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Detección de elementos funcionales en el genoma. Predicción de genes 2 fases Detección de las características de los genes Optimización de las combinaciones.

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Presentación del tema: "Detección de elementos funcionales en el genoma. Predicción de genes 2 fases Detección de las características de los genes Optimización de las combinaciones."— Transcripción de la presentación:

1 Detección de elementos funcionales en el genoma

2 Predicción de genes 2 fases Detección de las características de los genes Optimización de las combinaciones de estas características. PREDICCIÓN FINAL DEL GEN Detección ab initio

3 Programas: Genefinder, Geneparser, Genie, Grail

4 GENSCAN

5 Genewise, Procrustes, GenomeScan

6 Genómica comparativa Secuenciación seguida de análisis genómicos comparativos elemento funcional

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8 Genómica comparativa Secuenciación seguida de análisis genómicos comparativos elemento funcional firma evolutiva

9 firmas evolutivas genes que codifican proteínas genes RNA

10 Exoniphy, N-SCAN Progamas: Twinscan, SGP2, SLAM, Doublescan genes microRNAs

11 Identificación de características de los genes Señales de splicing de intrones Spliceview, Splicepredictor

12 Genes RNA Elementos reguladores microRNAs Extremos 3 Promotores señal poliA y secuencia rica en GU caja TATA, Inr, islas CpG DragonGSF, Eponine, CpGProD, McPromoter, PromH, N-SCAN tRNA Scan-SE, RNA-Decoder Loop, estabilidad, cálculo de ΔG

13 Para recordar Los métodos de predicción de genes que incorporan información de secuencias ortólogas o de proteínas conocidas son mejores que aquellos que utilizan sólo la secuencia de DNA. Para el reconocimiento de sitios de splicing de intrones, son mejores los métodos de predicción que consideran la estructura 3-D del RNA. Los promotores representan un elemento débil para la predicción computacional, los componentes más fuertes son las islas CpG y la caja TATA. Las técnicas computacionales existentes predicen micro RNAs y sus blancos. Existen numerosas aproximaciones para detectar elementos regulatorios y predecir las regiones expuestas de DNA donde pueden unirse los factores de transcripción.

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