Clear History

83 Guardado de una búsqueda Click en Details Clic en URL aparecerá la URL (dirección) de la búsqueda Guardar en Favoritos o Bookmarks No funciona si se utilizó History (pues dura sólo ocho horas)

84 Arrhythmia AND ventricular AND treatment NOT sustained: 15.608

85 Arrhythmia AND ventricular AND treatment NOT sustained AND 2001: 1074

86 Utilización de Limits campo de búsqueda (título, autor, etc.) grupo etario sexo humano o animal idioma disponibilidad de abstracts fechas de publicación o de indexación tipo de publicación (ensayo clínico [clinical trial], editorial, etc.) Nota: la mayoría descartan PREMEDLINE

87 Agregando Limits

88 Resultado con Limits: 31 citas

89 Id. anterior, trabajos sólo de 2001: 7 citas Traducción: buscar ensayos clínicos que tengan abstracs, publicados en 2001, sobre tratamiento en adultos de arritmia ventricular no sostenida.

90 Tipos de artículos Clinical Trial Editorial Letter Meta-Analysis Practice Guideline Randomized Controlled Trial Review

91 Subgrupos por edad All Infant: birth-23 months All Child: 0-18 years All Adult:19+ years Newborn: birth-1 month Infant: 1-23 months Preschool Child: 2-5 years Child: 6-12 years Adolescent: 13-18 years Adult: 19-44 years Middle Aged: 45-64 years Middle Aged + Aged: 45+ years Aged: 65+ years 80 and over: 80+ years

92 Descripciones de campo y tags [ ] Affiliation [AD]: datos de contacto All Fields [ALL] búsqueda en todos los campos Author [AU] búsqueda por autor Entrez Date [EDAT]: fecha en que ingresó el artículo Journal Title [TA] Filtro [sb] loall[sb] – citas con liks externos free full text[sb] - citas con full-text gratuitos full text[sb] – citas a artículos full-text Etc., etc... Información completa: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html#Searc hFieldDescriptionsandTags

93 Búsqueda por autor En el campo AUTOR introducir el apellido e iniciales, sin puntos ni comas: smith ja jones k Si se ingresa sólo apellido se buscará en todos los campos, salvo que este dato esté indexado en MESH o que se acompañe de [au]: Yang encontrará Yin-Yang [MeSH] o Yang [Text Word] Yang [au] sólo buscará en autores

94 Nombre de publicaciones Campo título Título completo: Molecular Biology of the Cell Abreviatura de Medline: mol biol cell El número ISSN (código internacional estandard): 1059-1524 (ausente en publicaciones antiguas) Título según aparece en el catálogo de NLM Si hay [ ] o ( ) quitarlos: j hand surg [am] debe ingresarse j hand surg am Exclusivamente títulos: [ta]

95 MeSH Translation Table Sistema de traducción automático MeSH Terms See-Reference mappings for MeSH terms MeSH Subheadings Publication Types Pharmacologic Action terms Sinónimos o equivalentes en inglés Si el término ingresado tiene un equivalente en esta tabla, la búsqueda se hará automáticamente en términos MeSH

96 Mapeo automático de términos Orden de búsqueda: MeSH Translation Table Journals Translation Table Author

97 Journals Translation Table Sistema automático de traducción de nombres de publicaciones Ingresando new england journal of medicine se hará la búsqueda automáticamente como "N Engl J Med"[Journal]

98 Uso de * y de * Permite búsquedas de troncos de palabras card* encontrará cardiac, cardiovascular, etc. buscan frases exactas. Anulan el mapeo automático de términos

99 Subcategorías de Journal/Citation Se obtienen mediante el agregado del prefijo jsubset y las letras de la subcategoría: neoplasms AND jsubsete E citas o publicaciones sobre bioética H Publicaciones de administración de salud IM Index Medicus N enfermería Q historia de la medicina S ciencias del espacioT X HIV SIDA

100 PubMed Central Búsquedas de publicaciones que tienen contenidos full text Se accede desde PubMed Central o con los comandos: pubmed pmc local[sb] Ejemplo: sudden death AND pubmed pmc local[sb] Publicaciones con abstracts Comando: hasabstract Ejemplo: sudden death AND hasabstract

101 Journal Browser Herramienta para hojear publicaciones Se ingresa el nombre de la publicación, o la abreviatura correspondiente de MEDLINE o el identificador ISSN. Mediante Limits se elige el ejemplar buscado

102 Ingreso del nombre de la publicación

103 Codificación de la publicación

104 Acceso a la totalidad de lo publicado: 17.965 citas

105 Utilización de Limits: fecha de publicación

106 Utilización de Limits: fecha de publicación: 55 citas

107 Citation Matcher Herramienta para buscar artículos cuando se dispone de la cita Se ingresan los datos conocidos en los diferentes campos*

108 Cuando se conoce la cita bibliográfica

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110 Obtención directa cuando se conoce la cita bibliográfica

111 Abstract del artículo Búsqueda de artículos que contengan en el título, abstract o en MeSH palabras correspondientes, seleccionadas mediante un poderoso algoritmo. Posee opciones, incluyendo combinaciones con búsquedas: #3 AND english[la] Books y LinkOut rescatan abstracts de libros y links a sitios Webs relacionados

112 MeSH Browser - Encabezados de Temas Médicos Herramienta de mayor complejidad y eficacia: aplica la lógica que utilizan los bibliotecarios. Cada cita en la sección de MEDLINE en la base de datos de PubMed es indexada con los Medical Subject Headings (o MeSH) que describen el tema contenido en el artículo. El MeSH Browser permite la búsqueda de citas por términos MeSH. Los términos MeSH se dividen en encabezados y subencabezados*

113 MeSH Browser (actualmente Mesh Database con algunas diferencias)

114 Buscar el término MeSH

115 Muestra los términos que tiene indexados

116 Verificar el árbol y agregarlo (Add) a la búsqueda

117 Buscar subencabezados o subtérminos MeSH

118 Incluir subtérminos MeSH, de a uno por vez

119 Realizar la búsqueda en PubMed

120 Incluir límites si son necesarios

121 Verificar el esquema MeSH utilizado (Details)

122 Opción de guardar la búsqueda MeSH

123 Guardado de la búsqueda como Favoritos o Bookmarks

124 Ej.: Inmunología en la Enfermedad de Chagas congénita Optar por "MeSH Browser" Escribir en "Search for:" el término a buscar (Chagas) y hacer clic en "Go" Elegir en el listado el término MeSH más adecuado (Chagas Disease) y hacer clic en "Browse this term" Aparece un árbol de categorías MeSH relacionadas con el término a buscar. Hacer clic en "Add this term to the Search using operator: AND" Aparece en la nueva ventana "Chagas Disease"[MESH] Hacer clic en "Detailed display" y agregar, de a uno por vez, los términos/subtítulos MeSH necesarios para acotar la búsqueda Hacer clic en "PubMed Search" Si es necesario, incluir "Limits y/o Add Terms

125 Búsqueda compleja

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128 Traducción de una búsqueda compleja ((((((Hypertension/drug therapy[MESH] AND Clinical Trial[ptyp]) AND English[Lang]) AND "adult"[MeSH Terms]) AND "human"[MeSH Terms]) AND ("2001/02/16 01.46"[EDat] : "2001/03/18 01.46"[EDat])) AND ("2001/02/16"[EDat] : "2001/03/17"[EDat])) Esta sería la traducción aproximada: "Buscar trabajos de marzo de 2001, sólo escritos en idioma inglés, que sean ensayos clínicos en humanos, mayores de 19 años, sobre el tema terapia con drogas de la hipertensión arterial *

129 Clinical Queries Filtros de categorías, sensibilidad y especificidad

130 Filtros de categorías, de sensibilidad y de especificidad

131 Cubby Almacenamiento y actualización de búsquedas

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133 Registro en Cubby Nombre de usuario (3-10 caracteres alfanuméricos) Contraseña: (6-8 caracteres alfanuméricos) Recordatorio: Nombre de soltera de la madre o nombre de una mascota, etc., etc. Anotar cuidadosamente: importan mayúsculas y minúsculas El login dura 12 horas (necesita que estén activadas las cookies)

134 PubMed - Medline Técnicas: Búsquedas simples Utilización de Limits Journal Browser Citation Matcher MeSH Browser Clinical Queries Cubby El material de texto completo (full text) puede ser obtenido en forma gratuita o bajo un arancel. Esto es sólo la técnica para la búsqueda de información en Pubmed: hay que profundizar en la estrategia.

135

136 Si hay dudas con la ortografía inglesa de los términos a buscar

137 Se escribe en castellano y se traducen los términos MeSH a inglés

138 Aparecen jerarquías, términos y subtérminos

139 Se eligen las opciones

140 Localización de la información científica Se localiza información: A través de la Web: accediendo a sitios institucionales y bibliotecas con programas llamados Buscadores o Searchers accediendo a Medline accediendo a Bireme-Lilacs

141 BIREME-LILACS – Medline Latinoamericana Herramientas similares a PubMed Idiomas castellano, portugués e inglés

142 Información general

143 Límites

144 Páginas de ayuda

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146 Similar a metodología MESH

147

148 Categorías y subcategorías

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150 Conceptos básicos finales (para no marearse) Dr. Alberto Vázquez, XX Congreso Nacional de Cardiología, Córdoba, 2001 Planificar una estrategia No sentarse a la PC sin un plan; escribir antes la búsqueda, que no deberá ser ni muy amplia ni muy acotada; abrir un solo frente por vez y agotarlo; si se encuentra un buen trabajo, detenerse y leerlo... al otro día se hará una mejor búsqueda; escribir todo en inglés (ayudarse con un buen diccionario y/o con HonSelect). No es difícil, pero hay que sumar horas de silla. *

151 Direcciones de Internet citadas en la exposición www.fac.org.ar/ateneos/ateneo1/fig910.htm www.fac.org.ar/ateneos/ateneo1/atennecr.htm www.annals.org/issues/v134n12/toc.html www.fac.org.ar www.fac.org.ar/cvirtual/cvirteng/cienteng/mneng/mnm3004i/ dicarli/dicarli.htm www.acc.org www.asecho.org www.americanheart.org www.worldheart.org www.who.int www.who.int/regions/amro www.paho.org www.cochrane.org www.hon.ch www.hon.ch/MedHunt www.bireme.br/bvs/E/ehome.htm www.uba.ar www.un.edu.ar http://www.unl.edu.ar www.copernic.com www.sghms.ac.uk/depts/immunology/~dash/apoptosis www.google.com www.yahoo.com world.altavista.com www.gozilla.com www.getright.com www.speedbit.com www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi http://www.fac.org.ar/publico.htm cursofac@fac.org.arwww.fac.org.ar/fec/cursofacwww.fac.org.ar/fec/cursofac www.fac.org.ar/fec/cursofac/fmsfe04 www.fac.org.ar/search/mensaje.php3?cursofac+736 www.fac.org.ar/search/mensaje.php3?chagas-pcvc+679 www.fac.org.ar/ccvc www.fac.org.ar/tcvc www.fac.org.ar/scvc www.fac.org.ar/cvirtual http://vercorreo.com http://cardiofellows.mc.duke.edu http://dukecardiology.duke.edu/home.asp?divisionID=39 http://www.centerwatch.com/patient/studies/area1.html http://www.nhlbi.nih.gov/guidelines/hypertension/jncintro.htm http://www.ccs.ca/society/conferences/index.cfm http://www.cardiology.med.ucla.edu/Cardiology/home.htm http://www.mecme.org/ http://www.fac.org.ar/fisiop/tpex/modcv.htm http://www.fac.org.ar/cvirtual/tlibres/tnn2300c/tnn2300c.htm http://www.fac.org.ar/fec/cursofac/pubmed http://www.hon.ch/HONselect/index_sp.html http://www.internet2.edu/html/preguntas.html http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/journals/loftext_noprov.html http://www.fac.org.ar/herram/listas/consultas/list_fec_ssc.php3?lis taIN=cursofac