Nació el 27 de diciembre de 1822 en Dôle, Francia, donde transcurrió su infancia. En 1842 obtuvo su título de bachillerato, con calificación “mediocre” en química. Tras licenciarse y asistir a las lecciones del químico francés Jean-Baptiste Dumas, comenzó a interesarse por la química.
Desarrolló la Pasteurización por calor que destruye los microbios sin afectar a los alimentos. Demostró que la generación espontánea no existe, y que existen los microbios. (Observó que nada crecía en los matraces (uno con un filtro y otro con un cuello muy alargado y curvado que dificultaba el paso del aire) demostrando así que los organismos vivos que aparecían en los otros matraces provenían del exterior, probablemente del polvo o en forma de esporas).
Mostró que los microbios son distintos entre si, se nutren de distintos alimentos y responden a distintos bactericidas. Impuso normas higiénicas en los hospitales para evitar el contagio de enfermedades, asumiendo la existencia de los microbios.
Creó el “Instituto Pasteur” para enfermedades infecciosas, inaugurado por el presidente de Francia Sadi Carnot en 1888, que hoy es centro mundial de investigaciones.