Modulos y Paquetes

Módulos Un módulo es un componente que provee definiciones de funciones, variables o clases relativas a un tema común. Un módulo reside en un archivo. Permiten (re)utilizar facilidades ya definidas por otros sin necesidad de programarlas (reinventar la rueda) Python permite al programador escribir sus propios módulos de manera sencilla

Utilización de módulos Para utilizar un módulo predefinido se debe importar en nuestro programa: import nombre-módulo Por ejemplo: – import math Luego podemos utilizar las definiciiones del módulo math: – print "el número e es %10.7f" % math.e – print « la raíz de 2 es " + math.sqrt(2) Toda definición del módulo math puede accederse escribiendo math.nombre

Importar nombres directamente Se puede utilizar esta forma de importación – from math import sqrt, e Eso nos permite escribir: – print "el número e es %10.7f" % e – print "la raíz de 2 es " + sqrt(2) Podemos importar todos los nombres con: – from math import * En este caso las otras definiciones del módulo no son accesibles.

Información sobre módulos disponibles Para conocer todos los módulos disponibles (biblioteca estándar de python): Para obtener información sobre un módulo en particular: – help(nombre-módulo)

Creación de módulos Para crear un módulo basta con escribir un archivo con las definiciones apropiadas: – # file Valseq.py – valid_sequence_dict = { "P1": "complete protein", "F1": "protein fragment", "DL": "linear DNA", "DC": "circular DNA", "RL": "linear RNA", "RC":"circular RNA", "N3": "transfer RNA", "N1": "other" } – def find_valid_key(e): for key,value in valid_sequence_dict.items(): – if value == e: return key Para utilizar este módulo: – import ValSeq

Ubicación de los módulos Los módulos residen en archivos. Estos archivos pueden ubicarse en: – el directorio corriente – en el directorio origen de python (PYTHONHOME), en linux es algo así: /usr/lib/python2.6 – en los directorios definidos en la variable de ambiente PYTHONPATH dentro de python se puede consultar la variable sys.path para conocer la lista de directorios.

Paquetes Es un conjunto de modulos o subpaquetes Físicamente: un directorio (carpeta) conteniendo archivos.py y subdirectorios definidendo otros paquetes. El punto (.) se usa para describir la jerarquía de paquetes y modulos, por ejemplo Bio.

BioFasta >>> import Bio.Fasta >>> handle = open("data/ceru_human.fasta") >>> it = Bio.Fasta.Iterator(pin, Bio.Fasta.SequenceParser()) >>> seq = it.next() >>> print seq.seq >>> it.close()