Sus Padres fueron Juan Agustín Santander y Colmenares y Manuela Omaña. Su infancia transcurrió en la comodidad de las haciendas de café, caña de azúcar y cacao que poseía su padre, quien fue gobernador de la Provincia de San Faustino de los Ríos, y descendía de una antigua familia de militares y funcionarios. En 1805 viaja a Bogotá a estudiar en el Colegio Mayor de San Bartolomé. Obtiene la Beca bartolina en 1805 y el grado de Bachiller en Filosofía en 1808, casi culminando sus estudios de Derecho en la Universidad Santo Tomás, en el año 1810, cuando en las calles lo sorprende la Guerra de Independencia.

Conseguida la independencia es elegido Vicepresidente de Cundinamarca, estado de la Gran Colombia, que por ese entonces incluía todo el territorio de la actual Colombia, y desde esta oficina fue el encargado de hacer valer y respetar a las nuevas autoridades republicanas, que eran vistas por muchos como un intento más de independencia que sucumbiría a la metrópoli como le había ocurrido a la Patria Boba.

Frente al sector civilista que Santander representaba surgió un sector militarista, renuente a aceptar los formalismos constitucionales y legales y temeroso de que el poder jurídico se sobrepusiera al heroísmo militar, en especial el representado por Bolívar. Entonces se formaron los bandos santanderista o civilista y bolivariano o militarista, lo que distanció cada vez más a los dos líderes. Pero lo que sobre todo los distanció, además de la acusación de robarse el empréstito solicitado a Inglaterra hecha indirectamente jugando tresillo, fueron los hechos a partir de La Cossiata tanto a nivel político como personal.

En 1830 sucedieron la renuncia y muerte de Bolívar y la disolución de la Gran Colombia, y resultando en el poder el sector civilista, se decidió llamar a Santander para que asumiera tras la firma de la constitución de 1832, la presidencia de la república de forma interina. Así mismo, el general fue restituido en sus honores y rangos militares, de los cuales había sido despojado cuando el destierro. La noticia de su elección presidencial la recibió estando en Nueva York, y por esto, pese a ser elegido el 9 de marzo, solo se posesionó al llegar a Bogotá, meses después, el 7 de octubre de 1832.

Rechazando la reelección en la Presidencia, cuando terminaba su mandato no logró unir a sus seguidores en torno de un solo candidato y el triunfo fue para José Ignacio de Márquez. En este periodo Santander se quejaba de fuertes cólicos y los doctores no encontraban razon de sus dolores. Se convirtió entonces en senador y presidente del Congreso de Nueva Granada; así mismo lideró la oposición a Márquez y cuando se preparaba para iniciar su campaña por la reelección, el mismo día de pronunciar un brillante discurso que era típico de su oratoria cayó gravemente enfermo y falleció en la ciudad de Bogotá después de una larga agonía y de delirios. Haciendo su testamento, tuvo un arrepentimiento: "Ojalá hubiera querido a Dios tanto como quise a mi patria". Su autopsia reveló, además de dos heridas de bala y una de lanza, que murió a causa de cálculos biliares causados al manejar un gran estrés, razón por la cual sentía los fuertes cólicos

-"Colombianos, las armas os han dado la independencia, las leyes os darán la libertad" -"Si vamos de cabeza, nunca llegaremos al final" -"En América, sólo los miserables pueden alegrarse por la muerte de Bolívar" -"El último día de mi vida será el primero en que la Nueva Granada no me verá ocupado de su independencia, de su honor y de sus libertades" -"Aunque he nacido en Nueva Granada, no soy más que americano, mi Patria es cualquier región de América en que no tenga el más pequeño influjo el gobierno español. Dos años de guerra en Venezuela en la actual época me han dado ocasión de admirar al soldado venezolano, y el tiempo transcurrido desde nuestra transformación me ha hecho conocer el entusiasmo, patriotismo y odio a los españoles que abriga en su corazón cada individuo de esa república" -"La espada de los libertadores tiene que estar, de ahora en adelante, sometida a las leyes de la República" -"La moderación, la tolerancia y la justicia rigen el corazón y desarman el descontento" -"Mi filosofía me hace vivir contento con la seguridad de que el testimonio publico y el de mi conciencia, persuaden que he procurado llenar mis deberes"