Diseños en Biología Molecular

Presentación del tema: "Diseños en Biología Molecular"— Transcripción de la presentación:

1 Diseños en Biología Molecular
Dr Franco León Jiménez Epidemiología- Medicina Area de Investigación Escuela de Medicina USAT

2 Perfiles de Investigación
1. Diagnóstico Molecular de Bacterias: Helicobacter pylori, Escherichia coli. 2. Estudio de enfermedades metaxénicas. 3. Citogenética clínica: Diagnóstico de Leucemias y enfermedades relacionadas. 4. Diagnóstico molecular de enfermedades a plantas ocasionadas por bacterias, hongos, nemátodos. 5. Estudio molecular de genes de resistencia. 6. Uso de nuevas técnicas moleculares: PCR, convencional, PCR tiempo real, genotipificación, secuenciamiento.

3 Diseños

4 Otra clasificación Trasversal vs longitudinal:
Prospectivo vs retrospectivo. Descriptivo o analítico. Observacionales o experimentales Rebagliatto M. – Metodología de la Investigación en Medicina

5 DEFINICIÓN CLÁSICA DE LA MBE
"Uso conciente, explícito y juicioso, de la mejor evidencia vigente para tomar decisiones sobre el cuidado de los pacientes" (Sackett 1996 – 1999) 5

6 PRÁCTICA BASADA EN LA EVIDENCIA
Identificar el problema Localizar la mejor evidencia posible en la literatura científica. Lectura crítica de artículos científicos Aplicación de la búsqueda Evaluación de resultados.

7 Un paper serio Nombre del autor Filiación. Correo de contacto.
Otras publicaciones Peer review (revisión por pares) Revista indizada. Soporta lectura crítica

8 Estructura de un artículo científico
Título Resumen- palabras clave Abstract. Key words Introducción Material y Métodos Resultados Discusión Conclusiones Agradecimientos Referencias

9 Material y métodos Instrumento de recolección de información Población
Muestra y muestreo Criterios de selección Instrumento de recolección de información Tipo de análisis: univariado, bivariado, multivariado Pruebas estadísticas. Software Aspectos éticos.

10 Lectura Crítica 1. Son validos los resultados del estudio?. (Validez interna) 2. Cuales son los resultados? 3. Son aplicables a mi realidad? (validez externa)

11 Tipos de Diseño Estudios descriptivos: 1. Epidemiología génetica
2. Pruebas diagnósticas. 3. Estudios de Screening Estudios analíticos: Casos y controles Cohortes

12 Estudio descriptivo trasversal
Pregunta de investigación: ¿Cuál es la frecuencia de los grupos sanguíneos y de los antígenos de histocompatibilidad en los pobladores del distrito de Chiclayo?

13 Requisitos Como determino los antígenos de histocompatibilidad?
Prueba válida: mide para lo cual fue diseñada. Si no lo hace se produce un SESGO. En este caso de medición. Prueba confiable. En repetidas oportunidades o por diferentes operadores encuentro lo mismo.

14 Es necesario que en el manuscrito se detalle
Marca de los reactivos. Uso de softwares y versión. Estandarización de la prueba. Control de calidad.

15 Definición La epidemiología genética estudia la manera en que los factores de riesgo presentes en el medio ambiente interactúan con la constitución genética de una población determinada. Wyszynski D. La epidemiología genética: disciplina científica en expansión. Rev Panam Salud Publica 3(1), 1998. Fecha de acceso: 10 de Enero del Disponible en: La epidemiología genética: disciplina científica en expansión.

16 Epidemiología Genética
Prevención Primaria: Evitar tabaco materno- paladar hendido. Prevención Secundaria: detección de enfermedades en etapa preclínica. Hipotiroidismo congénito Prevención terciaria: vacunas.

17 Tamizaje Cual es la frecuencia del alelo responsable de la Fenilcetonuria en madres con hijos de bajo peso al nacer en Chiclayo?.

18 Estudio de casos y controles

19 Utilidad Ventajas: Los resultados están más rápidamente disponibles
La exposición es medida sin el sesgo de conocer la presencia o no de enfermedad Relativamente menos costosos que los cohortes Desventajas: No permite el cálculo de la incidencia La exposición es medida con el sesgo de que se conoce los casos y controles. Sesgo de recuerdo. Tomado de Chang D. Curso Investigación en Salud Escuela de mEdicina Humana-Universidad Católica Santo Toribio de Mogrovejo

20 Ejemplo Pregunta de investigación: Cuales son los factores asociados a la presencia de BLEE (+) gen CTX en los hospitales generales de la región Lambayeque?

21 Medidas de asociación: ODDS RATIO
Exposición Enfermedad Caso: paciente con cepa BLEE CTX Control: paciente sin cepa BLEE Expuesto a ATB previamente a b No expuesto a ATB previamente c d

22 Finalmente axbxcxd: odds ratio
Tiene siempre un intervalo de confianza (95%) Y un valor p..

23 Finalmente para habla de asociación
2 1 3 ODDS IC95%% p Exp. a ATB 2,4 1-6 0,004 t.hosp> 10días 4,5 0,6-7 0,0007 En UCI > de 3 días 1,2 1,1-3,0 0,07

24 INTERPRETACIÓN: Los pacientes infectados con bacterias BLEE positivas, gen CTX tienen 2,4 veces riesgo de haber estado expuestos a uso de ATB, en comparación con los pacientes sin BLEE.

25 Ejemplo Pregunta de investigación: Cuales son los factores asociados a la presencia de BLEE (+) gen CTX en los hospitales generales de la región Lambayeque?: El estar expuesto a antibióticos.

26 Estudio de Cohortes

27 UTILIDAD Ventajas: Es la única forma de calcular la incidencia.
Sigue la lógica de la pregunta de investigación :¿Si las personas se exponen, se enferman? La exposición es medida sin el sesgo de conocer la presencia o no de enfermedad Evalúa la relación causal. Permiten realizar estudios de supervivencia Útiles para medir efectos de exposiciones infrecuentes Tomado de Chang D. Curso Investigación en Salud Escuela de mEdicina Humana-Universidad Católica Santo Toribio de Mogrovejo

28 DESVENTAJAS Desventajas:
Ineficiente pues se debe estudiar una cantidad grande de individuos. No es aconsejable para enfermedades raras. Caros Los resultados son están disponibles por un período largo de tiempo. Tomado de Chang D. Curso Investigación en Salud Escuela de mEdicina Humana-Universidad Católica Santo Toribio de Mogrovejo

29 En PUBMED (("Cohort Studies"[Mesh]) AND "Molecular Biology"[Mesh]) AND "Latin America"[Mesh].

30 Ejemplo Cuales son los factores asociados a mortalidad en pacientes BLEE de la UCI del HRL?

31 Exposición Enfermedad Muere Sobrevive Desarrolla Neumonia IH a b No desarrolla NIH c d

32 Medida de asociación Riesgo relativo: RR
incidencia en expuestos/incidencia en no expuestos Incidencia: casos nuevos

33 ESTUDIOS DE DIAGNÓSTICO
El caso de un paciente anciano con Urocultivo positivo, asintomático y sin leucocituria: bacteriuiria asintomática.

34 Lo básico ¿Son válidos los resultados del estudio?
¿Existe una comparación independiente con una prueba de referencia adecuada en todos los casos? ¿El espectro de pacientes de la muestra es adecuado? (similar a los que en la práctica clínica se aplicará el examen diagnóstico) ¿Se describen los métodos con el suficiente detalle como para ser reproducible? ¿Cuáles son los resultados? ¿Los datos del estudio permiten calcular los cocientes de probabilidad (likelihood ratios)? ¿Cuál es la precisión de los resultados: Intervalos de confianza???? Aplicabilidad de los resultados En su escenario de trabajo ¿es factible la reproducibilidad de la prueba y su interpretación? En caso de que así sea, ¿es aceptable? A considerar disponibilidad, costes, riesgo/beneficio ¿Modificarán los resultados de la prueba la decisión sobre cómo actuar? Tomado de Loza C. Maestría Epidemiología Clínica - UPCH2011

35 ESTUDIO DE DIAGNÓSTICO
Validez: capacidad de la prueba de medir la variable; mide para lo que fue diseñada Confiabilidad: reproducibilidad intra e interobservador. Sensibilidad: capacidad de detectar a los enfermos Especificidad: capacidad de detectar a los sanos. Valor predictivo positivo: capacidad de la prueba de detectar a los que tienen el patrón de oro + Valor predictivo negativo: capacidad de la prueba de detectar a los que tienen el patrón de oro -

36 Necesariamente 1. El patrón de oro y la prueba son independientes y ciegos?. 2. Pacientes con todo el Espectro de la enfermedad? 3. Influyeron los resultados de la prueba de estudio en la realización de la prueba de oro? 4. Adecuada descripción de la prueba de estudio?

37 El concepto del likehood ratio POSITIVO
Es un cociente de probabilidades. Probabilidad Numerador: Probabilidad de que el test sea positivo en los enfermos Probabilidad denominador: Probabilidad de que el test sea positivo en los sanos. P1/P2= LHR (+) LR+ > 10 Aumento grande: Test excelente LR+ entre 5 y 10 Aumento moderado: Test bueno LR+ entre 5 y 2 Aumento pequeño: Test malo LR+ < 2 Aumento insignificante: Test inútil

38 El concepto del likehood ratio NEGATIVO
Es un cociente de probabilidades. Probabilidad Numerador: Probabilidad de que el test sea negativo en los enfermos Probabilidad denominador: Probabilidad de que el test sea negativo en los sanos P1/P2= LHR LR- entre 0,5 y 1 Descenso insignificante: Test inútil LR- entre 0,2 y 0,5 Descenso pequeño: Test malo LR- entre 0,1 y 0,2 Descenso moderado: Test bueno LR- < 0,1 Descenso grande: Test excelente

39 Ejemplo el caso del ADA Biopsia de pleura positiva TBC (enfermos)
Biopsia de pleura negativa TBC (sanos) TOTALES ADA (+) 50 5 55 ADA (-) 10 35 45 60 40 100 Sensibilidad: 50/60: 83,3%; Especifidad: 35/40: 87,5% Valor predictivo positivo: 50/55: 90,9%; Valor predictivo negativo: 35/45: 77,7%; LHR (+): 6,66: BUENO; LHR (-) : 0,19: BUENO

40 Sensibilidad: 50/60: 83,3% Especifidad: 35/40: 87,5% Valor predictivo positivo: 50/55: 90,9% Valor predictivo negativo: 35/45: 77,7% LHR: 6,66: BUENO

41 GRACIAS