Tutorial de Using R Markdown Usando R Markdown con RStudio

Apoyo para la publicación de contenido web dinámico e interactivo. R Markdown permite la fácil creación de informes web reproducibles de R y ofrece: Fácil creación de informes web de R que se pueden regenerar automáticamente siempre que subyace a código o datos de cambios. Una sintaxis muy accesible (rebajas) que reducen las barreras a la entrada para la investigación reproducible. La producción de un archivo HTML independiente (con imágenes incrustadas directamente en el archivo) que es fácil de compartir utilizando el correo electrónico, Dropbox, o desplegar en un servidor web. Apoyo para la publicación de contenido web dinámico e interactivo.

Fundamentos Markdown Markdown es un lenguaje simple de marcas diseñado para hacer que el contenido de páginas web sea fácil para todos, en lugar de escribir el código html y css, markdown permite el uso de una sintaxis mucho más como el correo electrónico de texto sin formato. por ejemplo, el archivo de la izquierda muestra markdown básica y la salida resultante como un archivo html a la derecha:

R Documentos Markdown Para trabajar con R Markdown (. Rmd) archivos en RStudio primero tiene que asegurarse de que el knitr paquete (versión 0.5 o posterior) instalado. Para crear un nuevo archivo de Markdown R, vaya a: Un nuevo archivo es creado con una plantilla predeterminada para llegar a orientarse: Nuevo (seleccione R Markdown ).  Archivo

La barra de herramientas proporciona algunas herramientas útiles para trabajar con r markdown: Referencia Rápida - Haga clic en el MD barra de herramientas para abrir una guía de referencia rápida para Markdown. Knit HTML - Haga clic para tejer el documento actual a HTML, vea el punto de HTML siguiente sección para más detalles. Ejecutar - Ejecutar la línea actual o la selección de líneas en la consola. Esto permite ejecutar código R dentro de un trozo de código similar a un archivo de origen R normal. Trozos - El menú trozos ofrece asistencia con la inserción, correr, y la navegación trozo. Ver el Menú Chunk y opciones a continuación para obtener más detalles.

INCRUSTACIÓN DE CÓDIGO EN R Dentro de un archivo de markdown r, trozos de código r pueden ser incrustados utilizando la sintaxis de markdown nativa de las regiones de código cercadas: `` `{R} chunkLabel # Código `` `

Por ejemplo, el siguiente trozo de código calcula un resumen de datos y representa un gráfico como una imagen png. a continuación, incorpora los resultados en un archivo html independiente: ```{r aplot, fig.width=4, fig.height=3, message=False} #quick summary and plot Library(ggplot2) Summary(cars) Aplot(speed, dist, data=cars)+``` geom_smooth()

Incorporación Inline Code R También puede evaluar expresiones R inline encerrando la expresión dentro de un back-tick única calificada con 'r'. Por ejemplo, el siguiente código: Los resultados de este producto: "No cuentan 2 camiones rojos en la carretera."

Ecuaciones Incorporación Puede incrustar LaTeX o MathML ecuaciones en archivos Markdown R utilizando la siguiente sintaxis: $ ecuación $ para ecuaciones en línea (nota no debe haber espacios en blanco al lado de los delimitadores $) $ $ ecuación $ $ para las ecuaciones de visualización <math ...> </ math> para ecuaciones MathML. El artículo sobre ecuaciones en R Markdown incluye información más detallada sobre las ecuaciones integradas.

Knitting a HTML Haga clic en el código HTML de punto botón de barra de herramientas (o utilice el atajo Shift + Cmd + H) para procesar un archivo de Markdown R en una página web. Esto va unida en el archivo Rmd para crear un archivo de Markdown, evaluando todo el código R y los resultados a que se refiere. Tenga en cuenta que, a efectos de reproducibilidad, el tejido de punto se ejecuta en un proceso independiente y el medio ambiente (en lugar de utilizar el espacio de trabajo actual). Esto es para asegurar el guion siempre produce el mismo resultado y no ser afectado por (o contaminar) su entorno habitual R. Por último, el archivo Mark Down generado se convierte en HTML y se muestra en una ventana de vista previa independiente. El archivo HTML que se genera mediante la invocación de código HTML de punto es una página web independiente. Esto significa que las imágenes, CSS, etc. están incrustadas en el archivo HTML para que pueda ser compartida sin necesidad de empaquetar los archivos adicionales. Puede adjuntar el archivo HTML a un correo electrónico, compartirlo con Dropbox o implementarlo en un servidor Web como un solo archivo HTML.

Un menú de navegación emergente se encuentra en la parte inferior del editor basado en las etiquetas trozo (opcional) en el archivo rmd. esto hace que la edición y navegación entre trozos fáciles. la siguiente captura de pantalla muestra un ejemplo de este menú de navegación trozo.

Uso del menú Chunk El menú trozo facilita insertar nuevos trozos y ejecutar código R dentro de un documento Markdown R. Inserte Chunk - Inserta la sintaxis básica de un código R fragmento incrustado. Ir a ... - Abre el menú de navegación Chunk para saltar a un trozo de código específico. Ejecutar actual / siguiente Chunk - Ejecuta el trozo de código actual (o siguiente), basado en la posición del cursor.Usted puede usar esto para intensificar iterativa a través de fragmentos de código, uno por uno para probar el código R.Esta interactúa con la consola y actúa sobre el entorno global actual. Ejecutar todo - Ejecutar todos los trozos de código R en el documento actual. Esto es análogo a abastecimiento el archivo que resulta de la Stangle de un archivo de Rnw.

Personalización de las opciones Chunk Puede aplicar opciones knitr a cada trozo de código de forma individual o globalmente. Al escribir opciones trozo, el código de terminación está habilitado para ayudar a recordar y completar los nombres y valores de las opciones.

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