Eines bioinformàtiques i estadístiques per a la investigació biomèdica

Presentación del tema: "Eines bioinformàtiques i estadístiques per a la investigació biomèdica"— Transcripción de la presentación:

1 Eines bioinformàtiques i estadístiques per a la investigació biomèdica
Bioinformàtica bàsica: Bases de dades en Biología Molecular Israel Ortega i Alex Sánchez Unitat d’Estadística i Bioinformàtica 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

2 Israel Ortega i Alex Sánchez
We are drowning in information and starved for knowledge John Naisbitt Who on efficient work is bent, Must choose the fittest instrument. Goehthe (Fausto) 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

3 Esquema de la presentación
¿Qué es la Bioinformática? Bases de datos en Biologia Molecular Tipos de bases de datos. Herramientas de consulta. Ejemplos. Búsqueda de homologías: BLAST Motivación. Alineamientos por parejas. BLAST 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez 3

4 ¿Que es la Bioinformática?
17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

5 El crecimiento explosivo de datos
Hace ... Antes Ahora Nucleótidos 26 años (1982) pb (GenBank) > Miles de millones Proteínas 26 años 1500 DNA continuo 16 años 73 kb > 270 Mbases SNPs centenares 11 millones Genomas 11 años microorganismos 387 Organismos Expresión 10 años Limitado pocos genes Torrente de datos (microchips) 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

6 Crecimiento de GenBank
( ) 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

7 Israel Ortega i Alex Sánchez
La Bioinformática Nace al pairo del desarrollo de nuevas tecnologías y de su aplicación para la generación de grandes cantidades de datos. La disciplina científica que engloba todos los aspectos de la adquisición, procesamiento, distribución, análisis, interpretación e integración de la información biológica 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

8 Bioinformatica e interdisciplinariedad
Mathematics Statistics Computer Science Informatics Biology Molecular biology Medicine Chemistry Physics Bioinformatics 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

9 Bioinformática, Biología y Biología Computacional
17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

10 Biología Computacional o Bioinformática
Computational biology applies the techniques of computer science, applied mathematics and statistics to address biological problems. Bioinformatics is the application of information technology to the field of molecular biology. It's Biometry, st... 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

11 Genómica y Bioinformática
Los métodos computacionales se han convertido en algo intrínseco de la investigación biológica moderna, y su importancia sólo puede incrementar conforme aumenta la importacia de los métodos a gran escala de generación de datos, la complejidad de los datos y la sofisticación de nuestras preguntas Francis S. Collins The future of genomics rests on the foundation of the Human Genome Project 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

12 Los ámbitos de la Bioinformática
17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

13 Los ámbitos de la Bioinformática
Organización de la información Bases y bancos de datos Algoritmos y herramientas de explotación Análisis e interpretación de resultados experimentales Secuenciación y análisis de genomas Genómica Comparatíva Transcriptómica y expresión génica Proteómica, redes de interacción PPI Modelos de Sistemas Biológicos 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

14 Organización de la información
17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

15 Análisis e interpretación
A G A G T T C T G C T C G A G G G T T A T G C G C G 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

16 Modelizacion de sistemas biologicos
17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

17 Bioinformática Integrativa
17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez 17 17

18 En resumen … Recursos y herramientas bioinformáticos Datos
Conocimiento Como quiera que se defina, desde donde quiera que se mire, el papel de la Bioinformática ha sido, es y será crucial para el avance de la Biología y la Medicina del siglo XXI 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

19 Que es la bioinformatica
2 – Entorno, formación, actividades de 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

20 Que sabe un@ bioinformatic@?
Debe tener “sólidos conocimientos” en Alguna disciplina biológica Bioquímica, Genética,… Entornos de desarrollo informáticos SO [Linux], Lenguajes[Perl, Java, R], Bases de datos [SQL], Desarrollo web [PHP, ASP, Ajax…] Alguna disciplina cuantitativa [Matemáticas, Estadística, Física] Al menos dos de las tres anteriores!! 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

21 Que hace un@ bioinformatic@?
Gestión de la información Implementación y explotación de bases de dados locales o en internet. Instalación, mantenimiento de servidores web. Desarrollo de aplicaciones Elaboración de programas locales o web, Explotacion y analisis de datos Microarrays, datos de alto rendimiento 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

22 Donde se hace Bioinformatica
Centros Especializados EBI, NCBI, EMBL. INB / Plataforma Bioinformatica de la UAB. Servicios Bioinformáticos de centros de investigación, UEB, UBB, BU Universidades, Laboratorios Farmacéuticos, … 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

23 Como se hace Bioinformatica
Usualmente, aunque no necesariamente la BIF tiene vocación “universal”, de acceder al máximo de usuarios: Suele buscarse soluciones WEB Suele basarse en proyectos [más o menos] open source de distribución libre. Esto no es del todo general Por ejempl Ingenuity Pathway Analysis no es gratis pero es bueno. 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

24 Israel Ortega i Alex Sánchez
Para saber más: Existen multitud de recursos gratuitos 2can en el EBI Tutoriales del NCBI Cursos “locales” Introducción a la Bioinformatica (A. Sanchez UEB/UB) Invitacio a la Bioinformatica (Plataforma BIF UAB) Una gran variedad de libros sobre el tema List of books on bioinformatics Revistas y sociedades científicas Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics International Society for Computational Biology 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez