Base de datos PubMed (Curso básico: módulo 4, parte A)

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1 Base de datos PubMed (Curso básico: módulo 4, parte A)
septiembre 2017 Esta obra esta bajo la licencia: Creative Commons Attribution 4.0 International License

2 Tabla de contenido Conectándose a PubMed Navegando a través de PubMed
Buscando en PubMed Opciones de visualización Opciones para imprimir, guardar y enviar por correo electrónico. En los módulos de Hinari/PubMed se hace énfasis en las habilidades para utilizar PubMed como herramienta que identifica y facilita el acceso a los artículos en texto completo. PubMed es la base de datos biomédica más importante que indexa más de 5,500 de revistas biomédicas. Las habilidades que se incluyen en estos módulos muestran de manera resumida desde el sitio PubMed, el uso de los Filtros, Descriptores en Ciencias de la Salud (MeSH por sus siglas en inglés), así como, otras herramientas de estrategias de búsqueda (vista previa/índice, filtros e historiales) y el uso de “MY NCBI” cuya plataforma permite configurar las pestañas y filtros a través de una cuenta, guardando la configuración de búsquedas de manera automatizada y creando un sistema de alertas sobre el ingreso de nuevos artículos en PubMed. El desarrollo de estas habilidades, contribuye en el aprovechamiento de las revistas electrónicas que se encuentran disponibles a través de Hinari, específicamente en la identificación de artículos disponibles en un sinfín de revistas y editoriales asociadas con Hinari. Al igual que en el primer módulo, es indispensable contar con acceso a Internet y haber completado las series de ejercicios. También hay que ingresar a Hinari, autenticarse y luego dirigirse a 'Búsqueda de artículos a través de PubMed (Medline)' sin este paso, no será posible contar con el acceso a los artículos en texto completo. septiembre 2017

3 PubMed vs.Summon PubMed es una base de datos que usa un lenguaje controlado (MeSH) asignado por humanos en cada uno de los artículos de revista. Lo que representa resultados con mayor precisión. Summon usa palabras clave cuyo origen no es controlado. Los resultados puede ser cercanos a los filtros. El resultado de la búsqueda de artículos de revistas y libros electrónicos depende del acceso que tenga usted como institución. septiembre 2017

4 Antes de iniciar la sesión en los sitios web de servicios de editoriales asociadas, ingresar al sitio de Hinari utilizando el URL septiembre 2017

5 Ingresar el Código de usuario Hinari y Contraseña en las casillas correspondientes, en caso de ser necesario cambiar el idioma y dar clic en el botón Conectar. ¡Importante! para tener acceso a los artículos en texto completo, se debe ingresar adecuadamente. septiembre 2017

6 Elegir la opción de Hinari para abrir el programa.
Aquí se encuentran listados todos los programas a los cuales su institución esta inscrita. Para conectar con cualquiera de los otros programas que aparecen, es necesario ingresar desde esta página (dar clic en la parte superior del navegador para ingresar a la aplicación de Research for Life (R4L Portal –Aplicaciones). Si se desea ingresar a otro de los programas que se muestran, dar clic en el logo correspondiente. El código de usuario y contraseña de Hinari funcionan tanto para AGORA, ARDI y OARE. July 2017

7 Acceso a textos completos de las editoriales a través de SAML
Las editoriales: Elsevier, Oxford University Press, Springer, Thieme & Wolters Kluwer – Lippincott, Williams & Wilkins usa el sistema SAML para validar los accesos. Para acceder los textos completos de estas editoriales via Google Académico (Hinari/ PubMed y Hinari/Summon), se debe abrir previamente el título de la revista desde la página de recursos de Hinari. Para más información consultar el Módulo 4 del Curso Basico de Entrenamiento en septiembre 2017

8 Una vez iniciada la sesión a la página de recursos de Hinari, acceder a PubMed haciendo clic sobre Buscar en Hinari textos completos. En el Portal Hinari puede acceder a PubMed desde la página de contenido. Dar clic en la opción de: “Buscar en Hinari textos completos: PubMed” septiembre 2017

9 Hinari PubMed – Acceso a los textos completos (julio 2017)
Hinari Login Inicio de Sesión PubMed Login LINKOUT LINK (enlace de Hinari en Pubmed) FULL TEXT ALTERNATIVE (texto completo alternativo) Conectar en Hinari Buscar dentro de Hinari y seleccionar la opción de PubMed Dar clic en la opción LINKOUT (enlace directo de Hinari en PubMed) para obtener el texto completo. Para usar el sistema PubMed >MyNCBI – no ingresar a Hinari. (guardar la búsqueda, crear la colección, definir filtros) Entrar directamente a PubMed: LINKOUT (enlace directo de Hinari en PubMed) no funcionará. Para acceder al texto completo, ingresar posteriormente a Hinari e identificar la Colección de revistas eligiendo de la letra A hasta la Z. septiembre 2017

10 Recordar acceder a PubMed a través de Hinari o no se tendrá acceso a los artículos de texto completo. Importante: para ingresar a PubMed se puede hacer directamente, pero al no hacerlo previamente ingresando sesión desde Hinari impedirá que pueda descargar los art{iculos en texto completo. Solo se contará con acceso a aquellos artículos que se encuentran de manera gratuita para todo público. septiembre 2017

11 El cuadro de búsqueda en PubMed esta activo
El cuadro de búsqueda en PubMed esta activo. Colocar la expresión de búsqueda en el cuadro. En este ejemplo, ingresar una búsqueda para malaria infections AND africa (infecciones de la malaria en África) en el cuadro de búsqueda o caja de consulta. Para ejecutar la consulta, hacer clic en el botón Search (buscar). septiembre 2017

12 Resultados de la búsqueda aparecen en el cuerpo principal de la página de Summary (resumen), 20 Items per page (20 artículos por página) y desplegados por la opción de Recently Sorted (recientemente añadido). Esta es la configuración predeterminada cuando se completa una búsqueda. Notar los dos filtros adicionales para Free Full Text (texto completo gratuito) y Hinari. Estos han sido creados para las búsquedas Hinari/PubMed. De los 6163 artículos, 3282 están disponibles a través del filtro Hinari y 2520 con filtro Free Full Text (texto completo gratuito) puede haber algunos traslapes. Algunas personas prefieren visualizar los resultados de búsqueda incluyendo tanto resultados de Hinari como los artículos en texto completo gratuitos, otros prefieren usar los filtros. septiembre 2017

13 Results by year (gráfica de resultados por año)
Las opciones de la columna derecha se relacionan con los resultados de búsqueda de PubMed que son: Sort by relevance (nueva opción para organizar por relevancia - octubre de 2013) Results by year (gráfica de resultados por año) Titles with your search terms (listado de títulos con los términos de búsqueda) Free full-text articles in PubMed Central (listado de artículos gratuitos en texto completo en PubMed Central, un repositorio de los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos) Ver la siguiente diapositiva para la opción de buscador de información Search Details. septiembre 2017

14 Los detalles de Search details (búsqueda) incluyen todos los campos con palabras clave en este caso: malaria, infección, infecciones y África así como, los términos MeSH (Descriptores en Ciencias de la Salud) para malaria, infección y África. Los términos MeSH son asignados por los indizadores de la Biblioteca Nacional de Medicina. Para más información, vaya al Curso avanzado módulo 1.  Es importante observar cómo la búsqueda de PubMed combina las palabras clave con los descriptores en ciencias de la salud (MeSH) que son asignados por especialistas en indización de la Biblioteca Nacional de Medicina (E.U.A.) septiembre 2017

15 En los enlaces adicionales de Free article (artículos gratuitos)
En los enlaces adicionales de Free article (artículos gratuitos). Al dar clic en este enlace, envía a una pantalla con el Abstract (resumen), para poder acceder al texto completo. Observar que los términos malaria, infections (infecciones) y Africa se destacan en negrita en los títulos, esto se activa al dar clic en los Search details (detalles de la búsqueda). Si la búsqueda se realiza desde una búsqueda normal en PubMed, estos artículos gratuitos y los de PMC estarán incluidos dentro de los resultados pero no aparecerán en los de Hinari. Hay que recordar que los artículos se traslapan. septiembre 2017

16 Al dar clic en los enlaces de Free Article (artículo gratuito) o Free PMC Article (artículo gratuito de PMC), se re-direccionará nuevamente a la pantalla de Abstract (resumen). Dar clic en el enlace del Full text for publication (texto completo de la publicación) que re-direcciona al sitio web de la editorial para descargar el artículo en texto completo. septiembre 2017

17 Ahora se muestra el acceso a los artículos en texto completo de la revista BioMed Central.
septiembre 2017

18 En la opción de Abstract Format (formato de resumen) es posible revisar los contenidos a través del menú desplegable, donde se muestran ordenados Sort by Most Recent (a partir de los más recientes). septiembre 2017

19 El Abstract Format (formato de resumen) despliega 20 items per page (20 registros por página) que se muestran comenzando por los Recently/Added (añadidos recientemente) se muestran en la línea de configuración de la visualización por encima del resumen. Los filtros destacados son tanto Free Full Text como Hinari, dar clic en ellos. Al elegir la opción de “Abstract” se destaca por dos importantes razones: a) se pueden leer de manera breve para confirmar si es el artículo que se está buscando y posteriormente a través de sus hipervínculos descargar el texto completo que pueden tratarse de artículos Hinari o b) motivo que se discute en la siguiente diapositiva. 9 de diciembre de 2016

20 Después de dar clic en el icono de Hinari o de la editorial asociada en la pantalla de resumen, aparece una lista de todos los artículos Hinari con los iconos de la editorial asociada y de Hinari. Al dar clic en el icono Hinari o de la editorial asociada, se mostrarán los artículos de texto completo. El filtro de Free Full Text (texto completo gratuito) funcionará de la misma manera. En algunos artículos es posible encontrar ambos iconos el de Hinari y el de Free Full Text (texto completo gratuito) en la pantalla de resumen. Este es un punto crítico. El formato “Abstract” contiene dos iconos o enlaces al texto completo. Este programa llamado vínculo “Linkout” permite direccionar a la descarga del artículo en texto completo, tanto para Hinari como para un artículo en texto completo gratuito. Cuando este enlace no funciona correctamente, se puede dar clic en el enlace del editor que debería de re-direccionar a la página de contenido de Hinari y de allí revisar entre el listado de la colección de revistas de la A-Z o de la lista de editores en su defecto. Los problemas de acceso y soluciones se discuten en el Apéndice del módulo 3 del curso básico de Hinari relacionado con el tema. septiembre 2017

21 Uso del vínculo de PubMed ‘Linkout’
Al completar una búsqueda y desplegar los resultados a través de la opción del formato “Abstract”, y utilizando el filtro de Hinari que se ubica en la parte superior derecha, se presentarán iconos/enlaces que vincular directamente a los artículos en textos completos, a esta parte se le llama la opción de “PubMed LINKOUT”. En ocasiones esta opción es viable, ya que los iconos/enlaces no funcionan correctamente (puede deberse a fallas técnicas desde Hinari hacia el editor asociado específico o del editor asociado específico con PMC). Si en lugar de brindar el texto completo ya sea en html o pdf del artículo, el sistema solicita que realice un pago o la autenticación con Hinari no funciona, existen dos posibles soluciones: 1º intentar dar clic directo en iconos/enlaces. 2º en caso de que los iconos/enlaces no funcionen, regresar a la página inicial de Hinari y buscar el título de la revista que corresponde al artículo deseado en la Colección de revistas de la A-Z, después identificar el volumen/issue y elegir el artículo requerido. El cuadro verde indica que su institución cuenta con el acceso a esta revista a través de Hinari. septiembre 2017

22 Abrir el archivo .txt. Copiar el título del artículo.
Una segunda opción para usar el vínculo de PubMed ‘Linkout’ cuando no funciona para descargar el artículo en texto completo es usando la herramienta de Hinari Summon. En PubMed, seleccionar las casillas de los artículos deseados. Guardar los artículos en un archivo (usando la opción de send to que se encuentra en la parte superior del página en PubMed). Abrir el archivo .txt. Copiar el título del artículo. Abrir el software de Summon (entrar a la página de recursos, elegir Buscar en Hinari textos en bases de datos y artículos dentro de la lista identificar Summon- Hinari Search) En Summon, pegar o ingresar el título del artículo y dar clic en el botón de Search. ¡Importante! Si su institución no tiene acceso a esta editorial en específico, usted no tendrá acceso al artículo en texto completo en Summon. Para más información consultar Summon, ubicado en el Curso básico de capacitación módulo 7. septiembre 2017

23 En agosto de 2010, PubMed mejoró la presentación del formato por Abstract con la siguiente estructura y descriptores clave: Background (introducción), Methods (métodos), Results (resultados) y Conclusions (conclusiones) listados al inicio de cada párrafo. Aproximadamente el 20% de las referencias en PubMed ya cuentan con este formato. Este formato es bastante útil, ya que describe claramente el contenido del artículo. septiembre 2017

24 Al final de cada cita, se encuentra la opción Similar articles (artículos similares) Los resultados de esta búsqueda son de 65 artículos con 57 artículos gratuitos en textos completos y 14 artículos de Hinari. Esta opción brinda acceso a citas y posibles artículos en texto completo que son similares a la cita original. septiembre 2017

25  Los resultados de esta búsqueda son de 102 artículos con 82 Free Full Text (artículos en texto completo gratuito) y con 20 artículos de Hinari.  septiembre 2017

26 En la opción de formato dar clic en MEDLINE y automáticamente despliega las referencias de los artículos recientemente añadidos en la opción Sort by Most Recent. septiembre 2017

27 El listado de descriptores en ciencias de la salud (MeSH por sus siglas en inglés) se puede consultar a través de la opción en formato, dar clic en Medline. Los descriptores en ciencias de la salud son asignados por especialistas en indización de la Biblioteca Nacional de Medicina (E.U.A). Estos términos son muy útiles cuando se requiere de mayor precisión en la búsqueda, obteniendo importantes referencias sobre el mismo tema. septiembre 2017

28 Dar clic en la opción Per page y elegir la opción 200 artículos por página.
septiembre 2017

29 La lista más larga de resultados arrojados es de 200 referencias
La lista más larga de resultados arrojados es de 200 referencias. Esta acción es útil en caso de contar con bajo ancho de banda. Otras opciones de orden en la lista de resultados es por Abstract(s) (resumen) y Sort(ed) by Most Recent (mostrar del más reciente al más antiguo). septiembre 2017