Visualización de Volcano plot Versión 1.5.5.3 El programa se debe bajar de http://www.coxdocs.org/doku.php?id=perseus:common:download_and _installation
Abrir Archivo Click en el boton azul (esquina superior izquierda) seleccionar Open. Seleccionar el archivo con la extensión .sps y hacer click en Open.
Abrir Volcano Plot Seleccionar la matriz donde se encuentra la solapa Scatter plot (por lo general es la última). Seleccionar la solapa Scatter plot
Abrir Volcano Plot Seleccionar en los menús desplegables las opciones Student T-test Difference… (eje x) y –Log Student T-test p-value... En este ejemplo 1-500 y 1-1000 corresponde cada uno a un set de triplicados. Por lo tanto, estamos comparando la condición 1-500 contra 1-1000
Volcano Plot Las proteínas ubicadas en los cuadrantes celestes son las que tienen un cambio relativo mayor a 2 (en el gráfico menor a -1 o mayor a 1, escala logarítmica) y un valor de p menor a 0.05 (en el gráfico mayor a 1.3, escala logarítmica).
Volcano Plot Debido a la naturaleza estocástica del análisis, proteínas que se detectan en una corrida pueden no detectarse en otra. Por este motivo, es común que en algunas condiciones (en las 3 repeticiones) no se detecten algunas proteínas que si fueron detectadas en otro condición, y viceversa. Esto genera que estos datos no sean graficados pero pueden visualizarse en las matrices. En la matriz que se encuentra a la derecha del gráfico se debe buscar la columna Student T-test Difference… (en el ejemplo 1-500_1-1000). Los resultados que en esta columna tengan NaN (Not a Number) son los que no están graficados. Si se buscan los resultados para cada una de las inyecciones (moverse a la derecha en la matriz) se puede identificar en cual de las condiciones no fue detectada la proteína en cuestión. La utilidad de esta información depende de la pregunta que quiera responder el investigador.