Global Biodiversity Information Facility GLOBAL BIODIVERSITY INFORMATION FACILITY Francisco Pando Data Digitalization Workshop Braga, 5 a 7 de Julho, 2006.

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1 Global Biodiversity Information Facility GLOBAL BIODIVERSITY INFORMATION FACILITY Francisco Pando Data Digitalization Workshop Braga, 5 a 7 de Julho, 2006 WWW.GBIF.ORG A tecnologia da Informação e o GBIF

2 Global Biodiversity Information Facility Sumario l Objetivo y visión de GBIF l Red de datos l Esquemas de datos l Puntos y nombres l Protocolos l Registro de bases de datos l Portales l Estrategias, opciones e implementaciones para compartir datos

3 Global Biodiversity Information Facility Objetivo de GBIF GBIF se propone hacer accesible por Internet toda la información disponible sobre los organismos vivos conocidos a nivel mundial Otra manera de verlo; se propone cambiar la cultura de “mi dato es mio, mira mis resultados” (en ciencia y en gestión) “datos de todos para todos”

4 Global Biodiversity Information Facility Modelo de datos: redes centralizadas

5 Global Biodiversity Information Facility Red de datos distribuidos Figure 4. Diagram showing the complexity of integrating data from biological collections

6 Global Biodiversity Information Facility Los elementos de la red Figure 5. GBIF Network: major classes of nodes GBIF is responsible for running the network, establishing standards, and developing tools. The portal is the hub for the development of any service that must be centralized such as the registry of metadata and for serving data from the biodiversity data index to the end user.

7 Global Biodiversity Information Facility Más en detalle Protocol Provider Portal Registry

8 Global Biodiversity Information Facility Tecnologias usadas XML data exchange based on Providers, Services and Biodiversity Data Records UDDI registry for technical (access) metadata Descriptive metadata retrieved through service interfaces Specimen/observation exchange using DiGIR-Darwin Core or BioCASE- ABCD Taxonomic name data from Catalogue of Life (annual checklist for first release, moving to service-based approach as possible) Java (and JSP) components being developed centrally for GBIF Portal Current portal development using Tomcat, Xerces, Log4J, MySQL Components to be packaged for reuse as appropriate

9 Global Biodiversity Information Facility Mapeo de datos

10 Global Biodiversity Information Facility Esquemas datos l Darwin Core l Sencillo (50 elementos) l La unidad es el registro l 500 bases de datos www.gbif.net l ABCD l Contenido elaborado y detallado (+500 elementos) l La unidad es el archivo l 170 bases de datos en www.gbif.net

11 Global Biodiversity Information Facility La base para el acceso unificado: l Perfil común: Cada base de datos se traduce a un “perfil común”, que es una tabla con una lista estandarizada de campos que se pueden consultar de manara uniforme l Estándares: l ”Darwin Core” l ABCD Schema l www.tdwg.org www.tdwg.org

12 Global Biodiversity Information Facility Darwin Core, desarrollos en curso l Soporte para imágenes l Extensiones

13 Global Biodiversity Information Facility Darwin Core, extensiones

14 Global Biodiversity Information Facility Integración de nombres y especímenes

15 Global Biodiversity Information Facility Protocolos l DIGIR para Darwin Core l Biocase para ABCD

16 Global Biodiversity Information Facility Vida despues de DIGIR l TAPIR l http://www.gbif.org/News/NEWS1129877273 http://www.gbif.org/News/NEWS1129877273 l http://ww3.bgbm.org/protocolwiki/ http://ww3.bgbm.org/protocolwiki/ l Unificar protocolos de la red de datos de GBIF l Expansión del registro (UDDI), soporte para redes temáticas, portales nacionales, extensiones de Darwin core l Toolkit para portales de datos en desarrollo

17 Global Biodiversity Information Facility Registro A tener en cuenta: Un nombre caracteristico Una descrición que oriente al usuario Condiciones de uso adicionales Como citar el uso de este recurso

18 Global Biodiversity Information Facility Portales de GBIF l Portal actual (prototipo) l Portal para nodos l Nuevo portal (en desarrollo)

19 Global Biodiversity Information Facility Portal actual (prototipo) Search only by scientific or vernacular names (optional country filter)

20 Global Biodiversity Information Facility Portal actual (prototipo) Data resources with specimens or observations Occurrence Detail Download records Georeferenced records Countries from which species is recorded

21 Global Biodiversity Information Facility Portal para Nodos l En desarrollo l Para que los nodos puedan servir: l Datos de las colecciones de su ámbito (país) l Datos relevantes para su ámbito l Adaptable a sus necesidades (idioma, nombres comunes,…) l Proporcionar una ayuda para que los nodos puedan servir a sus comunidades

22 Global Biodiversity Information Facility Nuevo portal l Estilo www.biologybrowser.comwww.biologybrowser.com l Web services l API interfaz l Servicios añadidos de indexado y validación

23 Torres & Pando 2nd ENBI Forums 2005 23 Data resources Resource crawler Interpretation and validation Data despatcher Synchronised data stores Web applications Mirrored access Clients Portal architecture (new version D. Hobern)

24 Global Biodiversity Information Facility ¿Más o menos claro? Protocol Provider Portal Registry

25 Global Biodiversity Information Facility Estandares para la integración de datos y la iinteroperabilidad http://www.tdwg.org/standrds.html

26 Global Biodiversity Information Facility l Apoyo técnico: helpdesk@gbif.org l ”Turn-key package” l Basado en PHP y código del proyecto DiGIR l Para Linux y Windows l Registro con el UDDI del GBIF

27 Global Biodiversity Information Facility De las bases de datos al acceso via Internet l ¿De quien son esos datos? l ¿Todo, todo? l ¿Como de limpio? l ¿Como?

28 Global Biodiversity Information Facility ¿De quien son esos datos?

29 Global Biodiversity Information Facility ¿Todo, todo? l El proveedor de los datos retiene el control sobre lo que hace accesible: l Hace pruebas l Decide diluir la precisión de registros de especies amenazadas o de datos de interés económico l No hace pública los datos de investigaciones en curso

30 Global Biodiversity Information Facility ¿Como de limpio? l La perfección no existe l El dato malo tampoco; un dato no es bueno o malo intrínsicamente, sino que su bondad depende del uso l Hacer los datos públicos ayuda a su mejoramiento l Hay herramientas para mejorar los datos y GBIF estatrabajando en esto: http://www.secretariat.gbif.net/datatester/index.jsp http://www.gbif.org/prog/digit/data_quality

31 Global Biodiversity Information Facility ¿Como? Distribuído Centralizado Participant Portal A Participant Portal C Data Warehouse Participant Portal B Data Warehouse GBIF Portal GBIF Registry GBIF Index

32 Global Biodiversity Information Facility A vuestra disposición: Francisco Pando Nodes Liaison Officer GBIF Secretariat Universitetsparken 15 2100 Kobenhavn, Dinamarca pando@gbif.org Tél.: + 45 35 32 1470 Fax: + 45 35 32 1480

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