Bases de Datos Estructurales

Presentación del tema: "Bases de Datos Estructurales"— Transcripción de la presentación:

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2 Bases de Datos Estructurales
RCSB PDB PDBe PDBj wwPDB BMRB (NMR) Primarias Structure (NCBI) Protein Data Bank of Transmembrane Proteins Especializadas Membrane Protein Data Bank Membrane Proteins of known 3D structure Bases de Datos estructurales Orientations of Proteins in Membranes CATH NDB EC-PDB ReliBase Secundarias SCOP SCOP2 SUPERFAMILY PDB Sum BMCD Otras EMDataBank Structural Biology KnowledegeBase Proteopedia Bases de Datos Estructurales

3 The Worlwide PDB (wwPDB)

4 Miembros del wwPDB https://pdbj.org/ http://www.bmrb.wisc.edu/
Miembros del wwPDB

5 RCSB PDB

6 PDBe

7 PDBj

8 Biological Magnetic Resonance Data Bank (BMRB)
Biological Magnetic Resonance Data Bank (BMRB)

9 Introduce una palabra clave
Introduce una palabra clave Structure (NCBI)

10 Pincha aquí para acceder al archivo
Resultados de la búsqueda en Structure (NCBI)

11 Un registro de Structure (NCBI)

12 PDBTM: banco de datos de proteínas transmembrana
PDBTM: banco de datos de proteínas transmembrana

13 Membrane proteins of known 3D structure
Membrane proteins of known 3D structure

14 MPDB: Banco de datos de proteínas de membrana
MPDB: Banco de datos de proteínas de membrana

15 OPM: Orientation of proteins in membranes

16 EC→PDB (Solo incluye enzimas)
EC→PDB (Solo incluye enzimas)

17 Hay que registrarse para acceder a la BD
Hay que registrarse para acceder a la BD Relibase: BD de interacciones proteína-ligando

18 NDB (Nucleic Acid Database)
NDB (Nucleic Acid Database)

19 SCOP

20 Contenido de SCOP (Versión 1.75)

21 SCOP2

22 CATH / Gene3D

23 Niveles jerárquicos en CATH

24 Sistema de numeración en CATH

25 SUPERFAMILY

26 PDBsum: Un vistazo rápido a los contenidos del PDB
Introduce un código del pDB Introduce una palabra clave Introduce una secuencia PDBsum: Un vistazo rápido a los contenidos del PDB

27 Ejemplo de un registro de PDBsum (4TSY)
Información almacenada en el registro Ejemplo de un registro de PDBsum (4TSY)

28 BMCD: Biological Macromolecule Crystallization Database
BMCD: Biological Macromolecule Crystallization Database

29 EMDataBank

30 Proteopedia

31 SBKB: Structural Biology Knowledgebase
SBKB: Structural Biology Knowledgebase

32

33 DSSP: Calcula estructuras secundarias
DSSP: Calcula estructuras secundarias

34 PDBePISA: Calcula estructuras cuaternarias
PDBePISA: Calcula estructuras cuaternarias

35 PDBeFold: compara estructuras 3D de proteínas
PDBeFold: compara estructuras 3D de proteínas

36 DALI: compara estructuras 3D de proteínas
DALI: compara estructuras 3D de proteínas

37 DALI: compara estructuras 3D de proteínas
DALI: compara estructuras 3D de proteínas

38 ClusPro: calcula interacciones proteína-proteína
ClusPro: calcula interacciones proteína-proteína