ANÁLISIS COMPARATIVO DE MATRICES

Presentación del tema: "ANÁLISIS COMPARATIVO DE MATRICES"— Transcripción de la presentación:

1 ANÁLISIS COMPARATIVO DE MATRICES
DE DISTANCIA USADAS EN LA CONSTRUCCIÓN DE ARBOLES FILOGENÉTICOS USANDO EL ALGORITMO NEIGHBOR-JOINING BASADO EN SECUENCIAS GÉNICAS DEL GENERO Fusarium. 0,0301 0,0351 0,0297 0,038 0,0406 0,03622 0,0362 0,04 0,0569 0,03642 0,0388 0,0402 0,0586 0,03896 0,054 0,045 0,0615 0,0412 0,055 0,0459 0,0708 0,077 0,0574 0,0893 0,04305 0,0932 0,0599 0,0973 0,0441 0,0943 0,0897 0,1124 0,06356 0,1066 0,1193 0,1508 0,08997 0,167 0,1595 0,2591 0,09108 0,2553 0,1658 0,7812 0,10659 1,1427 0,7375 2,3071 0,15314 1,5974 1,1382 2,7741 0,24836 1,7218 1,9922 Juan D. Henao, Anghiela Saavedra, Javier Burgos, Juan J. Filgueira Universidad Militar Nueva Granada (UMNG). Bogotá. Colombia.

2 VS Algo sobre filogenia
Fusarium oxysporum f.sp. dianthi Información morfológica subjetiva frente a datos moleculares. Procesamiento de secuencias para generar filogenias. Caso de los haplotipos.

3 Un antecedente

4 Bt1a/Bt1b Bt2a/Bt2b Ahy-FuF/AHyFuR EF-1H/EF-2T H3-1a/H3-1b H4-1a/H4-1b
Un ejemplo a) b) Bt1a/Bt1b Bt2a/Bt2b Ahy-FuF/AHyFuR EF-1H/EF-2T H3-1a/H3-1b H4-1a/H4-1b ITS FuR/ITS FuF ITS-1/ITS-2 ITS-1/ITS-4 ITS-4/ITS-5 Bt2a/Bt2b Bt1a/Bt1b Ahy-FuF/AHyFuR EF-1H/EF-2T H3-1a/H3-1b H4-1a/H4-1b ITS FuR/ITS FuF ITS-1/ITS-2 ITS-1/ITS-4 ITS-4/ITS-5

5 El resultado a) Discolor Glibossum Sporotrichiella Liseola Elegans Liseola Roseum Martiella

6 Y con el pequeño cambio b) Elegans Liseola Elegans Liseola Roseum Discolor Sporotrichiella Martiella Glibossum

7 Que pretendemos a) Medir las diferencias entre arboles. Determinar si son significativas. b)

8 Primer paso GEN PRIMER SECUENCIA ANNEALING (ºC) β-tubulin
Forward:Bt2a (Glass and Donaldson, 1995) 5'GGTAACCAAATCGGTGCTGCTTTC3' 60.6 Reverse: Bt2b (Glass and Donaldson, 1995) 5'ACCCTCAGTGTAGTGACCCTTGGC3' Calmodulin Forward:cmd-F (Leslie and Summerell, 2006) 5´GATCAAGGAGGCCTTCTC3´ 55.8 Reverse: cmd-R (Leslie and Summerell, 2006) 5´TTTTTGCATCATGAGTTGGAC3´ TranslationElongation Factor Forward:EF1H (O’Donell et al., 1998) 5'ATGGGTAAGGAAGACAAGAC3' 57 Reverse: EF2T (O’Donell et al., 1998) 5'GGAAGTACCAGTGATCATTGTT3' Histone 3 Forward:H31a (Glass and Donaldson, 1995) 5'ACTAAGCAGACCGCCCGCAGG3' 61.3 Reverse: H31b (Glass and Donaldson, 1995) 5'GCGGGCGAGCTGGATGTCCTT3' InternalTranscribedSpacer Forward: ITS FuF (White et al., 1990) 5' GCGACGATTACCAGTAACGA3' 61 Reverse: ITS FuR (White et al., 1990) 5'CAACTCCCAAACCCCTGTGA3'

9 Generar arboles (MEGA5)
correspondientes a todas las Permutaciones. Clustal W y Neighbor-Joining

10 120 arboles después… Las distancias de las ramas como información de análisis. Calcular la diferencia entre un árbol y otro.

11 Paso a seguir Estimando un tamaño de muestra n=50

12 1) Intervalos de confianza (por fila)
Paso a seguir 1) Intervalos de confianza (por fila) 2) Transformación a matriz binaria

13 Primera matriz Arreglo 17 Arreglo 19 Arreglo 21 Arreglo 24 Arreglo 27
0,0055 0,00365 0,0067 0,0001 0,0025 0,0109 0,0023 0,0057 0,00725 0,0081 0,0069 0,0092 0,0121 0,0029 0,0085 0,00805 0,0088 0,0129 0,0074 0,0106 0,0131 0,0096 0,0137 0,01089 0,0105 0,0199 0,0149 0,0155 0,0192 0,0165 0,0114 0,0126 0,0258 0,0153 0,0191 0,0181 0,0197 0,01196 0,0207 0,0336 0,0224 0,0215 0,0279 0,0203 0,01487 0,0248 0,0346 0,0333 0,0227 0,0354 0,0212 0,03475 0,0259 0,038 0,0356 0,0317 0,0355 0,0296 0,0301 0,0351 0,0297 0,0392 0,0366 0,0378 0,0361 0,0406 0,03622 0,0362 0,04 0,0411 0,0377 0,0388 0,0383 0,0569 0,03642 0,0402 0,0417 0,0391 0,0458 0,0586 0,03896 0,054 0,045 0,0413 0,0436 0,0507 0,0519 0,0615 0,0412 0,055 0,0459 0,0427 0,0505 0,0514 0,0592 0,0708 0,077 0,0574 0,0523 0,0603 0,0893 0,04305 0,0932 0,0599 0,0526 0,0661 0,0796 0,0643 0,0973 0,0441 0,0943 0,0897 0,0653 0,0799 0,0928 0,0865 0,1124 0,06356 0,1066 0,1193 0,0877 0,0985 0,1121 0,1508 0,08997 0,167 0,1595 0,0842 0,115 0,1014 0,1196 0,2591 0,09108 0,2553 0,1658 0,1178 0,1385 0,1072 0,1198 0,7812 0,10659 1,1427 0,7375 0,1253 0,1446 0,1089 0,1415 2,3071 0,15314 1,5974 1,1382 0,1897 0,152 0,1332 0,1783 2,7741 0,24836 1,7218 1,9922 0,3635 0,302 0,2413 0,2986

14 Matriz binaria Arreglo 17 Arreglo 19 Arreglo 21 Arreglo 24 Arreglo 27
intervalo 1 intervalo 2 1 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,054533 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1,

15 Distancias de Hamming Numero mínimo de cambios entre
Diferencias entre arboles Distancias de Hamming Numero mínimo de cambios entre dos elementos binarios

16 Distancias de Hamming Arreglo 4 Arreglo 6 Arreglo 10 Arreglo 12
1 4 3 2 Arreglo 21 Arreglo 24 Arreglo 27 Arreglo 31 5 Arreglo 32 Arreglo 34 Arreglo 38 Arreglo 40 Arreglo 43 Arreglo 45 Arreglo 46 Arreglo 50 6 Arreglo 51 7 Arreglo 54

17 -1,96<0,5<1,96 Ho: No hay diferencia. Ha: Hay diferencia.
Prueba de hipótesis Ho: No hay diferencia. Ha: Hay diferencia. -1,96<0,5<1,96

18 El calculo de las distancias entre árboles filogenéticos no poseen una
Para terminar El calculo de las distancias entre árboles filogenéticos no poseen una diferencia significativa, aunque respecto a la información biológica esta varia impidiendo reconocer como robustos los arboles filogenéticos obtenidos.

19 UMNG Grupo de Fitopoatología Molecular
Juan J Filgueira Melissa Rincón Guillermo Buraglia Angelica Zambrano Michel Figueredo Katherin Velasquez Felipe Cristancho Angela Niño Financiamiento: Vicerectoría de Investigaciones UMNG