Secuenciamiento de nueva generación en illumina..

Presentación del tema: "Secuenciamiento de nueva generación en illumina.."— Transcripción de la presentación:

1 Secuenciamiento de nueva generación en illumina.

2 Daniel Escobar C. Paula Andrea Flórez O. Daniela Ramírez C. Kevin Gómez R. Jenyfer Manco A. Biología Molecular Biotecnología

3 Tecnología de Secuenciación de Próxima Generación Descifrar secuencias de ADN es esencial para prácticamente todas las ramas de la investigación biológica. Esta tecnología se ha adoptado ampliamente en laboratorios de todo el mundo, pero siempre se ha visto obstaculizada por limitaciones inherentes en el rendimiento, la escalabilidad, la velocidad y la resolución que a menudo impiden que los científicos obtengan la información esencial que necesitan para su curso de estudio.

4 En esta tecnología, se utilizan nucleótidos terminadores marcados con moléculas fluorescentes al igual que en la Secuenciación de Sanger. Además de la paralelización masiva (es decir la capacidad de realizar millones de secuencias en cadacorrida), la diferencia con el método convencional es la posibilidad de eliminar la fluorescencia una vez obtenida la imagen, y desbloquear carbono 3’ de modo que pueda aceptar una nueva base para continuar la reacción de secuenciación, haciendo que la incorporación de un nucleótido terminador sea reversible. Secuenciación por hibridación (Illumina)

5 “ Al igual que el método de secuenciación de Roche, los primeros pasos consisten en la fragmentación del ADN y ligación de adaptadores. Luego hay un paso de amplificación (en este caso, la amplificación es en una superficie sólida: “flow cell”, dónde también se dará luego la reacción de secuenciación). Proceso

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7 Ventajas: ▷ Proporciona una gran cantidad de datos ▷ Bajo coste ▷ Baja tasa de error Desventajas: ▷ Reads cortas ▷ No proporciona una cobertura uniforme ▷ Los errores no se distribuyen aleatoriamente ▷ Los errores no se distribuyen aleatoriamente a lo largo de la secuencia sino que se repiten en las mismas regiones incluso en experimentos de secuenciación independientes..

8 CELDA DE FLUJO. MODULO OPTICO BARRA DE ESTADO (INDICA EL ESTADO DE INSTRUMENTO) MONITOS DE PANTALLA TACTIL. PUERTOS USB EXTERNOS (TRANSFERENCIA DE ARCHIVOS) COMPARTIMIENTO DE REACTIVOS El sistema MiSeq ® de Illumina

9 COMPARTIMIENTO DE REACTIVOS REFRIGERACIÓN DE REACTIVOS MANGO DEL DISPERSADOR BOTELLA DE PR2 BOTELLA DE RESIDUOS CARTUCHO DE REACTIVO

10 Aplicaciones de la secuenciación con illumina Se han realizado muchos tipos de proyectos de secuenciación utilizando secuencia illumina para sectores muy variados: hospitales, grupos de investigación, empresas biotecnológicas e industria agroalimentaria y de producción de biocombustibles. Los más importantes tipos de proyecto han sido: ▷ Metagenómica (Shot-Gun y 16S) ▷ Genómica ▷ Especialmente para secuenciar genomas de bacterias virus y hongos. ▷ RNA-seq ▷ Tanto para analizar transcriptomas de organismos modelo como de organismos no modelo para los que no se disponía de genoma de referencia en las bases de datos. ▷ Amplicones de genes específicos

11 Illumina