Selección natural Adaptación

Presentación del tema: "Selección natural Adaptación"— Transcripción de la presentación:

1 Selección natural Adaptación
Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación

2 El caracol curador 4 muestras de 40 individuos 10 loci, izoenzymas

3 1 2 3 Isla 20 km

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5 Paso 4: Fst por pares y permutaciones

6 1 3 z: valor fenotípico de un indivudo g: efecto medio del genotipo
e: efecto del ambiente ml de bava z = g + e 20 km

7 Cultivo 1 3 Componente genética ml de bava

8 B1=1,070 VB1=0,128 1 B3=2,336 VB3=0,290 3 ml de bava

9 Fst = 0,145 Qst = 0,49 ¿Conclusión?

10 Escaneo Genómico Detección de Loci Outliers

11 Cuenca del Río Limarí: se muestrearon 3 sitios.
Basilichthys microlepidotus Cuenca del Río Limarí: se muestrearon 3 sitios. Cuenca del Río Maipo: se muestrearon 3 sitios. Se amplificaron 136 AFLP.

12 Objetivos: Determinar loci bajo selección dentro de cada cuenca
Determinar loci bajo selección entre las cuencas

13 Programa Mcheza: Marcadores dominantes
Selección direccional: reduce la diversidad genética dentro de la población incrementa la diferenciación entre las poblaciones. Selección balanceadora: responsable de la mantención de la variación genética, es decir mantiene diferentes alelos en los loci seleccionados. Tiende a la homogenización de las frecuencias alélicas, por lo tanto disminuye la diferenciación genética entre las poblaciones.

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32 Se contruyen set de datos con los loci neutrales, loci bajo selección balanceadora y bajo selección direccional.

33 Cuenca del Río Limarí Comparaciones pareadas para loci neutrales y bajo selección balanceadora Tabla: Fst pareados y p values para loci bajo selección balanceadora Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3 0.0 (0.99) Tabla: Fst pareados y p values para loci neutrales Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3 0.0 0.073 (0.00) 0.031 (0.005) 0.075 (0.00)

34 Cuenca del Río Maipo Comparaciones pareadas para loci neutrales y bajo selección balanceadora Tabla: Fst pareados y p values para loci bajo selección balanceadora Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3 0.0 (0.99) (0.99) (0.99) Tabla: Fst pareados y p values para loci neutrales Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3 0.0 0.037 (0.00) 0.073 (0.00) 0.082 (0.00)

35 Entre cuencas

36 Detección de genes con expresión génica diferencial
RNA-seq Detección de genes con expresión génica diferencial

37 Cuenca del Río Maipo: se muestrearon 4 sitios.
2 sitios de alta contaminación y 2 sitios con menor contaminación (3 individuos por sitio, 2 en SFM).

38 Objetivo Determinar genes con expresión diferencial entre individuos habitando zonas contaminadas y no contaminadas

39 Pasos previos Filtrado de los datos Ensamble de novo
Mapeo de los fragmentos (reads) Conteo de los reads en cada contig Selección de contigs con expresión en todos los individuos

40 Determinación de genes expresados diferencialmente
MeV: MultiExperiment Viewer

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47 Pero, algunos genes podrían estar sesgados por un solo individuo!!!
31 genes con expresión diferencial entre los individuos de zonas contaminadas y no contaminadas Pero, algunos genes podrían estar sesgados por un solo individuo!!!

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49 6 contigs con expresión diferencial entre los individuos habitando zonas contaminadas y no contaminadas 4 sobre expresados en contaminación 2 sub expresados en contaminación Ornitina descarboxylasa-like Proteína nuclear cisteína rica en serina-1-like Factor de transcripción Junb-like Fosfoenolpiruvato citosólico Quimotripsina b-like Probable proteína ubiquitina ligasa DTX2-like

50 Posiblemente asociados a la supresión de tumores.
Ornitina descarboxylasa-like (ODC-like): activación de ODC ha sido asociada con la promoción y progresión de tumores. Estudios han y no detectado actividad de la descarboxilasa asociados a ODC-like. Proteína nuclear cisteína rica en serina-1-like Factor de transcripción Junb-like Posiblemente asociados a la supresión de tumores. Fosfoenolpiruvato citosólico: tiene actividad fosfoenolpiruvato carboxiquinasa y ha sido considerada como una de las enzimas controladoras de la gluconeogénesis.

51 Probable proteína ubiquitina ligasa DTX2-like
Dos contigs sub-expresados en los individuos que habitan zonas contaminadas: Quimotripsina b-like Probable proteína ubiquitina ligasa DTX2-like Ambos involucrados en la degradación de las proteínas Organismos de zonas contaminadas presentan menor degradación de proteínas que los individuos que habitan zonas no contaminadas Anyway, an increase in the PEPCK involves an increase in the gluconeogenesis process. Fernandes-Hori et al. (2006) detected an activation of gluconeogenesis in the fish Brycon cephalus (Günther) exposed to phenol due to an increasing metabolic energy demand. Also an up-regulation in the gluconeogenesis was observed in the livers of the zebrafish Danio rerio (Hamilton-Buchanan) treated with Mercury (Ung et al. 2010).