 Guerra que enfrentó a las provincias de los Países Bajos contra su soberano, el rey de España con el fin de conseguir la independencia. La rebelión comenzó en 1568 y finalizó en 1648 con el reconocimiento de la independencia de las siete Provincias Unidas, hoy conocidas como Holanda. Bélgica y Luxemburgo formaban parte de las Diecisiete Provincias, pero permanecieron leales a la corona española (los territorios bajo el dominio del Obispado de Lieja no formaban parte de las Diecisiete Provincias, sino del Sacro Imperio Romano Germánico y, por tanto, no tomaron parte en la guerra).  Las Provincias Unidas emergieron de la guerra como una potencia mundial gracias a su poderosa armada y flota mercante, y experimentaron un importante auge económico y cultural.  Para la corona española, la independencia de las Provincias Unidas representó una gran pérdida de prestigio. El mantenimiento económico de la guerra durante un periodo tan prolongado contribuyó en gran parte a provocar las sucesivas bancarrotas de la corona española a lo largo de los siglos XVI y XVII, y al hundimiento de su economía.

 Carlos V nació en Gante en 1500 y se crió en el condado de Flandes, del cual era titular, por lo que era visto por sus súbditos neerlandeses como monarca de su tierra. Abdicó en 1556 en su hijo Felipe II, el cual, criado en España y con intereses siempre más en la línea de los intereses de Castilla, era visto como un monarca extraño y extranjero.  La situación de Flandes, tenía gran importancia estratégica para España. Amenazaba a Inglaterra con una invasión, cerraba el cerco de Francia junto con España y las posesiones italianas de los Habsburgo, y era la puerta de entrada a Alemania desde el norte, sacudida por las guerras de religión.

 Durante el reinado de Carlos V, el calvinismo había hecho acto de presencia en los Países Bajos y había sido reprimido por éste, intentando incluso implantar un tribunal de la Inquisición para luchar contra la herejía. Política continuada por su hijo, que en 1565 estableció los decretos tridentinos, causa de un gran malestar, ya que impedían la libertad de culto a la que aspiraban los nobles y los calvinistas. Calvino

 Jugó un papel importante en el estallido de la rebelión. La guerra entre Suecia y Dinamarca cerró el comercio y las importaciones de trigo procedentes del mar Báltico, provocando una caída del comercio y de los salarios, una carestía de alimentos y la subida del precio de estos, lo que facilitaba la tarea de los calvinistas de criticar la riqueza y el lujo de la Iglesia cuando la población empezaba a sentir el hambre. La situación alcanzó su cenit en agosto de 1566 con una subida del precio de los alimentos. Nótese la coincidencia en el tiempo entre la subida de los precios y el estallido de los desórdenes iconoclastas de ese mismo mes, que provocaron el envío a los Países Bajos de Fernando Álvarez de Toledo, Duque de Alba.

 El 5 de abril de 1566 la pequeña nobleza presenta a Margarita de Parma, gobernadora de los Países Bajos y hermana de Felipe II, el Compromiso de Breda, una reclamación formal en la que solicita la abolición de la Inquisición y el respeto a la libertad religiosa. Ante la clara rebeldía de parte de la población y la nobleza, Felipe II decide enviar a Fernando Álvarez de Toledo, tercer duque de Alba, al frente de un ejército para reprimir a los rebeldes, como primera medida de un plan de pacificación, que prevé el viaje de Felipe II a los Países Bajos. Durante el año que tarda el duque de Alba en llegar a los Países Bajos, la princesa Margarita ha conseguido hacerse con el control de la situación dominando la insurrección e informado a su hermano, por lo que la llegada del duque de Alba al frente de un ejército provoca su dimisión en desacuerdo con la política del rey.

El 8 de septiembre cita a los nobles neerlandeses con la excusa de informarles sobre las órdenes del rey. Es una trampa en la que se detiene a los condes de Egmont y Horn, dos de los principales nobles flamencos que habían prestado importantes servicios al rey, y que serían decapitados en la Gran Plaza de Bruselas el 5 de junio del año siguiente. El príncipe Guillermo de Orange se había refugiado en las propiedades de su familia materna en Alemania. Desde allí financia a los denominados «mendigos del mar» y alza un ejército de mercenarios alemanes de su propio bolsillo y lo pone al mando de sus hermanos.

El inicio «formal» de las operaciones bélicas se dio en la batalla de Heiligerlee el 23 de mayo de 1568, con la victoria de las tropas de Luis de Nassau, hermano de Guillermo de Orange, sobre las españolas. Las tropas de Luis serían derrotadas a su vez por las del duque de Alba en la batalla de Jemmingen, quedando el ejército holandés destrozado (con apenas un centenar de muertos en el ejército real). Esta derrota obligó a Guillermo de Orange a refugiarse de nuevo en Alemania. Con Guillermo fuera de Holanda y sin muchos apoyos y con los principales líderes decapitados parecía que el duque de Alba había terminado con la rebelión y urgió al rey a poner en práctica la segunda parte del plan, el viaje del rey a Flandes ejerciendo el papel de rey clemente con sus súbditos. El rey no pudo, o no quiso, viajar a Flandes, dejando al duque de Alba solo en su papel de represor. La falta de dinero para pagar a sus ejércitos llevó al duque a imponer un impuesto (alcabala) del diez por ciento sobre todas las compraventas, medida que fue vista como un castigo colectivo, y que volvió a poner en su contra a la población.

 Nombrado gobernador de los Países bajos en 1573 con el objetivo de buscar una salida negociada al conflicto con los sectores más moderados de los rebeldes. Suprimió el Tribunal de los Tumultos e inició conversaciones con los rebeldes en Breda sin ningún resultado, ya que Felipe II pretendía la vuelta a la situación anterior al estallido de la rebelión sin aceptar ningún tipo de libertad religiosa ni autonomía política en sus dominios, algo inaceptable para los rebeldes, como demostraba la resistencia de ciudades como Alkmaar y Leiden.

 Felipe II nombró a su hermanastro Don Juan de Austria gobernador de los Países Bajos con el mismo objetivo de negociar un acuerdo. A su llegada, en noviembre de 1576 se produjo el famoso saqueo de Amberes por tropas españolas amotinadas (4 y 5 de noviembre). Este hecho puso a todas las provincias en contra de la corona e hizo que se comprometieran, mediante la firma de la denominada Pacificación de Gante (8 de noviembre de 1576), a luchar unidas para expulsar a las tropas españolas.  A principios de 1577, comienza a negociar con los Estados Generales, los cuales, a pesar de todo, se mostraban divididos. Reclamaban que la corona negociase con Guillermo de Orange y que las tropas españolas, especialmente los «tercios viejos», abandonasen el territorio. Juan, por su parte, reclamaba su reconocimiento como gobernador de los Países Bajos y la restauración del catolicismo como religión oficial. Aceptadas las condiciones por ambas partes, Don Juan pudo entrar en Bruselas y firmó el 12 de febrero de 1577 el Edicto Perpetuo.

 Las provincias católicas del sur se reconciliaron con el rey para contar con su protección contra la intolerancia que ahora mostraban los protestantes. El 5 de enero de 1579, Alejandro Farnesio firmaba con las provincias de Hainaut, Douai y Artois la Unión de Arras por la que reconocían la autoridad del rey. En respuesta, las provincias rebeldes firmaban la Unión de Utrecht por la que rechazaban cualquier intromisión extranjera en sus asuntos. La Unión de Arras, a la que se sumaron Brabante y las restantes provincias del sur, reconoció la soberanía real sobre su territorio y declaró su confesión católica el 17 de mayo de 1579.

 Alejandro Farnesio proseguía con la recuperación de las provincias rebeldes. Captura Tournai, concluye el asedio de Mastrique y reconquista los puertos más importantes de la costa flamenca. En 1584 captura Brujas y Gante, y coincidiendo con la muerte del duque de Anjou y el asesinato de Guillermo de Orange, en julio de 1584 pone asedio a la ciudad de Amberes. Este asedio, que mantuvo en vilo a toda Europa a la espera del vencedor, representó un derroche de medios e ingenio por ambas partes durante los trece meses que duró.

 Tras la derrota en Francia de la Liga Católica y sus aliados españoles, el nuevo rey de Francia, Enrique IV conseguirá extender su influencia por el sur de Alemania, Suiza y el norte de Italia hasta que en 1601 cae en su poder todo el Camino Español, cortando las comunicaciones por tierra entre la Lombardía y Flandes.  El 29 de septiembre de 1603 se entrega a Ambrosio Spinola el mando de las tropas que llevan dos años sitiando la ciudad de Ostende con la promesa de reconquistarla en el plazo de un año, lo cual logra el 22 de septiembre de 1604.

Las posesiones de los Estados contendientes ya no se circunscribían a Europa, por lo que además la guerra se extendió a las colonias. En España, la unión con Portugal había puesto bajo su soberanía el inmenso imperio colonial portugués. Así, se dieron enfrentamientos en las Indias Orientales (en Macao, en Ceilán, en Formosa y en las Filipinas) y en las Indias Occidentales, sobre todo en Brasil. La mayor parte de estos conflictos se denominaría Guerra Luso-holandesa. En las colonias occidentales, la mayor parte de los problemas se originaron con las actividades de corso holandés, que actuaba en las rutas mercantiles del Caribe. En este frente de la guerra el acontecimiento más resaltado fue la captura de gran parte de la Flota de Indias en la batalla de la Bahía de Matanzas.

 El 30 de enero de 1648 la guerra en los Países Bajos terminó con el tratado de Münster. Este tratado, firmado entre España y las Provincias Unidas, era sólo una parte de la Paz de Westfalia (que ponía fin a la Guerra de los Treinta Años).  La República de las Provincias Unidas fue reconocida como estado independiente y conservó muchos de los territorios que había conquistado durante los últimos compases de la guerra.