A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. BIOINFORMÁTICA Vicente Arnau Llombart E-mail: Vicente.Arnau@uv.es HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. BIOINFORMATICA BIOINFORMÁTICA es la aplicación de los ordenadores al estudio de la Biología. Software  Hardware HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. El Genoma Humano La molécula de ADN fue descubierta en 1951 por James Watson, Francis Crick y Maurice Wilkins empleando la técnica de difracción de los rayos X. En 1953, James Watson (izquierda) y Francis Crick (derecha) describieron la estructura en doble hélice de la molécula de ADN como una especie de escalera de caracol con muchos escalones. En 1962 ambos recibieron el Premio Nobel de Medicina por su trabajo. HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. El Genoma Humano http://es.encarta.msn.com/ HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. El Genoma Humano La molécula de ADN tiene la estructura de una escalera formada por azúcares, fosfatos y cuatro bases nucleotídicas llamadas Adenina (A), Timina (T), Citosina (C) y Guanina (G). El código genético queda determinado por el orden de estas bases, y cada gen tiene una secuencia única de pares de bases. Los científicos utilizan estas secuencias para localizar la posición de los genes en los cromosomas y elaborar el mapa del genoma humano. HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. El Genoma Humano CGACCGAACATAATCAGCACTGTGATACAGAACAATGGAATTATTGGTCAAAATATGGATAGTCAATCCTCGTTGAGCTTGTAATTGAATTCCCCATGATTGGCATCAAAATTTGACCTTTTAATTTTTTACCATTTTTCGCAAATTTTGATGATGTTACCCCTTATCGAAAATGCAAAATTGGACCCAAAAATTGATTTTTCAAAATCCTTCAAAAAATTGATTTTGTCAGTTTGTATTGGTAAAAAGCTGTAAAAAAAAAGCTATTGGTTCATCTTTATAAGCATTTTTGGCCAAGTTATGAAGAAAAGACCATTCGTAAATAGCGGATTTTTCCAAAAACCGATTTTCCGAATTTCCATAATACATCAATAGGTTTTTGGCCATAACTTTGAAATAATAGTCTGAATTCGGAATGTCATATATCGTTGAGCTCGTAATTAAATTTCCATTCAAACTGTATTCAAAATTGGAATTCTATTTTTTACCAATTTTTTGCAAATTTTGATGATGTTACCCCTTACCGAAAATGCGAAAATCGACCCAAAATTTAATTTTTCAAAATCTTTCAAAAAGTGATAGGGATACTTAGTATTGGTAAAAAGCTGTAAAAAAACAGCCATTGGTTTATCTTTATGACCATTTTTAGGCAAGTTACGATGTATAGATCTTTTGCAAAAAGCGGATTTTTCCAAAAACCGATTTTCCATAATAAAATAATCTGTTTTTTGGCCATAACTTTAAAAATAAGAGTCTGAATACGGAATGCCATATCTCGCTGAACTCGTAATTACATTTTCATTCAAACTGTATTCAAAAATTGGAATTCTATTTTTTACCCATTTTTTGCAAATTTTGATGATGTTACCCCTTACCGAAAATGCGAAAATCGACCCAAAATTTAATTTTTCAAAATCTTTCAAAAAGTGATAGGGATACTTAGTATTGGTAAAAAGCTGTAAAAAACAGTCATTGGTTTATTTTTATGACCATTTTTAGGCAAGTTACGATGTATAGATCTTTTGCAAAAAGCGGATTTTTCCAAAAACCGATTTTCCATAATAAAATAATCTGTTTTTTGGCCATAACTTTAAAAATAAGAGTCTGAATATGGAATGCCATATCTCGTTGAGCTCGTAATTAAATTTCCATTCAAACTGTATTCAAAAATTGGAATTCTATTTTTTCCCATTTTTTGCAAATTTTGATATGTTACCCCTTACCGAAAATGCGAAAATCGACCCAAAATTAAATTTAAAATCCCTCAAAAAGTGATTGGGATAATTAGTATTGAATATCTCTTAAACTGTTATTCTTTTAACTATACGATCATTGTTAATCCAGTTTAGGCAAGTTACGATGTATAGATCTTTTGCAAAAAGCGGATTTTTCCAAAAACCGATTTTCCATAATAAAATAATCTGTTTTTTGGCCATAACTTTAAAAATAAGA…… HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. El Genoma Humano Dogma central de la Biología Molecular HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

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A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. El Genoma Humano Plegamiento de proteínas en dos pasos. HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

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A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. U V C L U S T E R Programa de análisis de grafos. Lee fichero de interacciones de base de datos DIP. Crea Grafo de Interacciones y Tabla de Distancias. Analiza la Tabla de Distancias. Predice futuras interacciones. HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. G R A F O D E I N T E R A C C I O N E S Leemos de la base de datos un conjunto de interacciones directas entre proteínas y creamos el grafo. Bni1  Act1 Aip1  Srv2 Aip1  Act1 Pfy1  Act1 Pfy1  Srv2 Srv2  Sla1 HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. G R A F O D E I N T E R A C C I O N E S El grafo generado puede tener tantas proteínas como las existentes en cualquier especie. HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. G R A F O D E I N T E R A C C I O N E S HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. G R A F O D E I N T E R A C C I O N E S Convertimos Grafo de Interacciones en Tabla de Distancias entre proteínas. HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. UVCLUSTER: ANÁLISIS DE TABLA DE DISTANCIAS Opción A: Ejemplo de Pro_A y distancia de corte DC = 1. HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. UVCLUSTER: ANÁLISIS DE TABLA DE DISTANCIAS Opción B: ejemplo de selección de 16 proteínas. HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

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A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. R E S U L T A D O S http://wilab.inha.ac.kr/interviewer/ HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. El Genoma Humano http://www.cecalc.ula.ve/bioinformatica/BIOTUTOR/ (curso de Bioinformática) ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/ (base de datos que contiene el código genético de todas las especies de las cuales se ha conseguido secuencias total o parcialmente su genoma). http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/ (excelente página sobre plegamiento de proteínas. Con artículos de investigación actuales). http://www.biocarampangue.dm.cl/enlaces.htm (muchos cursos sobre biología). http://solon.cma.univie.ac.at/~neum/protein.html (buena página web sobre plegamiento de proteínas. Con muchos artículos, software, bases de datos, …). HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. El Genoma Humano Bibliografía básica: Pierre Baldi & Soren Brunak. "Bioinformatics. The machine learning approach". Second edition. A Bradford Book. The MIT Press, Cambridge, Massachusetts. London, England. ISBN: 0- 262-02506-X. 2001.   Dan Gusfield. "Algorithms on Strings, Trees, and Sequences". Cambridge University Press. ISBN: 0 521 58519 8. 1997.  Attwood, T.K. & D.J. Parry-Smith. “Introducción a la Bioinformática”. Ed. Prentice Hall. 2002. HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

A FAST ALGORITHM FOR DNA SEQUENCES. El Genoma Humano Bibliografía complementaria: Attwood, T.K. & D.J. Parry-Smith. 1999. Introduction to Bioinformatics. Addison Wesley Longman Limited, Edimburgo. Baxevanis, A.D. & B.F. Francis Oullette (Eds.). 2002. Bioinformatics. A practical guide to the analysis of genes and proteins. 2nd Ed. Wiley-Interscience, New York. Bishop, M. 1999. Bioinformatics. Taylor & Francis, UK. Gibas, C. y P. Jambeck. 2001. Developing Bioinformatics Computer Skills. O'Reilly Higgins, D. y W. Taylor. 2000. Bioinformatics: Sequence, structure and databanks. Oxford University Press. Kanehisa, M. 2000. Post-genome informatics. Oxford University Press Li, W-H. 1999. Molecular evolution. Sinauer Associates Inc., Massachusetts, 2nd. Ed. Rashidi, H.H. and L.K. Buehler. 2000. Bioinformatics Basics. Applications in Biological Science and Medicine. CRC Press, Boca Raton. Salzberg, S., D. Searls, and S. Kasif (Eds). 1998. Computational Methods in Molecular Biology. Elsevier Science. Strachan, T. The Human Genome. 1992. Bios S.P. Swindell, S.R., R.R. Miller y G.S.A. Myers. 1997. Internet for the Molecular Biologist. Horizon Scientific Press, Norfolk, UK. Tisdall, J. 2001. Beginning Perl for Bioinformatics. O'Reilly HiCOMB 2003 - Vicente Arnau & Ignacio Marín.

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