Contribuir al avance de la ciencia en España: Dotando de alta capacidad de cálculo a la comunidad científica, pública y privada. Mediante programas propios de investigación en áreas relacionadas con la supercomputación Objetivos

Structure MMB

Programa de Modelización Molecular y Bioinformática Análisis genómicos. Mineria de datos. Biología de sistemas. Modelización Molecular. Predicción de plegamiento Estudios de interacciones biomoleculares Análisis de reactividad enzimática 3 grupos finales 2005  10 grupos en 5 años Análisis genómico Predicción de estructura Diseño y modelización molecular Biología de sistemas Mineria de datos Estudio interacción y reactividad biomolecular Análisis de la reactividad enzimática

MareNostrum 4564 Procesadores PowerPC 970 FX Total de 9 TB memoria central. 233 TB disco. 3 redes comunicación: Myrinet. Gigabit. 10/100 Ethernet. SO Lynux.

TOP5 Supercomputer Sites

El BSC aloja a uno de los nodos verticales del INB El INB subvenciona personal técnico par dar soporte a proyectos genéricos de bioinformática El BSC provee soporte computacional especial al INB: Gestión y mantenimiento de bases de datos Optimización de códigos Soporte a cálculo de altas prestaciones hasta un 20% de MN en projectos de del INB Acuerdo estratégico BSC-INB

 Más de 900 entradas PDB  Simulaciones de 10 ns.  Completo análsis dinámico  Esfuerzo CPU equivalente: >10 millones de horas P-IV

ANALISIS DE SECUENCIA  AGCATGGTACCGTTTGAAGGTTATTTCAAGCGCGCGAATTTATACAGGCCTAATTTTA   AGCGCGCATTTAGCGCTGTGCATGAAATCCGCGCGGTAGCGTTTGAAGGTCAGCTATC   AGGTAGCGTTATGAAGGTGGTTATTTCAAGCGCGCGAATTTATACAGGCCTAATTTTG   GGTACCGTTTGGGTAGCTTTTCAAGGTAAGCTTGCGATCGATTGACCCATGGCTATTA   AGCATGGTACCGTTTGAAGGTTATTGGTAGCGTTTGAAGGTTACAGTTAGCGCGACAA   AGCATGGGGTAGCGTTTGAAGGTTTTCAAGAAAAATCCGCTGCTGATGGGATATTTTA  Buscar secuencias homólogas Determinar pautas comunes Operaciones sencillas realizadas muchas veces Manejo de grandes bases de datos Localizar 1 proteína en genomas: 15 especies  10 minutos Localizar todo proteoma humano: 100 especies  > 1 año

Simulaciones de dinámica molecular

atoms: H2O, 14 Mn+, 94 Cl- and 210 Na+

Simulaciones de “docking” 1 minutos x proteina x ligando C90-PDB x librería 10 5 compuestos dias CPU PIV 100 ns MD = 1500 dias CPU PIV