DE LOCAL A GLOBAL: SISTEMA DE INFORMACIÓN DE COLECCIONES CIENTÍFICAS DEL MUSEO NACIONAL DE CIENCIAS NATURALES - SICoC - DE LOCAL A GLOBAL: SISTEMA DE INFORMACIÓN.

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1 DE LOCAL A GLOBAL: SISTEMA DE INFORMACIÓN DE COLECCIONES CIENTÍFICAS DEL MUSEO NACIONAL DE CIENCIAS NATURALES - SICoC - DE LOCAL A GLOBAL: SISTEMA DE INFORMACIÓN DE COLECCIONES CIENTÍFICAS DEL MUSEO NACIONAL DE CIENCIAS NATURALES - SICoC - SEPTIEMBRE 2013 JOSÉ M. BECERRA Responsable de la Unidad de Bioinformática - MNCN jm.becerra@csic.es @josembecerra SICoC

2 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA ÍNDICE 1.INTRODUCCIÓN A.QUIÉNES SOMOS B.DÓNDE ESTAMOS C.OBJETIVOS 2.ELEMENTOS 3.ARQUITECTURA LÓGICA 4.TRABAJOS 5.CONCLUSIONES 6.PREGUNTAS SICoC

3 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA INTRODUCCIÓN ¿QUIÉNES SOMOS? SICoC EL MUSEO NACIONAL DE CIENCIAS NATURALES www.mncn.csic.es El Museo Nacional de Ciencias Naturales es una institución única dentro del CSIC porque además de llevar a cabo investigación científica de primera fila, gestiona una importante colección de especímenes (las Colecciones Científicas), y desarrolla un programa de exposiciones y actividades educativas dirigidas al público general. Es el Museo de Historia Natural más antiguo del mundo (1771).

4 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA INTRODUCCIÓN ¿QUIÉNES SOMOS? SICoC LAS COLECCIONES CIENTÍFICAS DEL MUSEO Las colecciones del Museo Nacional de Ciencias Naturales tienen su origen en el Real Gabinete de Historia Natural, fundado en 1771 por Carlos III. Con más de 6 millones de ejemplares conservados en varias colecciones, el Museo puede considerarse como uno de los principales centros de referencia de fauna. Además de estos fondos históricos, las colecciones del Museo albergan material de recolección más reciente, conseguido como consecuencia de las sucesivas investigaciones desarrolladas en la institución.

5 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA INTRODUCCIÓN ¿QUIÉNES SOMOS? SICoC LAS COLECCIONES CIENTÍFICAS DEL MUSEO

6 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA INTRODUCCIÓN ¿DÓNDE ESTAMOS? SICoC En el año 1988 se inició un proyecto para informatizar las Colecciones Científicas del Museo. Se desarrolló un conjunto de aplicaciones basadas en Clipper (a partir del programa Birds, de James Northern, de UCLA), y se definieron unos estándares en cuanto a la información a introducir.

7 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA INTRODUCCIÓN ¿DÓNDE ESTAMOS? SICoC En los siguientes años se ha intentado avanzar en la informatización, con escaso éxito. En estos momentos, las Colecciones Científicas del Museo basan su gestión en aplicaciones desarrolladas en Microsoft Access, teniendo cada Colección su propia aplicación independiente, con distintos grados de desarrollo. COLECCIÓN CIENTÍFICA COLECCIÓN CIENTÍFICA COLECCIÓN CIENTÍFICA

8 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA INTRODUCCIÓN ¿DÓNDE ESTAMOS? Cada Colección tiene un modelo de datos. Se trabaja en la mayor parte de los casos en local (problemas de seguridad, de acceso concurrente y de copias de seguridad). Herramientas propietarias y dependientes de sistema operativo. Falta de documentación y metodología propia de proyectos informáticos. Los ficheros asociados (imágenes, videos, documentos, etc.) se almacenan por separado. En buena parte de las aplicaciones, no hay control de la calidad de los datos. Cada Colección es una isla SICoC ¿CUÁL ES LA SITUACIÓN?

9 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA INTRODUCCIÓN ¿DÓNDE ESTAMOS? Hay mucha información ya digitalizada (más de 500.000 registros y miles de imágenes). Existe una cultura de uso del ordenador para gestionar las Colecciones. Ha habido experiencias de volcado de datos a GBIF. Pero no todo es negativo SICoC

10 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA INTRODUCCIÓN OBJETIVOS 1.Establecimiento de un Sistema de Información integrado para las Colecciones Científicas del MNCN: SICoC 2.Uso de una metodología propia de proyectos informáticos. 3.Uso de herramientas Open Source. 4.Garantizar la seguridad y la calidad de los datos. 5.Aportar interoperabilidad con otros sistemas (externos e internos). En última instancia, se trata de llevar las colecciones a la nube SICoC

11 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA ELEMENTOS SICoC ¿CUÁL ES EL EJE DEL SISTEMA? MODELO DE DATOS ÚNICO DATOS IMÁGENES GEOLOCALIZACIÓN INFORMACIÓN SOBRE UN EJEMPLAR DOCUMENTOS SECUENCIAS DE ADN

12 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA ELEMENTOS SICoC ¿QUÉ IMPLICA? El Museo debe actuar como CONSUMIDOR SERVICIOS DE GEOLOCALIZACIÓN SERVICIOS DE NOMBRES TAXONÓMICOS GENBANK Pero el Museo debe actuar también como PROVEEDOR CALIDAD DE LOS DATOS MODELO ÚNICO DE DATOS

13 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA ELEMENTOS SICoC ¿CÓMO LO CONSEGUIMOS? Convirtiéndonos en una PLATAFORMA. Debemos construir interfaces que accedan a los datos y devuelvan la información. Así nuestros datos pueden estar en cualquier lado, podemos agregar información de donde consideremos necesario, controlar su calidad, integrarlo con otros sistemas. El modelo es Amazon. HABLAMOS CON TODOS ESCUCHAMOS A TODOS En última instancia, crearemos un PaaS

14 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA ARQUITECTURA LÓGICA Uso de estándares. Programación orientada a objetos. Arquitectura basada en N capas. Uso de software open source. SISTEMA OPERATIVO SERVIDOR WEB BASE DE DATOS SQL LENGUAJE DE PROGRAMACIÓN FRAMEWORK DE DESARROLLO BASE DE DATOS DOCUMENTAL HERRAMIENTA DE BI LENGUAJE DE CONSULTA LENGUAJE DE MODELADO EN UN FUTURO… LENGUAJE DE INTERCAMBIO SICoC DARWIN CORE BASE DE DATOS DE GRAFOS

15 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA TRABAJOS SICoC 1.Definición de un modelo de datos único, consensuado entre todas las Colecciones Científicas y que sirva de punto de partida. 2.Este modelo de datos, nos llevará a un diccionario de datos que permita en todo momento tener un lenguaje común. 3.Definición del modelo funcional del interfaz de acceso a los datos. Diseño de web services, desarrollo de un API. 4.Establecimiento del repositorio central de datos. Los media irán al gestor documental, la estructura taxonómica a la base de datos de grafos, los datos textuales a la base de datos relacional. 5.Desarrollo de los ETLs correspondientes para la carga programada de datos desde las distintas fuentes (internas – bases de datos de la Colecciones Científicas; externas). 6.Exposición de los datos públicamente. 7.Desarrollo de la aplicación de gestión interna.

16 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA SICoC CONCLUSIONES ¿QUÉ PRETENDEMOS CON SICoC? Dejar de ser la pieza suelta y convertirnos en una pieza importante del puzle de la Informática para la Biodiversidad

17 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA SICoC CONCLUSIONES

18 UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA SICoC GRACIAS POR SU ATENCIÓN JOSÉ M. BECERRA Responsable de la Unidad de Bioinformática - MNCN jm.becerra@csic.es @josembecerra PREGUNTAS