Métodos para caracterizar la estacionalidad de virus respiratorios

Presentación del tema: "Métodos para caracterizar la estacionalidad de virus respiratorios"— Transcripción de la presentación:

1 Métodos para caracterizar la estacionalidad de virus respiratorios
Francisco Palomeque División de Influenza, CDC

2 Introducción Caracterizar la estacionalidad es importante para las políticas de vacunación La efectividad de la vacuna no sólo depende de la concordancia entre los virus de la vacuna y los virus circulantes, sino tambien del tiempo de vacunación. Diferentes países/regiones han usado diferentes métodos, mayormente en zonas temperadas

3 Introducción Objetivo:
Presentar datos preliminaries de actividad epidémica de virus respiratorios de Argentina, utilizando 3 diferentes métodos: binomial, proporciones ponderadas y método OMS

4 Materiales y métodos Método binomial (1):
Se calcula la proporción mensual de muestras positivas para Virus Respiratorios (VRs) Aplicamos las proporciones mensuales a un modelo de regresión logística, asumiendo una distribucion binomial [función SAS: PROC GENMOD] 𝑙𝑜𝑔 1− 𝑃𝑟𝑜𝑝𝑜𝑟𝑐𝑖ó𝑛 𝑑𝑒 𝑚𝑢𝑒𝑠𝑡𝑟𝑎𝑠 𝑝𝑜𝑠𝑖𝑡𝑖𝑣𝑎𝑠 𝑝𝑎𝑟𝑎 𝑉𝑅 1−𝑃𝑟𝑜𝑝𝑜𝑟𝑐𝑖ó𝑛 𝑑𝑒 𝑚𝑢𝑒𝑠𝑡𝑟𝑎𝑠 𝑝𝑜𝑠𝑖𝑡𝑖𝑣𝑎𝑠 𝑝𝑎𝑟𝑎 𝑉𝑅 =𝑚𝑒𝑠+𝑎ñ𝑜 El resultado: actividad mensual de VR [la proporcion de muestras respiratorias positivas para VR) → las variables independientes: “mes” y “año” Se obtiene la actividad pronosticada como resultado del modelo Se define período epidémico de VRs como la actividad pronosticada que está sobre el promedio anual por ≥2 meses consecutivos Durand, L. O., et al. (2015). "Timing of Influenza Epidemics and Vaccines in the American Tropics, , " Influenza Other Respir Viruses.

5 Materiales y métodos Método binomial (cont.):
Variables utilizadas: # de muestras positivas para VRs (por mes/semana), total de muestras analizadas (m/s). Paquete estadístico SAS

6 Materiales y métodos Método de proporciones ponderadas (1):
Se suman todas las muestras positivas de cada mes, y se divide para el total de muestras analizadas para ese mes. Se repite el procedimiento para todos los meses del año Se obtiene la actividad pronosticada mediante las proporciones de muestras positivas de VRs Se define al periodo epidémico de VRs como la actividad pronosticada que está sobre el promedio anual por ≥2 meses consecutivos (1) Azziz-Baumgartner, E., et al. (2012). "Seasonality, timing, and climate drivers of influenza activity worldwide." J Infect Dis 206(6):

7 Materiales y métodos Método de proporciones ponderadas (cont.):
Variables: proporción muestras positivas por mes/semana Excel

8 Materiales y métodos Método OMS (1):
Se establece la mediana del pico anual (para los años disponibles) Se organizan los datos anuales, alineando con la mediana identificada en el paso anterior. Se calcula el ‘promedio’ para cada mes. Se calcula el intervalo de confianza superior (95%), y esto será el ‘umbral de alerta’ El ‘umbral estacional’ es el promedio de la actividad mensual promedio. (1) World Health Organization (2014) WHO Global Surveillance Standards for Influenza. Geneva: Global Influenza Programme, Surveillance and Monitoring team, World Health Organization.

9 Materiales y métodos Método OMS (cont.):
Variables: Proporción de positividad por mes/semana. Excel

10 Resultados: Influenza y VSR – Argentina (1997 - 2013), datos nacionales

11 Proporciones ponderadas
Resultados: Actividad epidémica de Influenza en Argentina (datos nacionales), utilizando 3 diferentes métodos Binomial Proporciones ponderadas Método OMS

12 Proporciones ponderadas
Resultados: Actividad epidémica de VSR en Argentina, datos nacionales, 3 diferentes métodos Binomial Proporciones ponderadas Método OMS

13 Proporciones ponderadas
Resultados Binomial Proporciones ponderadas OMS Influenza Inicio de temporada Mayo Junio Final de temporada Octubre Noviembre Duración de temporada 6 meses 7 meses 5 meses VSR Abril Septiembre Agosto 4 meses

14 Conclusiones En el presente estudio: los tres métodos presentan resultados similares, inicio de temporada tiene un mes de diferencia, duración de temporada tiene hasta 2 meses de diferencia. Los métodos de proporciones ponderadas y el de OMS se los realiza en Excel (software más accesible), el método binomial se lo realiza en SAS (software menos accesible). Se recomienda traducirlo a un programa de mayor acceso como R.

15 Conclusiones Se requiere proporción de muestras positivas por mes/semana. Para análisis adicionales: edad, sexo, provincia/departamento (análisis regional), datos climáticos, etc. Se recomienda una combinación de métodos.

16 Agradecimientos CDC Jazmin Duque Daniella F. Downing Amber Haynes
Brian S. Rha Susan I. Gerber Steve Lindstrom Sofia Arriola Eduardo Azziz-Baumgartner Argentina Elsa Baumeister

17 Materiales y métodos Análisis. Resultados subregionales:
Norte: Catamarca, Chaco, Corrientes, Formosa, Jujuy, La Rioja, Misiones, Salta, SGO del Estero, Tucuman Centro: Buenos Aires, Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Cordoba, Entre Rios, La Pampa, Mendoza, San Juan, San Luis, Santa Fe Sur: Chubut, Neuquén, Rio Negro, Santa Cruz, Tierra del Fuego

18 Resultados: Influenza – Argentina (1997 - 2013) por subregiones

19 Resultados: VSR – Argentina (1997 - 2013) por subregiones

20 Proporciones ponderadas
Resultados: Actividad epidémica de Influenza en Argentina, datos sub-regionales, 3 diferentes métodos Binomial Proporciones ponderadas Método OMS