XV Congreso Dr. Antonio Monteiro

Presentación del tema: "XV Congreso Dr. Antonio Monteiro"— Transcripción de la presentación:

1 XV Congreso Dr. Antonio Monteiro
Comparación de coeficientes de similitud para el análisis de marcadores moleculares Dr. Antonio Francisco Garayalde

2 Grupo de trabajo: Nélida Winzer Alicia Carrera Ricardo Camina
Silvia Melo Nicolás Tamburi Valemar Delhey Alicia Carrera Mónica Poverene Miguel Cantamutto Lorena Armando Departamento de Agronomía, UNS

3 INTRODUCCION Marcadores moleculares:
Detectan variaciones en la secuencia del ADN entre dos individuos. ISSR

4 Codificación

5 Codificación Para ISSR cada banda se considera un locus con dos alelos (A y a), donde: 1 = presencia (AA o Aa) 0= ausencia (aa)

6 Medidas de distancia genética usadas habitualmente entre individuos: Definida como 1 – coeficiente de similitud. Coeficientes: Jaccard : Sorensen-Dice: Ochiai: Anderberg : Simple Matching: Rogers y Tanimoto:

7 Otra medida de distancia usada actualmente en genética: Huff et al
n: número de bandas consideradas nxy: número de bandas compartidas

8 Los pares de coeficientes A/J, J/SD, RT/SM verifican:
y = x/(2-x), donde y y x son el primer y segundo coeficiente de cada par. Además GD es igual a (1 – SM) multiplicada por el número de bandas consideradas (n).

9 La elección del coeficiente de similitud debe basarse en ciertos criterios:
Que las propiedades de la distancia sean adecuadas para los diferentes análisis a realizar . Euclideanidad Maguire et al. 2002

10 La elección del coeficiente de similitud debe basarse en ciertos criterios:
Inclusión o exclusión de las co-ocurrencias negativas. M M M A a a AA Aa aa Aa aa

11 Doble ausencias ESTRUCTURA POBLACIONAL Cruzamientos aislamiento Aa aa
Ausencias debidas a diferentes motivos Doble ausencias dudosas Doble ausencias informativas Garayalde et al. 2011 Armando et al. 2015

12 Diez poblaciones de girasol silvestre 100 individuos
54 Marcadores ISSR Cruzamientos Garayalde et al. 2011

13 Ocho accesiones de mijo perenne 80 individuos 144 Marcadores ISSR
aislamiento Armando et al. 2015

14 Hipótesis Las relaciones entre individuos y poblaciones serán afectadas por la medida de distancia molecular seleccionada según su estructura poblacional. Objetivos Analizar el efecto del uso de diferentes medidas de distancias en las relaciones encontradas entre individuos de poblaciones relacionadas o aisladas.

15 Comparación entre las medidas de distancia
Test de correlación de Mantel entre las matrices de distancia. Dendrogramas basados en ligamiento promedio (UPGMA)

16 Resultados y Discusión
Correlaciones entre distancias genéticas ISSR en GIRASOL SILVESTRE GD = n (1 – SM) A/J, J/SD, RT/SM verifican y = x/(2-x)

17 Correlaciones entre distancias genéticas ISSR en MIJO PERENNE
GD = n (1 – SM) A/J, J/SD, RT/SM verifican y = x/(2-x)

18 Dendrogramas obtenidos en girasol silvestre utilizando J y SM.

19 Dendrogramas obtenidos en Mijo perenne utilizando J y SM.

20 CONCLUSIONES Si los individuos pertenecen a poblaciones emparentadas la doble ausencia se debería principalmente al mismo motivo mutacional. Esto indica que en ese caso se debería optar por la utilización de coeficientes que incluyan la doble ausencia en su algoritmo. No considerar las dobles ausencias conlleva a cambios en las relaciones entre individuos obtenidas.

21 La distancia basada en SM se recomienda en este caso dado que:
Incluye las dobles ausencias y es euclideana Es proporcional a la distancia euclídea entre los datos originales Permite aplicar un análisis de componentes principales, pudiéndose representar de manera conjunta individuos y variables.

22 En el caso de poblaciones altamente diferenciadas el uso de cualquier coeficiente no afectaría las relaciones entre individuos observadas.

23 Muchas Gracias!