Cuando el agua se oxida se liberan dos e- para el transporte. El primer compuesto en recibirlos (uno por vez) es LHCII del FSII, de allí se dirige a la PQ que para reducirla hacen falta 2 e- y 2H+ (éstos últimos provienen del estroma, pero después que se oxida la PQ se transfieren al lumen). Una vez reducida la PQ, se oxida el citocromo b6f con el transporte de 2 H+ del estroma al lumen. El citocromo b6f sólo puede aceptar 1 e- proveniente de la PQH2.
Las plantas absorben CO2 por difusión. Ingresan por los estomas, se introduce en el mesófilo, difundiendo hacia los cloroplastos gracias al gradiente de concentración.