 Cuando las aguas residuales de tipo doméstico son lanzadas a los ríos o cuerpos de agua sin ningún tratamiento o desinfección suelen contaminarlos con altas concentraciones de bacterias, virus y parásitos creándose un grave problema de salud pública. Entre las principales enfermedades que se propagan por este mal manejo de las aguas residuales están las diarreas (bacterianas y víricas), la tifoidea y la paratifoidea, el cólera, la hepatitis infecciosa, la amibiasis, giardiasis, etc. Como es muy difícil detectar y cuantificar a todos los patógenos causantes de estas enfermedades los ingenieros sanitarios y muchas autoridades de salud pública utilizan como organismo indicador de la contaminación por patógenos a los coliformes fecales (NMP CF/100 ml).  La mayoría de las industrias producen descargas de desechos líquidos que tienen demandas bioquímicas de oxígeno (DBO) muy altas pero concentraciones de coliformes fecales menores que las de las aguas residuales domésticas, pudiéndose decir que los desechos industriales constituyen un gran problema ecológico y los desechos domésticos un gran problema de salud pública aunque ambos coadyuven en el deterioro general de la calidad del agua.

El gas cloro es el elemento químico mas importante que se utiliza en el proceso del tratamiento de las aguas residuales. Pues este químico se emplea para eliminar la mayoría de las bacterias que vienen infiltradas en el agua sucia de todos los hogares. La cantidad de gas cloro que se aplica en el proceso de limpieza de las aguas desechadas es de acuerdo a la cantidad de agua que circula en el tanque de desagüe de la planta tratadora. El gas cloro no desinfecta de todo bien las aguas, pues solo elimina de un 85% a un 90% las bacterias.

El agua llega al tubo de desagüe y cae a el reactor bardojico 2 para de ahí trasladarla a el sedimentador secundario donde se filtra y sale transparente pero aun no es totalmente limpia, pus aquí solo se separa el lodo del agua, de aquí es llevada a otro estanque donde se mezclara con el gas cloro en ese estanque el agua dará tres vueltas continuas para que se eliminen las bacterias, y el ultimo proceso, se traslada el agua ya tratada y desinfectada a un estanque de donde podrá ser desembocada a la laguna( pero para esto debe tener una cantidad especifica y autorizada por las normas oficiales mexicanas) y en este caso el la laguna las salinas, ubicada en la comunidad de Zihuatanejo.

Es muy importantes que las personas sepan que las aguas residuales, después de tratarlas ya no se puedan utilizar para el uso domestico comestible por los químicos que se utilizaron para limpiarla. Como ya dijimos anterior mente el gas cloro es una sustancia altamente toxica y peligros por lo que al utilizar este producto de manera irresponsable puede contraer grandes consecuencias.