Base de datos PubMed (Curso Básico: Módulo 4, Parte A)

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1 Base de datos PubMed (Curso Básico: Módulo 4, Parte A)
9 de diciembre de 2016

2 Tabla de contenido Conectándose a PubMed Navegando a través de PubMed
Seleccionar una base de datos para buscar en la barra negra de la base de datos Buscando en PubMed Opciones de visualización Opciones para imprimir, guardar y enviar por correo electrónico. En los módulos de HINARI/PubMed se hace énfasis en las habilidades para utilizar PubMed como herramienta que identifica y facilita el acceso a los artículos en texto completo. PubMed es la base de datos biomédica más importante que indexa más de 5,500 de revistas biomédicas. Las habilidades que se incluyen en estos módulos muestran de manera resumida desde el sitio PubMed, el uso de los Filtros, Descriptores en Ciencias de la Salud (MeSH por sus siglas en inglés), así como, otras herramientas de estrategias de búsqueda (vista previa/índice, filtros e historiales) y el uso de “MY NCBI” cuya plataforma permite configurar las pestañas y filtros a través de una cuenta, guardando la configuración de búsquedas de manera automatizada y creando un sistema de alertas sobre el ingreso de nuevos artículos en PubMed. El desarrollo de estas habilidades, contribuye en el aprovechamiento de las revistas electrónicas que se encuentran disponibles a través de HINARI, específicamente en la identificación de artículos disponibles en un sinfín de revistas y editoriales asociadas con HINARI. Al igual que en el primer módulo, es indispensable contar con acceso a Internet y haber completado las series de ejercicios. También hay que ingresar a HINARI, autenticarse y luego dirigirse a 'Búsqueda de artículos a través de PubMed (Medline)' sin este paso, no será posible contar con el acceso a los artículos en texto completo. 9 de diciembre de 2016

3 Antes de iniciar la sesión en los sitios web de servicios de editoriales asociadas, se debe ingresar al sitio de HINARI utilizando el URL 9 de diciembre de 2016

4 Una vez iniciada la sesión a la página de contenidos de HINARI, acceder a PubMed haciendo clic sobre Buscar en HINARI textos completos. En el Portal HINARI puede acceder a PubMed desde la página de contenido. Dar clic en la opción de: “Buscar en Hinari textos completos: PubMed” 9 de diciembre de 2016

5 Situación actual de PubMed (https):
HINARI no funciona con sitios https (incluyendo PubMed y Lancet), por tal motivo el personal se encuentra trabajando en una solución con el nuevo sistema de autenticación. Si al iniciar la sesión en HINARI/PubMed, las funciones mencionadas en el módulo fallan, recomendamos dirigirse al Apéndice 1. El apéndice incluye diapositivas donde se muestran las posibles fallas y soluciones al problema. Hay que revisar que la dirección del navegador se encuentre en esta página:

6 Recordar acceder a PubMed a través de HINARI o no se tendrá acceso a los artículos de texto completo. Importante: a través de esta página es posible entrar directamente a PubMed donde solo podrá tener acceso a los artículos en texto completo que se encuentran libres en dicho portal, pero no podrá ingresar a HINARI, ni descargar los artículos en texto completo correspondientes a las editoriales asociadas que han concedido el acceso a su institución a través de este sitio. Por el momento, recomendamos utilizar PubMed/HINARI sin conectarse y todavía tendrá acceso al filtro de los títulos HINARI. Luego de su búsqueda, puede regresar al portal HINARI, conectarse y dirigirse a la lista A-Z de la colección de revistas para buscar las referencias de PubMed. Este problema se resolverá el próximo año una vez que la actualización del servidor de autenticación HINARI se haya realizado. 9 de diciembre de 2016

7 El cuadro de búsqueda en PubMed esta activo
El cuadro de búsqueda en PubMed esta activo. Colocar la expresión de búsqueda en el cuadro. En este ejemplo, ingresar una búsqueda para malaria infections AND africa (infecciones de la malaria en África) en el cuadro de búsqueda o caja de consulta. Para ejecutar la consulta, hacer clic en el botón Search (buscar). 9 de diciembre de 2016

8 Resultados de la búsqueda aparecen en el cuerpo principal de la página de Summary (resumen), 20 Items per page ) 20 artículos por página) y desplegados por la opción de Recently Sorted (recientemente añadido). Esta es la configuración predeterminada cuando se completa una búsqueda. Notar los dos filtros adicionales para Free Full Text (texto completo gratuito) y HINARI. Estos han sido creados para las búsquedas HINARI/PubMed. De los 6163 artículos, 3282 están disponibles a través del filtro HINARI y 2520 con filtro Free Full Text (texto completo gratuito) (hay algunos traslapos). Algunas personas prefieren visualizar los resultados de búsqueda incluyendo tanto resultados de HINARI como los artículos en texto completo gratuitos, otros prefieren usar los filtros. 9 de diciembre de 2016

9 Results by year (gráfica de resultados por año)
Las opciones de la columna derecha se relacionan con los resultados de búsqueda de PubMed que son: Sort by relevance (nueva opción para organizar por relevancia - octubre de 2013) Results by year (gráfica de resultados por año) Titles with your search terms (listado de títulos con los términos de búsqueda) Free full-text articles in PubMed Central (listado de artículos gratuitos en texto completo en PubMed Central, un repositorio de los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos) Ver la siguiente diapositiva para la opción de buscador de información Search Details. 9 de diciembre de 2016

10 Los detalles de la búsqueda (Search details) incluyen todos los campos (palabras clave) en este caso: malaria, infección, infecciones y África así como, los términos MeSH (Descriptores en Ciencias de la Salud) para malaria, infección y África. Los términos MeSH son asignados por los indizadores de la Biblioteca Nacional de Medicina. Para más información, vaya al Curso avanzado módulo 1.  Es importante observar cómo la búsqueda de PubMed combina las palabras clave con los descriptores en ciencias de la salud (MeSH) que son asignados por especialistas en indización de la Biblioteca Nacional de Medicina (E.U.A.) 9 de diciembre de 2016

11 En los enlaces adicionales de artículos gratuitos (Free article)
En los enlaces adicionales de artículos gratuitos (Free article). Al dar clic en este enlace, envía a una pantalla con el resumen (Abstract), para poder acceder al texto completo. Observar que los términos malaria, infecciones (infections) y África (Africa) se destacan en negrita en los títulos, esto fue posible al momento de dar clic en los detalles de la búsqueda (Search details). Si la búsqueda se realiza desde una búsqueda normal en PubMed, estos artículos gratuitos y los de PMC estarán incluidos dentro de los resultados pero no aparecerán en los de HINARI. Hay que recordar que los artículos se traslapan. 9 de diciembre de 2016

12 Al dar clic en los enlaces de Free Article (artículo gratuito) o Free PMC Article (artículo gratuito de PMC), se re-direccionará nuevamente a la pantalla de Abstract (resumen). Dar clic en el enlace del texto completo de la publicación (Full text for publication) que re-direcciona al sitio web de la editorial para descargar el artículo en texto completo. 9 de diciembre de 2016

13 Ahora se tiene acceso a los artículos de texto completo de la revista BioMed Central.
9 de diciembre de 2016

14 En la viñeta de formato de resumen (Abstract Format) es posible revisar los contenidos a través del menú desplegable, donde se muestran ordenados a partir de los más recientes (Sort by Most Recent). 9 de diciembre de 2016

15 El formato de resumen (Abstract Format) despliega 20 artículos por página (20 items per page) que se muestran comenzando por los añadidos recientemente (Recently/Added) se muestran en la línea de configuración de la visualización por encima del resumen. El destaque de los filtros de texto completo gratuito es visible (Free Full Text) por lo que solo hay que dar clic en HINARI. Al elegir la opción de “Abstract” se destaca por dos importantes razones: a) se pueden leer de manera breve para confirmar si es el artículo que se está buscando y posteriormente a través de sus hipervínculos descargar el texto completo que pueden tratarse de artículos HINARI o b) motivo que se discute en la siguiente diapositiva. 9 de diciembre de 2016

16 Después de dar clic en el icono de HINARI o de la editorial asociada en la pantalla de resumen, aparece una lista de todos los artículos HINARI con los iconos de la editorial asociada y de HINARI. Al dar clic en el icono HINARI o de la editorial asociada, se mostrarán los artículos de texto completo. El filtro de texto completo gratuito (Free Full Text) funcionará de la misma manera. En algunos artículos es posible encontrar ambos iconos el de HINARI y el de Free Full Text (texto completo gratuito) en la pantalla de resumen. Este es un punto crítico. El formato “Abstract” contiene dos iconos o enlaces al texto completo. Este programa llamado vínculo “Linkout” permite direccionar a la descarga del artículo en texto completo, tanto para HINARI como para un artículo en texto completo gratuito. Cuando este enlace no funciona correctamente, se puede dar clic en el enlace del editor que debería de re-direccionar a la página de contenido de HINARI y de allí revisar entre el listado de la colección de revistas de la A-Z o de la lista de editores en su defecto. Los problemas de acceso y soluciones se discuten en el Apéndice del Módulo 3 del Curso Básico relacionado con el tema. 9 de diciembre de 2016

17 En agosto de 2010, PubMed mejoró la presentación del formato por Abstract con la siguiente estructura y encabezados clave: introducción (Background), métodos (Methods), resultados (Results) y conclusiones (Conclusions) listados al inicio de cada párrafo. Aproximadamente el 20% de las citas en PubMed ya cuentan con este formato. Este formato es bastante útil, ya que describe claramente el contenido del artículo. 9 de diciembre de 2016

18 Uso del vínculo de PubMed ‘Linkout’
Al completar una búsqueda y desplegar los resultados a través de la opción del formato “Abstract”, y utilizando el filtro de HINARI que se ubica en la parte superior derecha, se presentarán iconos/enlaces que vincular directamente a los artículos en textos completos, a esta parte se le llama la opción de “PubMed LINKOUT”. En ocasiones esta opción no puede ser fiable, ya que los iconos/enlaces no funcionan correctamente (ya que pueden existir fallas técnicas desde HINARI hacia el editor asociado específico o del editor asociado específico con PMC). Si en lugar de brindar el texto completo ya sea en html o pdf del artículo, el sistema solicita que realice un pago o la autenticación con HINARI no funciona, existen dos posibles soluciones: 1º intentar dar clic directo en iconos/enlaces. 2º en caso de que los iconos/enlaces no funcionen, regresar a la página inicial de HINARI y buscar el título de la revista que corresponde al artículo deseado en la Colección de revistas de la A-Z, después identificar el volumen/issue y elegir el artículo requerido. El cuadro verde indica que su institución cuenta con el acceso a esta revista a través de HINARI. 9 de diciembre de 2016

19 Al final de cada cita, se encuentra la opción de artículos similares (Similar articles). Los resultados de esta búsqueda son de 65 artículos con 57 artículos gratuitos en textos completos y 14 artículos de HINARI. Esta opción brinda acceso a citas y posibles artículos en texto completo que son similares a la cita original. 9 de diciembre de 2016

20  Los resultados de esta búsqueda son de 102 artículos con 82 artículos en texto completo gratuito (Free Full Text) y con 20 artículos de HINARI.  9 de diciembre de 2016

21 En la opción de formato dar clic en MEDLINE y automáticamente despliega los artículos recientemente añadidos en la opción Sort by Most Recent. 9 de diciembre de 2016

22 El listado de los descriptores en Ciencias de la Salud (MeSH por sus siglas en inglés) se puede consultar a través de la opción en formato, dar clic en Medline. Los Descriptores en Ciencias de la Salud son asignados por especialistas en indización de la Biblioteca Nacional de Medicina (E.U.A). Estos términos son muy útiles cuando se requiere de mayor precisión en la búsqueda, obteniendo importantes citas sobre el mismo tema. 9 de diciembre de 2016