Cómo publicar metadatos Manuel Vargas Del Valle Coordinador de la Unidad de Desarrollos Informáticos Instituto Nacional de Biodiversidad.

Presentación del tema: "Cómo publicar metadatos Manuel Vargas Del Valle Coordinador de la Unidad de Desarrollos Informáticos Instituto Nacional de Biodiversidad."— Transcripción de la presentación:

1 Cómo publicar metadatos Manuel Vargas Del Valle (mvargas@inbio.ac.cr) Coordinador de la Unidad de Desarrollos Informáticos Instituto Nacional de Biodiversidad de Costa Rica (INBio) Buenos Aires (Argentina) 28 de septiembre de 2011 Curso sobre la publicación de datos sobre biodiversidad en la red de GBIF y su aptitud para el uso, edición 2011

2 Proceso de publicación de información

3 Agenda - ¿Por qué metadatos? - El perfil EML de GBIF - Estándares para metadatos - Preparación de los metadatos - ¿A dónde se van esos metadatos? - Preparación de los metadatos (ejemplos)

4 Agenda - ¿Por qué metadatos? - El perfil EML de GBIF - Estándares para metadatos - Prepación de los metadatos - ¿A dónde van los metadatos? - Preparación de los metadatos (ejemplos)

5 ”Ciencia con uso intensivo de datos” ”Cuarto paradigma de la ciencia” e-Infrastructure Reflection Group (European Strategy Forum on Research Infrastructures). Report on Data Management, November 2009. http://www.e-irg.eu/images/stories/publ/task_force_reports/dmtfjointreport.pdf ”Diluvio digital de datos” The Fourth Paradigm: Data-Intensive Scientific Discovery http://research.microsoft.com/en-us/collaboration/fourthparadigm/contents.aspx Alta calidad en los metadatos para una curación a largo plazo y para el uso de los recursos de datos. Requisito clave: ¿Por qué metadatos?

6 William K. Michener, Meta-information concepts for ecological data management, Ecological Informatics, Volume 1, Issue 1, January 2006, Pages 3-7, ISSN 1574-9541, DOI: 10.1016/j.ecoinf.2005.08.004. ¡La información se deteriora con el tiempo!

7 ¿Por qué metadatos? Los metadatos permiten: - El descubrir información - Interpretar/Evaluar - Procedencia - Calidad - Aptitud para el uso - Reutilización

8 Agenda - ¿Por qué metadatos? - El perfil EML de GBIF - Estándares para metadatos - Preparación de los metadatos - ¿A dónde van los metadatos? - Preparación de los metadatos (ejemplos)

9 Estándares para metadatos Ecological Metadata Language (EML) v2.1.1 http://knb.ecoinformatics.org/software/eml/ Dublin Core http://dublincore.org/documents/dcmi-terms/ Directory Interchange Format (DIF) http://gcmd.nasa.gov/User/difguide/difman.html ISO 19115/19139 Geographic Metadata ISO 19115: http://www.iso.org/iso/iso_catalogue/catalogue_tc/catalogue_detail.htm?csnumber=26020 ISO 19139: http://www.iso.org/iso/iso_catalogue/catalogue_tc/catalogue_detail.htm?csnumber=32557

10 Natural Collections Descriptions (NCD) http://www.tdwg.org/standards/312/ Federal Geographic Data Committee (FGDC) Biological Profile* http://www.fgdc.gov/standards/projects/FGDC-standards-projects/metadata/biometadata/ * Una extensión del FGDC CSDGM (Content Standard for Digital Geospatial Metadata) Multimedia Resources Metadata Schema http://www.tdwg.org/charters/article/view/448/36 Estándares para metadatos

11 ISO 19115/19139 Perfil Norteamericano del ISO 19139 http://www.fgdc.gov/standards/projects/incits-l1-standards-projects/NAP-Metadata/napMetadataProfileV101.pdf/view Existen diversas posibilidades para ver y convertir metadatos EML to FGDC Biological Profile https://code.ecoinformatics.org/code/eml/trunk/lib/eml2tonbii/ # FGDC CSDGM to ISO Transform # FGDC CSDGM to ISO Crosswalk # ISO XML to HTML View: # FGDC BIO to ISO Transform # FGDC BIO to ISO Crosswalk http://www.ncddc.noaa.gov/technology/metadataandxml/view FGDC CSDGM ISO 19139 EML to ISO 19139 http://code.google.com/p/gbif-metadata/source/browse/trunk/metadata/src/main/resources/eml2iso19139.xsl Open source INSPIRE-compliant MD editor (multilingual) http://www.inspire-geoportal.eu/EUOSME/

12 Metadatos y los idiomas A Multilingual Metadata Catalog for the ILTER: Issues and Approaches. Vanderbilt, K.L., et al., Ecological Informatics, Volume 5, Issue 3, May 2010, Pages 187-193, doi:10.1016/j.ecoinf.2010.02.002 Utilizar un único idioma. (e.g. inglés) -Los proveedores de datos dan los metadatos básicos en inglés -Los metadatos ampliados se provee en idioma local “Keywords” en idioma local desde un thesaurus. e.g., GEMET, AGROVOC -GEMET: http://www.eionet.europa.eu/gemet/ -AGROVOC: http://www4.fao.org/agrovoc/default.htm Solución (a largo plazo): Ontologías plurilingües. ¿problemas? -Carga adicional → herramientas y estándares

13 Agenda - ¿Por qué metadatos? - El perfil EML de GBIF - Estándares para metadatos - Preparación de los metadatos - ¿A dónde van los metadatos? - Preparación de los metadatos (ejemplos)

14 Perfil EML de GBIF - Requerimientos -GBIF Metadata Task Group http://www2.gbif.org/GBIF-MIFTG-Report.pdf -EML; ISO 19115; NCD; INSPIRE Directive http://community.gbif.org/mod/file/download.php?file_guid=10915 http://community.gbif.org/mod/file/download.php?file_guid=5656 http://rs.gbif.org/schema/eml-gbif-profile/1.0/eml-gbif-profile.xsd - GBIF EML schema http://community.gbif.org/pg/groups/5258/gbif-metadata-network/ - Comunidad GBIF: Metadata network - Perfil GBIF: Documentación http://links.gbif.org/gbif_metadata_profile_how-to_en_v1 http://links.gbif.org/gbif_metadata_profile_guide_en_v1

15 Agenda - ¿Por qué metadatos? - El perfil EML de GBIF - Estándares para metadatos - Preparación de los metadatos - ¿A dónde van los metadatos? - Preparación de los metadatos (ejemplos)

16 Preparación de los metadatos - Editores de metadatos e.g., IPT, Spreadsheet template, Morpho, EUOSME, Cassia. - Scripting -Tomarlo directamente de una base de datos de metadatos. -Convertir de una estándar de metadatos a EML - Creando el XML de manera directa -Es esencial que se valide cuidadosamente el resultado.

17 Agenda - ¿Por qué metadatos? - El perfil EML de GBIF - Estándares para metadatos. - Preparación de los metadatos - ¿A dónde van los metadatos? - Preparación de los metadatos (ejemplos)

18 ¿A dónde van esos metadatos? http://metadata.gbif.org

19 Fuentes de metadatos - Cache de datos de GBIF - Instalaciones del IPT registradas - Catálogos a nivel nacional, regional, organizaciones. - Catálogos por tema. e.g., OBIS GBIF: -No imponemos un estándar de metadatos o una implementación de catálogo para los participantes. - Participantes de GBIF - Redes externas - e.g. Knowledge Network for Biocomplexity (KNB)

20 Metadatos de GBIF: Arquitectura GBIF metadata catalogue specification: http://links.gbif.org/gbif_metadata_catalogue_specification.pdfhttp://links.gbif.org/gbif_metadata_catalogue_specification.pdf

21 OAI-PMH Open Archives Initiative Protocol for Metadata Harvesting Provee un mecanismo para la interoperabilidad en múltiples repositorios de metadatos distribuidos. Proveedores de datos: exponen sus metadatos. Proveedores de servicios: recolectan metadatos a travez de software conocido como recolector (harvester) que realiza solicitudes de servicio OAI-PMH sobre HTTP http://www.openarchives.org/pmh/ GBIF: Mantiene un rol tanto de recolector como de proveedor

22 Agenda - ¿Por qué metadatos? - El perfíl EML de GBIF - Estándares para metadatos - Preparación de los metadatos - ¿A dónde van los metadatos? - Preparación de los metadatos (ejemplos)

23 GBIF: procesador de hojas de cálculo 1. Descargar las plantillas desde el sitio http://tools.gbif.org/spreadsheet-processor/* 1. Rellenar la plantilla 1. Convertirla a un perfil GBIF de metadatos utilizando el procesador de hojas de cálculo. http://tools.gbif.org/spreadsheet-processor/ El procesador de hojas de cálculo no publica un archivo en GBIF, solo genera un archivo DwC-A listo para publicar. * Vínculo directo: http://tools.gbif.org/spreadsheet-processor/templates/metadata/metadata-1_v1.xls

24 IPT: Editor de metadatos 1.Crear un nuevo recurso en el IPT 2.Completar los metadatos – Recurso de datos (Resource). – Proyecto. – Involucrados (personas e instituciones). – Keywords. – Cobertura. – Cobertura taxonómica. – Cobertura geográfica. – Cobertura temporal – Derechos de propiedad intelectual – Métodos – Metadatos adicionales – Descripciones de los datos. 3. ¡Publíquelo! – Metadatos para recursos publicados y no publicados forman parte del archivo DwC-A (eml.xml)

25 Cómo publicar metadatos Manuel Vargas Del Valle (mvargas@inbio.ac.cr) Coordinador de la Unidad de Desarrollos Informáticos Instituto Nacional de Biodiversidad de Costa Rica (INBio) Buenos Aires (Argentina) 28 de septiembre de 2011 Curso sobre la publicación de datos sobre biodiversidad en la red de GBIF y su aptitud para el uso, edición 2011