Bases de datos secundarias

Briefings in Bioinformatics 3 (2002):

Bases de datos secundarias Puedes descargarte la BD

Bases de datos secundarias Información almacenada en PROSITE

Bases de datos secundarias Información registrada en un Fichero.DAT - La información de un fichero DAT está organizada en campos definidos por las dos primeras letras de cada línea - Esta información es utilizada por los programas de ordenador que buscan regiones conservadas en una secuencia

Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DAT con un patrón (en formato plano)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT con formato PROSITE

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT con formato Nice Site (1)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT con formato Nice Site (2)

Bases de datos secundarias Los registros PROSITE.DOC

Bases de datos secundarias Estructura de un registro PROSITE.DOC (formato plano) 1.- Descripción de las características de la familia o dominio, junto con una lista de las proteínas que lo contienen 2.- La sección técnica describe el patrón o perfil conservado. 3.- Referencias bibliográficas Códigos ID

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DOC con formato PROSITE Referencias Parte técnica Descripción

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DOC con formato Nice Site (1)

Bases de datos secundarias Puedes ir directamente a la parte del registro.DOC que te interesa El patrón Puedes ver el logo Registro PROSITE.DOC con formato Nice Site (2)

Bases de datos secundarias Logo del patrón almacenado en PROSITE

Bases de datos secundarias PROSITE también almacena perfiles

Bases de datos secundarias Construcción de perfiles

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT que contiene un perfil en formato plano (1)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT que contiene un perfil en formato plano (2)

Bases de datos secundarias Penalizaciones aplicadas por defecto a la introduccion de inserciones o deleciones y a sus extensiones Región más tolerante a la presencia de indels Distintos estados M (match) e I (insertion) Puntuaciones específicas para cada posición Ejemplo de un perfil de PROSITE (PS50002)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato PROSITE (1)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato PROSITE (2)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato Nice Site (1)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato Nice Site (2)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DOC de un perfil Formato plano Formato PROSITE

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (1)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (2)

Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (3)

Bases de datos secundarias Las reglas de PRORULE permiten generar anotaciones de forma automática. PRORULE: Las reglas de PROSITE

Bases de datos secundarias Cómo utilizar PRORULE Introduce aquí el código de acceso de la regla o una palabra clave Puedes ver los registros de PRORULE según diversos criterios

Bases de datos secundarias Fichero.DAT de una regla

Bases de datos secundarias Fichero de una regla en formato Nice Site

Bases de datos secundarias Puedes ver los registros de la BD según diversos criterios Acceso directo a un registro de la BD (introduciendo un código o una palabra clave) Acceso directo a un registro de PROSITE

Bases de datos secundarias Introduce aquí el nombre de un dominio: leucine zipper 1.- Búsqueda de un dominio por palabras clave

Bases de datos secundarias PROSITE: Resultado de la búsqueda Pincha aquí para acceder a la información sobre el dominio (el fichero.DOC)

Bases de datos secundarias El fichero.DOC contiene información sobre el dominio Pincha aquí para ver el patrón o el perfil (el fichero.DAT)

Bases de datos secundarias El fichero.DAT describe el perfil del dominio

Bases de datos secundarias

Bases de datos secundarias Introduce aquí una secuencia en formato FASTA (o un identificador válido) 1.- Búsqueda rápida

Bases de datos secundarias Resultado de la búsqueda (1)

Bases de datos secundarias Resultado de la búsqueda (2) Ha encontrado dos perfiles También ha encontrado dos patrones Pincha aquí para acceder a la documentación del perfil

Bases de datos secundarias Resultado de la búsqueda (3) Ha encontrado dos patrones Pincha aquí para acceder a la documentación del patrón

Bases de datos secundarias 2.- Búsqueda avanzada

Bases de datos secundarias Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 1 Option 1 - Submit PROTEIN sequences to scan them against the PROSITE collection of motifs

Bases de datos secundarias Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 2 Option 2 - Submit MOTIFS to scan them against a PROTEIN sequence database.

Bases de datos secundarias Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 3 Option 3 - Submit PROTEIN sequences and MOTIFS to scan them against each other.

Bases de datos secundarias

Nucleic Acids Research 29 (2001):

Bases de datos secundarias Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 (1998):

Bases de datos secundarias Puedes bajarte el software EMOTIF

Bases de datos secundarias Programas incluidos en el software EMOTIF