Miguel nació el 15 de Abril de 1797 en la aldea de Ibarre, diócesis de Bayona (Francia), de padres campesinos, humildes pero de gran fe y cristiana piedad. Desde niño sintió el llamado al sacerdocio, pero como su familia careciera de recursos para costearles los estudios, debió trabajar como criado hasta los 15 años. Entretanto obtuvo el ansiado favor de hacer su primera comunión.
Al trasladarse a Bayona el Seminario de Betharram el P. Garicoits permaneció como capellán del santuario lugar de peregrinación muy concurrido. Fue entonces cundo la Virgen le inspiró la fundación de un Instituto religioso de Sacerdotes, basados en la modestia, el desprendimiento y la obediencia para dedicarse a las misiones y a la enseñanza.
Fue aprobado y confirmado en sus proyectos por el Obispo de Bayona y en Octubre de 1835 echó las bases de su obra con otros cinco sacerdotes que lo eligieron como superior. En 1841, la obra recibió su nombre definitivo "Instituto de los Sacerdotes del Sagrado Corazón de Jesús de Betharram" cuyos primeros misioneros recorrieron con santo celo las poblaciones de Gascoña, Vasconia y el Bearn.
El P. Garicoits, contando ya con un personal selecto, abrió en Betharram, Mauleón, Ortez y Oloron varios colegios de enseñanza primaria y luego secundario que figuraron entre los mejores de la región. Consolidada por el fervor y la abnegación de sus primeros miembros, la congregación pudo extenderse fuera de su diócesis de origen, Bayona, (de donde proviene el nombre de Bayoneses).