Bautizado al día siguiente de nacer, el 12 de octubre. Su infancia transcurre feliz. Sus padres Antonio y Josefa le inculcan la devoción a María de la Merced.
El 30 de Septiembre de 1850, cuando tenía 18 años, ingresó en el Seminario de San Dionisio Areopagita ubicado en la Abadía del Sacro Monte de Granada.
“Procuraré ser la providencia visible para los que sufren…”Beato Zegrí
“Su vida es un desafío para todos los que seguimos su espiritualidad, no tanto por lo que hizo, sino porque supo amar a la manera de Dios, sirviendo el Evangelio de la caridad a los más necesitados. Él nos revela que la ternura y la misericordia de Dios se hacen realidad en el corazón de los seres humanos por el misterio de la redención del Hijo y haciendo camino con Él. El Espíritu Santo introdujo el corazón de Juan Nepomuceno en el corazón humano de Jesús, aprendiendo en esta escuela el amor a Dios y el amor a los demás. Un amor encarnado y a la vez místico, que eleva al que lo posee hasta las cimas de la contemplación y de la paz.”