PROSITE: Guía rápida Dirección URL de PROSITE.

Presentación del tema: "PROSITE: Guía rápida Dirección URL de PROSITE."— Transcripción de la presentación:

1 PROSITE: Guía rápida http://www.expasy.org/prosite/ Dirección URL de PROSITE

2 PROSITE: Guía rápida Página principal de PROSITE

3 PROSITE: Guía rápida Un registro.DAT (formato PROSITE)

4 PROSITE: Guía rápida Un registro.DAT de PROSITE (formato NiceSite)

5 PROSITE: Guía rápida Información registrada en un Fichero.DAT - La información de un fichero DAT está organizada en campos definidos por las dos primeras letras de cada línea - Esta información es utilizada por los programas de ordenador que buscan dominios conservados en una secuencia

6 PROSITE: Guía rápida Fichero.DAT correspondiente a un patrón (pattern)

7 PROSITE: Guía rápida Estructura de un patrón o expresión regular { } Aminoácidos conservados Cualquier aminoácido puede ocupar esta posición Aminoácidos que pueden ocupar esta posición Aminoácidos conservados Cualquier aminoácido puede ocupar las dos posiciones siguientes Aminoácidos que no pueden ocupar esta posición

8 PROSITE: Guía rápida Ventajas e inconvenientes de los patrones Ventajas Inconvenientes 1.- Son fáciles de entender y utilizar por el usuario 2.- Localizan las regiones más conservadas, que suelen estar asociadas a una función biológica 3.- La búsqueda de patrones en bases de datos de proteínas se hace en un periodo de tiempo razonable 1.- No localiza homólogos distantes, ya que ignora las secuencias que no coincidan por completo con el patrón

9 PROSITE: Guía rápida Ventajas Inconvenientes 1.- Localiza homólogos distantes (con poca conservación de la secuencia 2.- Caracteriza la secuencia completa del dominio, no sólo la región más conservada 3.- Son más adecuados para predecir características estructurales de las proteínas 1.- Son menos adecuados para la detección de una función biológica determinada Ventajas e inconvenientes de los perfiles

10 PROSITE: Guía rápida

11 Fichero.DAT correspondiente a un perfil (profile)

12 PROSITE: Guía rápida Un registro.DOC (formato PROSITE)

13 PROSITE: Guía rápida Un registro.DOC de PROSITE (formato NiceSite)

14 PROSITE: Guía rápida Un registro.DOC consta de tres partes: 1.- Descripción de las características principales de la familia o dominio, junto con una lista de las proteínas más representativas que lo contienen 2.- Una sección técnica que describe el patrón o perfil conservado. Ofrece gráficos para ver su posición en cada proteína (architecture view) y el alineamiento múltiples de las secuencias. 3.- Una lista de referencias bibliográficas Un registro.DOC de PROSITE

15 PROSITE: Guía rápida Un registro.DOC : Descripción del motivo

16 PROSITE: Guía rápida Un registro.DOC : Sección técnica

17 PROSITE: Guía rápida Un registro.DOC : Referencias bibliográficas

18 PROSITE: Guía rápida ScanPROSITE: dos formas de buscar Opción 1: Introduce una secuencia para ver si presenta algún motivo Opción 2: Introduce el código de un motivo y búscalo en una base de datos de proteínas

19 PROSITE: Guía rápida Ejercicios 1.- Introducir una secuencia proteica en ScanPROSITE