Ecología Molecular – 2017 – TP1 Marcadores moleculares 1

Región de Control (D-loop) del ADN mitocondrial del jurel Trachurus murphyi 2

- un azúcar de 5 carbonos – desoxirribosa - fosfato - uniones entre los azúcares - bases: purinas = adenina y guanina pirimidinas = timina y citosina 3

Muestreo 4

1. Extracción 2. Amplificación ¿Y los partidores? 2. Amplificación 5

6

¿Existen secuencias de la D-loop de Trachurus murphyi? 1 2 3 7

1 8

9

Diseñar sus partidores propios: ¿Existe una secuencia del genoma mitocondrial del género? 1 2 10

1 11

1 12

1 13

1 14

15

16

Busqueda de los partidores 17

1. Extracción 2. Amplificación 3. Secuenciación 18

5' 3' 3' 5' H R F L A A C A C T T G T G A A C A C T T G T G A A C A C 19

PROcessor of SEQuences (ProSeq) (c) 1999 - 2007 by Dmitry Filatov,  http://www.biology.ed.ac.uk/research/institutes/evolution/software/filatov/proseq.htm importar JREL2-TRNA-F.ab1 20

21

22

23

5' A A C A C 3' H A A C A C F L T T G T G 3' 5' 24

H 25

26

27

importar JREL2-TRNA-R.ab1 28

A A C A C G T G T T 29

30

31

Reverse Complemente 5' 3' 5' 3' 5' 3' 5' 3' A A C A C G T G T T A C T 32

Emsamblar secuencias: JREL12-TRNA-F.ab1 con JREL2-TRNA-R.ab1 1. Invertir la secuencia complementaria 2. sobreponer 3. fusionar 33

34

35

Alineamiento de las secuencias F y R Insertar un espacio 36

I Insertar un espacio Eliminar base(s) 37

Alineamiento de secuencias Importar todas las secuencias F Alinear Cortar las extremidades Verificar cada mutación 38

39

40

41

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43

Pero ustedes tienen esto… Y luego de alinear (ctrI) 44

Y del otro lado… Cortar las extremidades Revisar las secuencias alignadas 45

Polimorfismo 46

47

Aprobado 48

Estadísticas para caracterizar la variación del ADN 1) Número de sitios polimórficos  S 2) Número de alelos diferentes (haplotipos)  K 3) Diversidad  H = 1 - pi2 (pi2 : frecuencia del haplotipo i) 4) Número promedio de diferencias entre 2 secuencias  49

Abrir jurel.nex 50

Calcular los índices de diversidad (S, K, H, Π) 1 51

1 52

53

Abrir el archivo: Jurel1pop.arp 54

3 1 2 55

3 1 2 56

57

Secuencias Fabiola ¿Qué son estas secuencias? (organismo, gen) ¿Existe sitios variables entre estos individuos? ¿Algo que comentar…?

AAAACAATG AAAAGAATG

¿Genotipos para cada individuos?

ARD4 TG/TG ARD5 CC/CC ARD6 TG/CC – TC/CG ARD16 CC/CG Solución más parsimoniosa 3 haplotipos

(Single Sequence Repeats) Microsatélites o SSR (Single Sequence Repeats) 63

Locus Motivo repetido Tamaño del alelo 7F12 (AC)29 180 bp 7D3 (AG)4AT(AG)12 276 bp 64

65

66

67

68

69

70

Abrir el archivo: micro1pop.gtx Frecuencias alélicas e índices de diversidad 71

1 2 3 72

1 73

74