Introducción a Perl

* Es un lenguaje de propósito general originalmente desarrollado para la manipulación de texto y ahora utilizado para un amplio rango de tareas, como administración de sistemas, desarrollo web, programación en red, y más. * Se previó que fuera práctico. * Sus principales caracterásticas son que es fácil de usar, y tiene incorporado un poderoso sistema de procesamiento de texto.

* La primera linea de un programa en Perl contiene el shebang (par de caracteres que identifica el texto que sigue), que le indica al sistema operativo dónde encontrar el intérprete de Perl. #!/usr/bin/perl

* Esta instruccion envia información a la pantalla o a un archivo. : #!/usr/local/bin/perl print "Hola Mundo!\n"; print "Esto se escribe en\ndos lineas.\n"; print "Pero esto", "Se escribe en una sola linea.\n"; print '¿Porque aqui no se ejecuta como cambio de linea?.';

* Las siguientes secuencias de escape pueden ser interpretadas en la instrucción print o en la lectura de archivos: * \n cambio de linea y retorno de carro * \ttabulador horizontal * \vtabulador vertical * \a bell o beep (campanita)

* Escalares( scalars). Cualquier cosa: $escalar * Arreglos o vectores o listas * Tablas asociativas o diccionarios (hashes). %hash. (TiposVariables.pl) * Declaración obligatoria con la directiva “my” * use strict; (TiposVariablesStrict.pl)

if(condicion){ ~~ } elsif{ ~~ }else{ ~~ }

* Perl tiene 4 importantes operadores, para construir condiciones: NuminterpretaciónString * <``less than'' lt * > ``greater than''gt * == ``equal to''eq * != ``not equal to''ne * <= ``less than or equal to,'' le * >= `` greater than or equal to. ” ge

while(condicion){ }

* for( ; ; ) {bloque} * Ejemplo: for($i=0;$i<20;$i++) # ejecuta el bloque de código 20 veces { print “$i.- Hola”; } for.pl

* foreach $elemento * # ciclo sobre cada uno de los elementos de * { # procesa cada $elemento * }

* substr($a,$pos,$num) : * Regresa una subcadena de la cadena $a, desde la posición $pos, considerando $num caracteres. Si $num no es especificado, se considera el fin de la cadena como fin de la subcadena. Ejemplo: $cadena = "Bienvenidos a Perl!\n"; print substr($a, 0, 11);#"Bienvenidos" print substr($a, 13); # " a Perl!\n“ SearchString.pl

● split(//,$a): divide la cadena $a, usando la expresion regular entre //. Ejemplo: * $a = "Hello. Welcome Perl!\n"; = split(/ /, $a); * # Tres items: "Hello.","Welcome","Perl!\n" Diversion con cadenas... split()

● : une las cadenas del usando $sep como separador entre ellas. = ("Hello.", "Welcome", "Perl!\n"); * $a = join(' * # "Hello. Welcome Perl!\n"; * $b = join(' and * # "Hello. and Welcome and Perl!\n"; * $c = * # "Hello.Welcome Perl!\n"; Diversion con cadenas... join

* open(FILEHANDLE,"Flatfile.txt"); Abre el archivo Flatfile.txt para leerlo y lo asocia al manejador FILEHANDLE. * open (OVERWRITE, ">overwrite.txt"); Abre el archivo overwrite.txt para escribir en él y lo asocia al manejador OVERWRITE. * open (APPEND, ">>append.txt"); Abre el archivo append.txt para agregarle cosas y lo asocia al manejador APPEND.

* Que hacer en caso de que archivo no se puede abrir? open (FILEH, “flatfile.txt”) || die “no se pudo abrir el archivo flatfile.txt\n”;

* -r -w -x : comprueba si hay permiso * -e : comprueba si el archivo exite * -z : comprueba si el archivo tiene tamaño nulo * -s : devuelve el tamaño del archivo * -f -d : comprueban si el archivo es un fichero ó directorio if(-r 'flatfile.txt') { open(FILEHANDLE, “flatfile.txt”)|| die... }

open(MIFICH,"fichero.txt")|| die "No puedo encontrar fichero.txt\n"; while( ) { print $_; # $_ contiene la línea actual } close(MIFICH); open(LOGFILE,”flatfile.txt”)|| die "no puedo abrir flatfile.txt\n"; $title = ; print "Report Title: $title"; for $line ( ) { print $line; } close(LOGFILE);

open(OUTF,“>fichero.txt")|| die "No puedo encontrar fichero.txt\n"; print OUTF “Nuevo contenido del archivo\n”; close (OUTF);

* La consulta mas sencilla: =~ $user_location = "I see thirteen black cats under a ladder."; if ($user_location =~ /thirteen/) { print "Eek, bad luck!\n"; }

* Un patrón está delimitado por dos barras inclinadas, /patrón/ * Los símbolos más habituales en expresiones regulares son: * /./ # cualquier carácter excepto \n,(wildcard) * /\s/ # es un espacio en blanco (space) * /\t/ # es un tabulador * /\w/ # es un carácter alfanumérico (word), * /\W/ # no es un carácter alfanumérico (word) * /\d/ # es un dígito * /\D/ # no es un dígito * /\A/ # es el principio de una cadena * /\Z/ # es el final de una cadena * /^/ # es el principio de una línea de archivo * /$/ # es el final de una línea de archivo

* Los cuantificadores son: * + una ó más veces * ? cero ó una vez * * cero ó más veces * {n,m} mínimo y máximo de veces * Los parentesis se usan: - /(\d\s\w)/ # para agrupar varios símbolos en un solo patrón - /(A|B|C)/ # para definir un patrón formado por varias alternativas: coincide con 'A', con 'B' o con 'C‘ - Tambien para guardar la “memoria de lo encontrado”

* /ab+c/ encuentra “abc”, “abbc”,”abbbc'' y asi sucesivamente. * /ab*c/ lo mismo que el anterior, pero con “ac”. * /^ Localiza un URL * /\d\d\d-\d\d\d\d/. Un numero telefonico * /ATG\w+/La secuencia de un gen?

* $string =“ATGTTGCCGCGATCCCGAAA"; $string =~ = ($1, $2, $3);

● # Ejemplo escrito por Bruno Contreras en Julio de 2005 * $RNA = "CAUACUAAGAUCGCGAUAUUAUUAGCGAUAUACGACU"; * $stop1 = 'UAA'; $stop2 = 'UGA'; * $stop3 = 'UAG'; * ($total1,$total2,$total3,$total) = (0,0,0,0); * while( $RNA =~ /$stop1/g ) { * $total1++; * } * while( $RNA =~ /$stop2/g ) { * $total2++; * } * while( $RNA =~ /$stop3/g ) { * $total3++; * } * while( $RNA =~ /($stop1|$stop2|$stop3)/g) { $total++; * } * print "$total1|$total2|$total3|$total\n";

* $cadena =~ s/patrón/sustitución/[g|i] * Ejemplo: $pet = “>I love my cat Sylvester, and my other cat Bill.\n"; $pet =~ s/cat/dog/g; print $pet; * $fasta =~ s/\n//g;

* declaracion sub analyze_string { codigo } * Llamado: &analyze_string; O analyze_string;

($val1,$val2) = = (3,4,5); sub mi_subrutina { print "subrutina con parámetros\n"; }

$seq1 = “ATGGGCCGTGCTGA...UAA"; $seq2 = “ATGCGCTGTGATGA....UAG"; $ident= calculaIdentidad($seq1,$seq2); sub calculaIdentidad { my ($secA,$secB) my $id = 0; my $len =length($secA); for($pos=0;$pos< $len;$pos++) { if(substr($secA,$pos,1) eq substr($secB,$pos,1)) { $id++; } } return $id/$len; } Identidad.pl

* * * l l * on/bioperl/