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Transcripción de la presentación:

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© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Proteómica: Comparar proteomas distintos

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Comparar proteomas distintos

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Proteómica: Identificación de proteínas

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Comparar proteomas distintos

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Tecnicas experimentales: -Secuenciación de novo de péptidos -Microchips de proteínas -MALDI-TOF -geles bidimensionales combinadas con la bioinformatica Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificación de una proteína a partir de sus características fisicoquímicas y a partir de una digestión enzimática AnalysisWhole Protein Molecular Weight m.w. Length501 Isoelectric Point5.40 Charge at pH AnalysisWhole Protein Molecular Weight m.w. Length501 Isoelectric Point5.40 Charge at pH Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB N. count % by weight % by frequency Acidic (DE) Basic (KR) Polar (NCQSTY) Hydrophobic (AILFWV) N. count % by weight % by frequency A Ala C Cys D Asp E Glu F Phe G Gly H His I Ile K Lys L Leu M Met N Asn P Pro Q Gln N. count % by weight % by frequency R Arg S Ser T Thr V Val W Trp Y Tyr B Asx Z Glx X Xxx Ter Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Hydroxylamine - 4 cuts Position LengthWeightpI1/2 life HPLC rtFragment >20h81.24MAPALHWLL...GSFVEMVDN m85.54LRGKSGQGY...TESDKFFIN >20h88.02GSNWEGILG...VIIVRVEIN >20h57.76GQDLKMDCK...SIVDSGTTN m96.18LRLPKKVFE...FADDISLLK Digestión enzimática Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Digestión enzimática Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB MRVLLVALALLALAASATSTHTSGGCGCQPPPPVHLPPPVHLPPPVHLPP PVHLPPPVHLPPPVHLPPPVHVPPPVHLPPPPCHYPTQPPRPQPHPQPHPC PCQQPHPSPCQLQGTCGVGSTPILGQCVEFLRHQCSPTATPYCSPQCQSL RQQCCQQLRQVEPQHRYQAIFGLVLQSILQQQPQSGQVAGLLAAQIAQQ LTAMCGLQQPTPCPYAAAGGVPH Proteína problema (obtenida directamente del banco de datos) Purificada de maiz (Zea mays) Pm: ¿? pI: ¿? Composicio de aa: ¿? Masa molecular de los peptidos por digestión con tripsina: ¿? Purificada de maiz (Zea mays) Pm: ¿? pI: ¿? Composicio de aa: ¿? Masa molecular de los peptidos por digestión con tripsina: ¿? Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB PROTEINA PROBLEMA: Purificada de maiz (Zea mays) Pm: pI: 8.40 Composicio de aa: Ala (A) % Arg (R) 6 2.7% Asn (N) 0 0.0% Asp (D) 0 0.0% Cys (C) % Gln (Q) % Glu (E) 2 0.9% Gly (G) % His (H) % Ile (I) 4 1.8% Leu (L) % Lys (K) 0 0.0% Met (M) 2 0.9% Phe (F) 2 0.9% Pro (P) %Ser (S) % Thr (T) % Trp (W) 0 0.0% Tyr (Y) 4 1.8% Val (V) % Masa molecular de los peptidos por digestión con tripsina: PROTEINA PROBLEMA: Purificada de maiz (Zea mays) Pm: pI: 8.40 Composicio de aa: Ala (A) % Arg (R) 6 2.7% Asn (N) 0 0.0% Asp (D) 0 0.0% Cys (C) % Gln (Q) % Glu (E) 2 0.9% Gly (G) % His (H) % Ile (I) 4 1.8% Leu (L) % Lys (K) 0 0.0% Met (M) 2 0.9% Phe (F) 2 0.9% Pro (P) %Ser (S) % Thr (T) % Trp (W) 0 0.0% Tyr (Y) 4 1.8% Val (V) % Masa molecular de los peptidos por digestión con tripsina: Identificar una proteína desconocida

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Proteómica: Identificación de interacciones

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar interacciones entre proteínas Interacciones descritas en el proteoma de levadura

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar interacciones entre proteínas

© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar interacciones entre proteínas