Técnicas Genómicas de Segunda Generación Víctor Quesada Ciencia Viva 2013 Universidad de Oviedo

Genómica

Flujo de la información ADN ARN Proteína Nucleótidos Aminoácidos Molécula: Compuesta por: A C G T Ala Cys Asp Glu Phe Gly His Ile Lys Leu Met Asn Pro Gln Arg Ser Thr Val Trp Tyr A C G U

El Genoma Humano ADN ARN Proteína ADN (~3·109 bases) A C G T A T G C A

Replicación del ADN ADN ARN Proteína A C G T T G C A T A G C A C G T A

Transcripción El genoma contiene zonas codificantes …y no codificantes ADN ARN Proteína El genoma contiene zonas codificantes Codifican proteínas Codifican ARNs …y no codificantes Promotores, reguladores Intrones

Traducción ADN ARN Proteína La traducción se produce en tripletes

Genes U A C G T A C G A T G C Met Tyr Arg …

Mutaciones U A C G T A C G A T G C Met Asn Arg …

Secuenciación de ADN Método Sanger Una secuencia por experimento Cerca de 1000 bases por secuencia

El proyecto Genoma Humano Comenzó hacia 1987 Duró unos 15 años Costó unos 3000 millones de dólares Proporciona un genoma de referencia

Métodos de segunda generación Unos 160 millones de secuencias por experimento Unas 108 bases por secuencia Un genoma humano se puede secuenciar en una semana por poco más de 5000 dólares

Secuencias cortas @GA05_0001:5:1:1160:10699#0/1 GGAATACAGAGANAGAAGAACACATCCCACAGTGCATAAATACCCATATTTA + CCCCCCCCCBAA#AAA????CCCCCC@CCC@@:?CC?CC:6?/?;>@BB>@B @GA05_0001:5:1:1160:14196#0/1 GGTAACCAAAACNAAAACTGTGTTTCTTATTTTTTCTCCAAAGAATAAAATA CCCCCCCCCCCC#C?78;89CCCCCCCCBCCC>>>>>>CCCCBCCCCCC>>C @GA05_0001:5:1:1160:16684#0/1 TTGGTTTCCTTTNCAGATTTTGGAGGACTTTAACAAAATGAGATGATAAATG CA=CCCCBAC>>#>:>:>>>AA@A@A4AAAA8AAAA@:==.>67>A>AAA@A @GA05_0001:5:1:1160:16712#0/1 TAGTTGAAGGCANCTAGACATTAGTATACCCTTTAATGAATAATGTTATTGA C>CCACCC@C<:#<;<;9;<B@BBBBBBBBBBB=?B==B=A=>A?BB>B>A#

Alineamiento

Cáncer

ICGC Secuenciación de ADN normal y tumoral de 500 individuos Catálogo de mutaciones en tumores Drivers y passengers

Mutaciones somáticas Genoma de referencia Lecturas en tejido normal tejido tumoral

Sidrón

LLC

Enfermedades hereditarias Variantes en genes No sinónimas No polimórficas Homozigotas Heterozigotas en padres 18.655 8.062 268 8 4

Medicina personalizada Paradigma clásico: del problema a la causa Nuevas posibilidades: prevención Cuestiones bioéticas

Agradecimientos Universidad de Oviedo