1. PRUEBAS EMBRIOLÓGICAS: La semejanza entre vertebrados tan dispares como reptiles y mamíferos en las primeras fases del desarrollo embrionario, así como la persistencia de estructuras primitivas como arcos branquiales en reptiles, aves y mamíferos, nos indica la existencia de ancestros comunes de los que los distintos grupos de vertebrados hemos heredado dichas características embrionarias.
ÓRGANOS HOMÓLOGOS PRUEBAS ANATÓMICAS (I): En una misma clase zoológica, como mamíferos, observamos estructuras anatómicas de forma y función muy diferentes pero que tienen un mismo patrón estructural. Por ejemplo diversas extremidades presentan una distribución ósea semejante. Esto nos indica que todos hemos heredado dicho patrón estructural de antepasados comunes de los que hemos ido evolucionando en direcciones divergentes, al ser sometidos a presiones selectivas diferentes.
ÓRGANOS ANÁLOGOS PRUEBAS ANATÓMICAS (II): Órganos con muy distintos patrones estructurales y que pertenecen a animales muy alejados en la clasificación zoológica tienen, sin embargo, apariencias externas parecidas y funciones similares. Esto nos sugiere que de orígenes anatómicos muy distintos han ido evolucionando de forma convergente guiadas por la misma presión selectiva.
EVOLUCIÓN DEL CABALLO PRUEBAS PALEONTOLÓGICAS: En ocasiones, el registro fósil nos proporciona información completa de cómo han ido produciéndose cambios graduales en los ancestros de un ser vivo actual desde sus formas más primitivas, pudiendo reconstruirse su línea evolutiva o, mejor, su árbol evolutivo. Esta información del registro fósil nos revela una correlación entre los cambios anatómicos y los cambios en el tipo de hábitat y tipo de dieta desde el ancestro original hasta la forma actual pasando por las distintas formas intermedias y las ramificaciones laterales que quedaron extintas.
ÁRBOL TAXONÓMICO PRUEBAS TAXONÓMICAS: Si clasificamos las diferentes especies por criterios de semejanza estructural (no superficial) agrupamos en categorías próximas (género y familia) a especies con más características comunes [como H e I], mientras que a las especies con menos características comunes [como H y C] las agrupamos en géneros y familias diferentes, compartiendo solo categorías más generales (filo y reino). Esto nos sugiere relaciones de parentesco en las que individuos más parecidos tienen ancestros comunes más recientes, mientras que individuos más dispares tienen también ancestros comunes pero más antiguos.